Unkel verdankt seinen Namen dem Bogen, den der Rhein bei der Stadt macht. Dabei stammt „Unkel“ entweder ab vom Lateinischen „uncus“ (Bogen) oder vom Fränkischen „angel“ (Bogen). Besiedelt war der Ort wohl schon um 600 n. Chr. Die erste urkundliche Erwähnung als „Oncale“ findet sich im Goldenen Buch der Abtei Prüm am 26. Februar 886.
Historisch ist Unkel eng mit dem Erzbistum Köln verbunden, dem es ab Mitte des 11. Jahrhunderts gehörte. Der Kölner Erzbischof Anno II. (1056–1075) gab Unkel zunächst an die ehemaligen polnische Königin Richeza, der die Stadt auf Lebzeiten gehörte. Unser Foto oben zeigt Richeza, wie sie heute im Rahmen der Nachtwächterführungen zu erleben ist. Nach ihrem Tod 1063 fiel Unkel an die Kölner Kirche zurück. Anno II. gab Unkel dann an das Stift Maria ad Gradus in Köln, dem es bist 1803 gehörte. Das Stift war sehr wichtig für die Entwicklung der Stadt.
Auf die Kölner Zeit gehen zahlreiche Bauten zurück, die Unkel bis heute prägen. So entstand 1553 die Stadtbefestigung, deren stärkste Mauer an der Rheinseite stand. Geschützt wurde die Mauer vom Gefängnisturm sowie dem Turm des Fronhofes. Heute sind beide zwar noch erhalten, sie wurden aber im Laufe der Jahrhunderte stark verändert. Der Turm des Fronhofes wurde 1803 im neugotischen Stil komplett umgebaut, der Gefängnisturm erhielt um 1700 ein neues Dach im Barockstil. Reste der ehemaligen Stadtmauer kann man heute noch im Bereich der Kirche und in der Straße „Am Graben" sehen.
Prägend für das 19. Jahrhundert war Unkels Zugehörigkeit zum Königreich Preußen nach dem Wiener Kongress 1814/15, auf dem das Rheinland Preußen zugesprochen wurde. Zwar stand das katholische Rheinland dem protestantischen Preußen ablehnend gegenüber, Unkel verlor sogar vorübergehend seine Stadtrechte, zugleich aber kamen mit der neu aufkommenden Rheinromantik zahlreiche Adelsfamilien und Künstler in die Stadt.
Im 20. Jahrhundert hatte Unkel, wie ganz Deutschland, unter den beiden Weltkriegen zu leiden. Von der Wahl Bonns 1949 zur provisorischen deutschen Hauptstadt konnte Unkel deutlich profitieren. Unkel wurde rasch zu einem beliebten Wohnort vor den Toren Bonns und verdoppelte beinahe seine Einwohnerzahl. Der berühmteste Unkeler Bürger ist der ehemalige Bundeskanzler und Friedensnobelpreisträger Willy Brandt, an dessen Leben und Wirken heute in Unkel das Willy-Brandt-Forum erinnert. Auch nach dem Umzug von Bundestag und Bundesregierung nach Berlin im Jahr 1990 profitiert Unkel von seiner günstigen wirtschaftlichen und verkehrstechnischen Lage in der Region. International tätige Firmen wie die Bluhm Systeme GmbH oder Rabenhorst haben in Unkel ihren Sitz. In den letzten Jahren haben sich zudem zahlreiche Künstler und Kunsthandwerker neu in der Stadt angesiedelt und prägen zusammen mit einem reichhaltigen Kulturangebot die Kulturstadt am Rhein. Ein Beleg für die Attraktivität der Stadt ist die kontinuierlich steigende Einwohnerzahl. Ein Neubaugebiet im Süden der Stadt hat die dafür nötigen Wohnflächen geschaffen.