El 2016 será un año especial para toda la afición de los gallos, ya que consiguieron levantar su primer título y fue en la Copa MX al enfrentar en la gran final a las Chivas en la cancha del Estadio Corregidora.
Un partido que tuvo de todo, dos equipos que fueron al frente buscando crear peligro pero fallaron muchas jugadas claras de gol, el equipo que tuvo más llegadas y peligro fue Chivas quien en gran parte del primer tiempo fue amplio dominador pero Thiago Volpi que en aquel entonces fue el guardameta de Querétaro se vistió de héroe en varias ocasiones.
El partido se trabo en muchas ocasiones dejando un encuentro peleado en el mediocampo con dos equipos que no atacaban por miedo a dejar espacios en la parte baja y que fueran sorpendidos.
La jugada clave fue en la segunda parte cuando Andrés Rentería se fue expulsado por una agresión a Miguel Ponce para dejar con un hombre de menos a su equipo que al final pudo aguantar el marcador que termino empatado sin goles para mandar todo a la definición en tanda de penales, con jugadores que eran especialistas desde los once pasos.
Ya para la tanda de penales el gran héroe fue el brasileño Thiago Volpi quien detuvo dos penales y anotó un con su equipo para derrotar 3-2 a las Chivas y en un emblemático Estadio Corregidora que estaba lleno consagrarse como campeón de la Copa MX en la edición 2016 para así levantar su primer título en la historia de la institución.
1. Thiago Volpi, 7. Camilo Sanvezzo, 14. Luis Miguel Noriega, 3. Miguel Martínez, 21. Marco Jiménez, 28. Jaime Gómez, 6. Juan Forlin, 9. Carlos Fierro, 29. Neri Cardozo, 19. Yerson Candelo, 12. Jonathan Bornstein. DT: Manuel Vucetic.
1. Toño Rodriguez, 2. Oswaldo Alanis, 18. Nestor Calderon, 24. Carlos Cisneros, 10. Javier López, 27. Carlos Peña, 4. Jair Pereira, 16. Miguel Ponce, 9. Alan Pulido, 17. Jesus Sánchez, 23. Jose Vázquez. DT: Matias Almeyda.