La Presidencia del Tribunal de Cuentas representa a la Institución y le corresponde, entre otras funciones, convocar y presidir el Pleno y la Comisión de Gobierno, ejercer la jefatura superior del personal, ejercer la potestad disciplinaria en casos de faltas graves y disponer los gastos del Tribunal y la contratación de obras, bienes, servicios y suministros, cuando hayan sido autorizados por el Pleno o la Comisión de Gobierno o tengan carácter ordinario y periódico.

El Pleno es un órgano colegiado formado por los doce Consejeros de Cuentas y el Fiscal Jefe del Tribunal de Cuentas y le corresponde, entre otras atribuciones, ejercer la función fiscalizadora.

La Comisión de Gobierno está formada por el Presidente del Tribunal de Cuentas y por los Presidentes de las Secciones de Fiscalización y de Enjuiciamiento del Tribunal y le corresponde, entre otras competencias, mantener relaciones permanentes con las Cortes Generales a través de la Comisión Mixta Congreso-Senado para las relaciones con el Tribunal de Cuentas, ejercer las facultades no reservadas específicamente al Pleno o al Presidente del Tribunal en materia de personal y régimen de trabajo, distribuir los asuntos entre las Secciones, ejercer la potestad disciplinaria en casos de faltas muy graves y elaborar y proponer al Presidente el orden del día de las sesiones del Pleno.

La Sección de Fiscalización está integrada por su Presidente y por los Consejeros de Cuentas que tengan a su cargo los departamentos sectoriales y territoriales de fiscalización. Le corresponde, entre otras funciones, examinar los procedimientos fiscalizadores tramitados en los departamentos en que se estructura y proponer al Pleno para su aprobación los proyectos de informes, memorias, mociones y notas.

La Sección de Enjuiciamiento está integrada por su Presidente y por los Consejeros de Cuentas a quienes, como órganos de primera instancia o adscritos a la Sala de Justicia  del Tribunal, corresponde conocer de los procedimientos jurisdiccionales.

Los Consejeros de Cuentas son elegidos por las Cortes Generales, seis por el Congreso de los Diputados y seis por el Senado, por un periodo de nueve años. Son los titulares de los departamentos de las Secciones de Fiscalización y de Enjuiciamiento. Los primeros llevan a cabo el examen y comprobación de las cuentas y la tramitación de los procedimientos fiscalizadores correspondientes y los segundos son competentes para resolver, en primera o en única instancia, los procedimientos de reintegro por alcance, los juicios de cuentas y los expedientes de cancelación de fianzas.

La Fiscalía del Tribunal de Cuentas ejerce sus funciones con arreglo a los principios de unidad de actuación y dependencia jerárquica y con sujeción, en todo caso, a los principios de legalidad e imparcialidad. Debe ser oída en todos los procedimientos de fiscalización antes de su aprobación definitiva y emitir su dictamen en relación con la Declaración sobre la Cuenta General del Estado. También le corresponde ejercitar la acción de responsabilidad contable y deducir las pretensiones de esta naturaleza en los procedimientos de reintegro por alcance y en los juicios de cuentas.

La Secretaría General, cuyo titular es designado por el Pleno a propuesta de la Comisión de Gobierno, ejerce las atribuciones de gestión, tramitación, documentación y registro de los asuntos de la competencia del Presidente, del Pleno y de la Comisión de Gobierno. El Secretario General ejerce las funciones de secretario del Pleno y de la Comisión de Gobierno, con voz pero sin voto.