从文献和网站里找到几个引物序列,我应该怎么尽量确认它好不好用?
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可以使用NCBI数据库中的Primer-BLAST;进入页面后,在Primer Parameters中把引物上下游分别输进去;Primer Pair Specificity Checking Parameters中的Database选择Refseq mRNA,再点击GET Primer 就可以了。
在新的页面中,我主要关注下面这些点:
1.Products on target templates这一栏下面是否只有我的目的基因,如果有其他的基因,并且产物长度在几百,那就说明这个引物的特异性不是很好。产物长度在几千的话个人觉得可以忽略,因为不容易扩增出来。
2.产物长度最好在100-200左右
3.引物:引物长度在20-25左右,并且上下游引物的Tm值相差不要很大,大概60°左右吧。引物中GC%为40%-50%。3‘端最好G,C结尾。
我大概就是关注这几个类容,满足的话我就认为这个引物可以定来跑跑了。