La historia se centra en el origen de Nagi antes y durante su participación en el proyecto Blue Lock. Seichiro Nagi, un estudiante de segundo año de secundaria de Hakuho, siempre esta en la busqueda de una vida más cómoda y sin esfuerzo. Así transcurre sus días hasta que entra en escena Reo Mikage, también estudiante de la misma escuela y año, pero con una familia adinerada y destinado a trabajar en sus negocios. Sin embargo, Reo tiene el sueño de ganar la Copa Mundial de Fútbol con la selección de Japón y, al reconocer el potencial de Nagi, lo anima a apoyarlo en su objetivo.

De esta manera, la historia comienza y a medida que demuestran sus habilidades en el club de futbol de su escuela contra otros equipos, ambos llegan a ser seleccionados para el programa Blue Lock. A medida que Nagi se adentra en este proyecto, descubre el disfrute de jugar al fútbol y desarrolla un creciente interés y dedicación por este en el Blue Lock.