生物信息学领域中,有哪些不得不知道的大牛教授/研究者?

在生物信息学领域,有没有哪些不得不知道的大牛教授/研究者?比如开创了某个新的领域,或是设计了某个现在非常常用的算法/软件,等等? 有哪些现在还活跃在学…
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15 个回答

谢邀。

genomics或者说测序依然是很大的领域,其中的方向细分依然是很多的。genomics整体可以分成两大类,一类主要做方法,一类主要做生物。前者一般使用public data做一些方法,后者主要使用现有的技术研究生物问题。如果说大牛一般都在后一类里面。但是也会有很多不同的方向,比如研究rna的,dna的,基因调控的。所以最好根据自己关注的方向去找。

一个很直接找genomic方向大牛的方法就是看encode,roadmap和4D nuckesomes这些大genomic cobsortium的主要pi。当然也有很多牛人不在这些项目里面。下面简单说几个比较熟悉的,欢迎纠正和补充。

Eric Lander

Broad的创始人,人类基因组计划发起人之一,不过现在自己lab似乎不做大多了,但很多broad的paper还会挂名。

John Rinn

Broad的PI,研究lncRNA。最早发现了H19。

Michell Guttman

Eric Lander的学生,和John Rinn一起发现了lncRNA,在clatech独立不久。

Howard Chang

主要研究RNA,John Rinn的postdoc老板。

Michael Synder

研究基因调控,具体方向很多,组特别大。

Job Dekker

3D genome领域的开拓者,3C,5C和HiC的发明者。

Bing Ren

最早开发了chip-chip技术,研究enhancer,现在做更多3D genome。

Joe Ecker

最早是植物领域的大牛,后来转到做甲基化。

Chuan He

化学出身,之前做DNA甲基化,现在开创了RNA甲基化的新领域。

Mark Gersrein

比较少的主要做计算的大牛,各种network和system biology

Menolis Kellis

Eric Lander的学生,主要做计算也做实验,各种consortium都很活跃。

John Stam

名字很长很难写,主要做DHS,当然还有很多其他方向。

Shirely Liu

主要做计算,lab开发了MACS

看到这个问题,想来写两句。

非常赞同

@serein

的回答。

另外也可以关注:

龙漫远老师;

张泽民老师;

张奇伟老师。

我看

@serein

还有 Marvin都提到了Bing Ren,因为课题相关,我就多说两句吧。

最早的时候,他们组主要是做chip数据或者说是Chip-Seq相关的东西,主要研究成果都是基于这些技术的。后来2009年JobDekker 在Science上发表了Hi-C技术后,Ren Bing就开始follow这个领域。目前和Dekker是这个领域的top2.

Hi-C是一种可以研究细胞内,DNA-DNA相互作用的技术。通过结合高通量测序技术和相关的NGS分析技术,就可以把Hi-C实验的数据处理成一个矩阵,画成heatmap。

Ren Bing在3D Genome领域最为重要的工作是发现了TAD(Topological Associated Domain),这个结果最早是在2012年的Nature上发表。后来他们组在2013年的时候有Follow一篇类似的文章,也是在Nature。目前认为,TAD是具有物种保守型的染色体区域,它可以形成特定的结构,行使相关的功能。1个TAD就是1个功能的单位。

如果对3D genome以及相关的问题感兴趣,欢迎讨论~