Hola, Jonatan,
a mí me gustan las dos ciudades, cada una en su estilo, pero no te vas a aburrir en ninguna de las dos, como te dice Komomola.
Berlín es una gran ciudad, sí, pero se organiza bien en barrios y al final te acabas moviendo siempre por los mismos sitios, que son donde vives y trabajas o estudias y donde tengas tus amigos. A ver, que soy de Santander, que tampoco es una gran urbe, y a los 22 años me fui a estudiar a Berlín y me las apañé perfectamente. Allí hay mucho ambiente todo el año, muchas fiestas y discotecas (mucho techno) y una actividad cultural, tanto clásica con alternativa increíble. Desventaja: es mucho más difícil relacionarse con alemanes, son bastante cerrados. Y también tienen su dialecto, claro, que tiene su aquel.
Múnich es una ciudad más pequeña, pero sigue siendo una gran ciudad, no te creas. Hay también mucho ambiente, aunque más "tradicional" y más tranquilo, son menos de raves y fiestas okupas y más de clubs o discotecas, además de las fiestas de tipo popular. Hay también mucha actividad cultural. Además está en una región (Baviera) preciosa y tienes muchos lugares para hacer excursiones de un día en tren, mientras que la región que rodea a Berlín está bastante desangelada (tampoco necesitas salir mucho, Berlín por sí misma tiene entretenimientos para largo).
Aunque en Múnich se habla bastante dialecto, si ven que tú hablas "Hochdeutsch" se cambian inmediatamente; la TV, la radio, centros de estudios, negocios... en todas partes se habla alemán estándar. En general, los bávaros son más amables y más acogedores que los berlineses, que son bastante ariscos. Desventaja: es una ciudad mucho mucho más cara que Berlín, que para ser una gran ciudad es bastante económica (en su momento, yo la vi en muchos aspectos más barata que Santander).
Un problema que yo tuve en Berlín pero que no he tenido nunca en Múnich es que mucha gente se empeñaba en hablarme en español para practicar, cuando yo lo que quería era hablar alemán (para eso había cruzado media Europa, evidentemente); los llamábamos "pirañas lingüísticas".
En resumen: depende un poco de lo que tú quieres que sea tu experiencia alemana. Por mis propias vivencias, donde mejor aprendes el idioma es en ciudades pequeñas (ni siquiera en Múnich) porque hay menos extranjeros y te ves obligado a socializar en alemán; pero donde mejor te lo pasas es en ciudades grandes y cualquiera de estas dos ciudades estarás bien.
Un saludo