R包和Rstudio安装位置不同可以正常使用R包吗?

Rstudio和R语言包安装在D盘了,但是第三方R包默认位置在C盘,可以正常使用吗,如果不可以的话怎么修改安装路径呢?
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对于初学者入门R语言,首先简单了解R与Rstudio,以及成功下载和安装R和Rstudio,在Rstudio界面里进行简单的代码运行,后续慢慢拓展。

主要围绕以下几方面介绍

  • R和Rstudio的简介
  • R和Rstudio的下载及安装
  • Rstudio和R脚本的简单使用
  • R语言几类命令响应

1.简介:

  • 什么是R
  • 什么是Rstudio

1.1什么是R

R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能(R语言是一种软件,函数方便处理数据)。

R的官网:r-project.org/

优点:R环境结合了

  • 开源,可扩展的环境
开源即免费,大家可以做一些开发,如生存分析和富集分析。
  • 简单有效的编程语言
简单就是相对于其它编程语言,不是专门给程序员用的,是面向普通用户。
  • 数据处理、清洗和存储
实现的作用,把数据搞整齐,清理为把数据规范化
  • 统计和可视化
为R语言的两大功能。统计即数据整理,可视化即画图

1.2 什么是Rstudio

官网:rstudio.com/

R语言的集成开发环境

  • 集成开发环境:更好用的界面
  • 图形界面化
  • 优秀的学习工具
  • 科研用途免费
  • 开源

2.R和Rstudio的下载与安装

  • 2.1 下载R和Rstudio
  • 2.2 安装R和Rstudio

2.1 下载R和Rstudio

2.1.1 R的下载链接:

cloud.r-project.org/

  • 第一种下载方式:

根据自己使用的电脑版本,搜索,然后到官网下载

下载地址:

cran.r-project.org/bin/

  • 第二种下载方式:

点击链接进入官网,选与自己电脑匹配的版本下载

cloud.r-project.org/

2.1.2 Rstudio的下载链接

rstudio.com/products/rs

  • 第一步:选择free的版本下载

rstudio.com/products/rs

  • 第二步:选择和自己的电脑匹配的版本

下载的软件一定要适合自己使用的电脑系统,不然安装会发生错误。

1.2 安装R和Rstudio

必须先安装R之后,再安装Rstudio,R是Rstudio的基础,两者都安装在C盘(windows电脑)。在安装过程中,弹出选项为默认,即安装过程中不要做任何更改,鼠标傻瓜式地点点就可以。

一般使用Rtudio,很少用R,因为Rtudio为图形界面,比R的功能多。两者的界面如下:

3.Rstudio和R脚本的简单使用

3.1 如何在Rstudio新建Rproject
3.2 新建脚本
3.3 Rstudio界面的介绍
3.4 Rstudio界面的字体和背景设置
3.5 与R“交互”
3.6 脚本的运行方式
3.7 注释
3.8 保存
3.9 正确打开Rproj和R脚本

在新开始一个项目学习或是新开始一个数据处理时,每次从项目里的Rproject去打开Rstudio这次才是正确的打开方式

3.1 在Rstudio中新建项目Rproject

  • 步骤:

File---New Project---NewDirectory---New Project---Directory name--- Create Project

注意:命名时不要写特殊字符。

保存文件的位置也称路径,路径表示某一个文件或是文件夹在电脑里的哪个位置,不点击Browse,表示默认放在某一位置,想换存放位置就点击Browse自行选择。

3.2 新建脚本

脚本:存放代码的文件,代码是和R语言交流且符合一定的规则。

3.3 Rstudio界面介绍

3.4 Rstudio界面-字号与背景设置

其它设置慢慢探索:

如代码里每对括号颜色一致,容易查看。

3.5 与R“交互”

  • 用户---发送命令(代码)
  • R--执行并返回结果
  • 交互式回话(session),session就是窗口的意思

发送的命令要正确,讲规则。

与R“交互”的两种方式

第一种交互方式:控制台窗口

出现**>**才可以写代码,运行命令会且会显示每个命令结果,可以直接在控制台中键入命令,但是session关闭时会清空。

函数后面都是带括号的,如sqrt(),abs(),log2(),log10(),只要不认识的函数就在控制台输入:*?函数名,如*?sqrt**,在帮助文档里显示说明和示例代码,可以复制示例代码放在脚本编辑器里一句句运行理解。

