法国检测到新冠变异新毒株 B.1.640.2，有 46 处突变，这意味着什么？

B.1.640其实是去年 9月的毒株（最早样本），

去年 11月底已经列在 WHO的 VUM（受监控变异株）名单中——

是的，比 Omicron出现得还早，但 Omicron已经干趴 Delta成为主流毒株，而 B.1.640目前上传的样本只有几百例。B.1.640.2就更少了。

有没有更多的病例呢？

这就要回溯到法国第一个病例的非洲喀麦隆旅游史。

去年的 12月 24日，《medRxiv》预印本上发表了一篇关于新冠变异株 B.1.640.2的研究^[1]：

研究发现，在法国东南部的 12名新冠患者身上检测到新变异株 B.1.640.2，并将其命名 IHU。

这些患者的鼻咽拭子样本通过 qPCR检测后，出现了 L452R阴性、E484K阳性、E484Q阴性的非典型组合，与以往的新冠患者极不相同。而首例病例是从喀麦隆旅行返回的索引病例。

而 B.1.640.2最引人注意的，是突变/缺失的情况。

通过基因组测序和比对发现：

B.1.640.2有 46个突变和 37个缺失，

导致了 30个氨基酸替换和 12个缺失。

其中，刺突（S）蛋白上有 14个氨基酸替换（包括 N501Y、E484K）以及 9个缺失。

好了，介绍完这个变异株的基本信息，接下来是有意思的求证阶段——

涉及的知识点比较多，建议仔细阅读。

相信大家肯定很关心——

这个变异株的传染性和毒性情况如何？

以及和目前如火如荼的 Omicron相比谁高谁低？

我注意到了很多媒体总是在强调：突变多 = 传染力+免疫逃逸能力更强。

其实，原论文里并没有说类似“传染力+免疫逃逸能力更强”的话，只是说该变异株具有“不可预测性”。

所以多半媒体总是“添油加醋”，引起焦虑不嫌事儿大。

B.1.640.2的传染性到底如何？

目前关于 B.1.640.2的研究估计独此一份，因为病例实在太少了（除非再去非洲探索检测一遍）。所以关于它的传染性也只能从目前检测到的突变情况结合已有的（突变点位）研究入手。

为了让大家看的更明白一点，具体说说我所知道的几个 S蛋白上的代表性突变吧。

① “作案”组合——N501Y、E484K被替换：

N501Y和 E484K是在 Beta、Omicron、Gamma、Theta变异株中的常见组合。

此前研究表明——

N501Y可增强 S蛋白与人体细胞中 ACE2受体之间的结合，导致病毒的传播能力增加^[2]；

而 E484K突变经常与再感染病例相关，使新冠具有免疫逃逸能力，降低疫苗的效果^[3]。

所以，N501Y和 E484K双双被替换 = 传染性和免疫逃逸能力增加吗？

不一定，传染性和免疫逃逸能力一定会受影响，但是增加还是减弱，还无法评估。

如果以目前的传播结果论——

出现早的 B.1.640.2的传播，明显还落后于比较晚出现的 Omicron。

② 弗林蛋白酶裂解位点上的 P681H被替换：

P681H是存在于 Lambda和 Omicron变异株中的突变。

是不是看着有点眼熟，是的，Delta大哥在弗林蛋白酶裂解位点上的突变是 P681R。

此前的研究表明^[4]——P681R突变增强和加速了病毒融合，并促进细胞-细胞感染。

这也是 Delta从千军万马中夺得天下的关键突变之一。

而同样位于弗林蛋白酶裂解位点附近的 P681H也会通过促进细胞膜蛋白酶活性，使 S蛋白的构象发生变化，一定程度上增强了病毒的传播能力。

同上，P681H被替换 = 传染性增加吗？

③ RBD区域上的 F490S被替换：

F490S是在 Lambda变异株中的突变。

此前研究表明^[5]——

F490S与抗体中和的敏感性降低有关。

当然，和 E484K（大佬）的免疫逃逸能力没得比。

以上就是我所知的突变影响，

很明显，B.1.640.2上的突变一定会影响传染性和免疫逃逸能力。

至于相比 D或 O是更强还是更弱还未可知，

至少目前是看不出有任何传播力上的大影响，

就像作者本人说的——不可预测性很大。

而 WHO将其列为 VUM也不无道理，

一切还有待观测，病例太少，研究有限。

据我近期的观察和推测，

该变异株顶了天就如 Lambda那样了，

甚至有可能只是昙花一现，

毕竟这样的 VUM例子并不少。

只是令我惊讶的是——

又是非洲这片充满奇迹的土地。

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参考

1. ^Emergence in Southern France of a new SARS-CoV-2 variant of probably Cameroonian origin harbouring both substitutions N501Y and E484K in the spike protein https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.24.21268174v1
2. ^The N501Y Spike substitution enhances SARS-CoV-2 infection and transmission.  https://www.nature.com/articles/s41586-021-04245-0
3. ^The E484K mutation and the risks it poses. https://www.bmj.com/content/372/bmj.n359
4. ^SARS-CoV-2 spike P681R mutation enhances and accelerates viral fusion https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.17.448820v1.full
5. ^Identification of SARS-CoV-2 spike mutations that attenuate monoclonal and serum antibody neutralization https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312821000445