L’impianto della città risale al cinquecento, quando in seguito alla formazione della Lega di Cambrai, la Serenissima decise di fortificare la città di Treviso. Quest’attività comportò, tra gli aspetti maggiori, la distruzione di tutte le costruzioni fuori le mura, per realizzare una spianata. Tra questi anche il convento dei Canonici Regolari Lateranensi, che si erano stabiliti, appunto, fuori delle mura di Treviso, fin dal 1172.
Nel 1529 Papa Clemente VII concesse in uso ai canonici Lateranensi l’antica chiesa di S. Agnese nella zona SS Quaranta (ora Borgo Cavour, che si trovava di fronte all’attuale istituto Pio X) e che fu demolita nella prima metà del 1800; in precedenza, i Canonici erano stati autorizzati a costruire il nuovo convento dedicato ai SS Quaranta martiri, sempre nell’attuale Borgo Cavour e in corrispondenza dell’attuale istituto F. Besta. Agli inizi del 1600, fu iniziata la costruzione di una nuova chiesa, la cui prima pietra fu benedetta dal vescovo di Caorle nel 1575, una targa presente nella nuova sacrestia ne ricorda la consacrazione. La chiesa fu definitivamente completata agli inizi del 1700 e consacrata il 16 novembre 1732 dal vescovo Augusto Zacco e fu dedicata a S. Agnese V. e M. in Santi Quaranta. Una lapide di marmo a memoria è posta in fondo alla chiesa e ricorda che la festa della dedicazione cade alla terza domenica di novembre. Sul lato opposto, una lapide marmorea riporta i nomi dei parroci della chiesa.
Ancora in epoca veneta quando fu decisa la chiusura di alcuni conventi, i Lateranensi lasciarono la città e la chiesa messa in vendita. Fu acquistata dal nobile Querini nel 1774 e donata ai nobili trevigiani per l’uso da parte dei parrocchiani di S. Agnese, finalmente nel 1779. Una targa a ricordo è posta presso la nuova sacrestia. Il Querini, che abitava nel palazzo omonimo sul lato destro della chiesa stessa, chiese di poter disporre di un ingresso proprio, quello ancora esistente sul lato ovest.
Un testo del 1803 di Federici indica come progettista della facciata Matteo Pagnossin, reverendo della Cattedrale della città, e architetto della chiesa di S. Ambrogio di Fiera.
Si accede alla chiesa con una scalinata di tre gradini
La facciata presenta quattro paraste con capitello corinzio, sulle quali poggia la trabeazione con la scritta “TITULARES”, riferita ai Canonici Lateranensi.
La porta presenta un frontone triangolare sormontato da uno stemma dei nobili trevigiani. Due finestroni rettangolari, un rosone illuminano l’interno. Lo stemma dei Canonici Lateranensi è posto all’interno del timpano. Al di sopra, tre statue rappresentano il Redentore, al centro, tra S. Giovanni Battista, a sinistra, e S. Giovanni Evangelista con la penna in mano e un libro sotto al braccio, a destra. Ai piedi di quest’ultimo, un’aquila simbolo del santo.
L’interno è a una sola navata con quattro altari laterali e paraste con capitelli corinzi. Queste mostrano ancora, parzialmente, i decori con angeli ed elementi vegetali del Settecento; il tutto è venuto alla luce nel recente restauro del 1993.
Il primo altare, entrando a sinistra, rappresenta S. Ubaldo, protettore dei Lateranensi, del trevigiano Ascanio Spineda (1588 – post 1649), seguace di Palma il giovane. Il Santo Vescovo, Ubaldo Baldassini vissuto a Gubbio tra il 1100 e il 1160, è ripreso nell’atto di benedire un’indemoniata sostenuta da un uomo barbuto. Ai piedi della mensa, il libro delle Sacre Scritture, l’aspersorio sostenuti da un chierico. Si vede anche un quadro del battesimo del Cristo, il demonio chesi agita nel cielo e il profilo di una città.
Poco più avanti e in una nicchia, è presente una scultura della Madonna del Carmine, nell’atto di porgere lo scapolare. Risulta essere un’opera locale del XVIII secolo. Essa sovrasta il nuovo fonte battesimale, realizzato nel 2007 dallo scultore Fiabane, nel corso dell’adeguamento liturgico alle nuove regole del Concilio Vaticano II.
Il secondo altare presenta il dipinto del Cristo Salvator Mundi, che porta in mano il globo terracqueo sormontato dalla croce, attribuito nella versione originale a Paolo Farinati (1524 – 1606). Esso sovrintende il nuovo tabernacolo, realizzato in congiunzione con i lavori già citati, e presenta la stessa portina di quello precedente che stava sull’altare, posto nel presbiterio.
L’abside presenta il dipinto, che contribuisce al nome della chiesa, rappresentante il martirio dei Santi Quaranta Martiri. Porta la firma di Ottavio Cocco – Octavius Coccus pinxit – presente in Treviso nella seconda metà del secolo XVII. Rappresenta l’uccisione di quaranta soldati cristiani, avvenuta a Sebaste nella piccola Armenia, in Turchia, per immersione nell’acqua gelida invernale allo scopo di farli abiurare.
Nell’abside è realizzato un coro ligneo, anch’esso del XVII secolo, con due ordini di stalli. Quello inferiore presenta i sedili divisi da braccioli con alette. In corrispondenza di questi e nella parte superiore, il secondo ordine di sedili con schienali suddivisi da cariatidi. Alla base dell’altare e ai due lati, ci sono due confessionali in stile, ma di epoca successiva. Sono presenti due cantorie contrapposte completamente ripulite e restaurate e rivestite in foglia d’oro.
L’altare a sinistra e di fronte al tabernacolo presenta la rappresentazione della Madonna col Bambino, opera di Francesco Maggiotto (1738 – 1805). Il dipinto riesce a presentare uno sguardo molto dolce della madre verso il Figlio.
L’altare successivo rappresenta il martirio di S. Agnese, attribuito a Antonio Pieri da Vicenza, detto lo Zoppo. Lo sguardo della Santa è rivolto al cielo e le braccia sono aperte, come segno di accoglimento dell’evento, consistente in un rogo che la lasciò indenne, bruciando invece i suoi persecutori. Il martirio avvenne al tempo di Diocleziano a Roma durante le persecuzioni contro i cristiani.
Altre opere sono state restaurate e conservate in canonica.
L’ultima sistemazione della chiesa, eseguita nel 2007, ha realizzato l’adeguamento liturgico alle disposizioni del Concilio Vaticano II. Il presbiterio è stato ampliato per poter spostare l’altare verso l’assemblea, poi reso solidale al pavimento. La parte frontale, in vista, dell’altare è quella originale, mentre è stata aggiunta una parte posteriore simmetrica in marmo bianco. La mensa, in pezzo unico di marmo, è completamente nuova. Il tabernacolo è stato spostato sull’altare del Cristo Salvatore, orientato a levante. Infine, è stato realizzato l’ambone fisso in cornu epistolae, riutilizzando i fregi dell’altare originale.
Da ultimo, nel 2011 è iniziato il restauro dell’organo Lorenzi sarà completato per il 2013. Esso sarà istallato nella cantoria di destra dell’abside e sarà del tipo a leve come quello originale. Il restauro è eseguito dalla ditta Zanin.