在控制台写代码,如雁过不留痕,运行的代码不保存,只是在history里面有,代码不可重复利用。

第二种交互方式:脚本编辑器

记录我们所做过的一切,让代码和工作流程具有可重复性。

3.6 脚本的运行方式

3.6.1 逐行运行

光标放在一行的任意位置,单击Run,光标会自动跑到下一行。

3.6.2 选中运行:

可以选几行或是全部代码,点击脚本编辑器右上角的Run运行代码,

  • 快捷键:

windows电脑:按control和enter键,

mac电脑:按command和return键。

3.7 注释

  • 使用**#**为脚本添加注释(说明或是解释的文字)。让自己和其他协作者了解代码的用途
  • R自动忽略**#**右侧的任何内容

3.8 保存脚本

  • 保存+命名(.R结尾)

注意:保存命名时不要以数字开头,尽量不要写汉字。后缀是自动加上去的,以后看到**.R**为后缀的文件是R语言里的脚本文件。

默认的保存位置:工作目录。

工作目录:脚本、数据、图片的默认保存位置,也是文件读取的默认位置。

重要的说明:

  • 新建Rproject的时候,除了生成Day1_studyR.Rproj入口文件,同时新建了一个同名Day1_studyR的文件夹。
  • 以正确的入口进入项目的时候,以后脚本里产生的一切衍生物,都会保存在正确的地方,即在入口所在的Day1_studyR文件夹(工作目录)里。如果从不正确的入口进,脚本满天飞,有时候找不到脚本,所以一定要从正确的入口进来。
  • 除了脚本文件,以后运行代码生成的图片和数据也保存在工作目录下。默认的保存位置,也是文件读取的位置,称为工作目录。换句话说,要是把外部文件读入到R语言里,首先要从电脑上找到工作目录,并且把要读取的文件放在工作目录下,目录就是文件夹

3.9 正确打开Rproj和脚本

  • 新建的Day1_studyR.Rproj以及文件夹,脚本文件是可以搬运的,以后打开Day1_studyR.Rproj直接双击就可以,或是通过file打开,不要双击一个脚本,双击能打开脚本,但是没有从正确入口进,生成的文件满天飞。
  • 切记:不要双击打开一个脚本,要双击打开一个Rproj,打开Rproj后从右下角看到脚本,点击打开就可以

4.R语言几类命令响应

输出结果
报错:Error
警告:Warning
命令没反应或是命令正在运行
加载和安装R包时出现的提示信息

4.1 输出结果

命令运行结果,图片。

4.2 报错:Error

抓住关键词,在Error后面的提示信息,错在哪里,会清楚地告知错在哪里,不会直接告诉解决办法。根据Error后的提示信息解决报错。

检查命令,检查环境(文件是否放对地方),修正后重新运行。

4.3 警告:Warning

忽略,后面如有报错或意外结果再检查。

出现Error再管,如出现意外的结果,比如该出图或是文件,但是打开图片是空的或是文件是空的,再返回检查。

4.4 “没反应”

出现**>**,表示上一句命令已运行完成。

R语言唯一报错的信息提示就是出现**Error**

来自生信技能树小洁老师的课件图

4.5 命令正在运行

终止(点击红色键)或等待。

4.6 命令不完整

补全命令或是按ESC键退出,本来是该出>,却出现+,有时候是括号不成对。

getwd()查看工作目录在哪里,这个括号里没有东西,函数后面必须跟着括号,有些函数的括号可以没有内容,但必须有括号。

4.7 出现提示信息

没有关键词(Error或是Warning),说明没有关键词,说明它不关键。检查是否有Error,没有就可以忽略

加载R包经常出现的提示

4.8 进一步选择

遇到R语言问问题,从它提供的答案里挑一个,不回答就一直问,后面的代码无法运行

安装R包是出现:all/some/none? [a/s/n]:

问依赖的包是否需要更新,a为全部,s为部分,n为否定,都不要。

安装R包时经常出现的提示

输入a/s/n其中的一个,按回车

来自生信技能树小洁老师的课件图

注意:出现Error根据提示信息去解决,其它情况可以忽略。

说明

以上内容是听生信技能树小洁老师的R语言线上课,根据自己的理解记录下来,小洁老师授课非常细心,对不同水平的同学都照顾到,并且补充很多技巧以及注意事项。

认真听课,如果时间允许,回放课程,认真跟着课程操作,Rstudio用得很顺利。

可以,正常只要包的路径和暂时路径不含中文,问题不大.设置一下.libPath