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世界时间线梳理：
140年前，黑衣组织与乌丸集团的BOSS，日本大富豪乌丸莲耶出生。后来他成为全日本最有钱的大富豪，非常喜爱收集艺术品。
130年前，人鱼岛的长寿婆“岛袋弥琴”出生于若狭湾美国岛，这座岛也被称为“人鱼岛”。
100多年前，开膛手杰克在英国伦敦连续杀害了5名妓女，一直没有被逮捕。他的子孙后代汤玛斯·辛多拉后来成为了IT界龙头老大辛多拉公司的董事长。
98年前，美国女资本家阿曼达休斯出生。
88年前，阿笠栗介出生，后来成为一个大富豪，是阿笠博士的伯父。但他从小体弱多病，且讨厌见人。
85年前，山村美砂绘出生于鸟取县，是山村操警官的奶奶。
80-50年前这个时期，几十岁的日本大富豪乌丸莲耶在明面上创建了日本第一大财阀乌丸集团，是一个庞大的跨国企业，涉及到各个领域。背地里创建了跨国犯罪的黑衣组织。因为组织成员的衣服都如乌鸦般漆黑，所以被人称为“黑衣组织”“黑色组织”，他们以酒名为代号在世界各国进行违法犯罪活动。
这个组织严密性非常高，成员之间也不一定相互认识。组织在经济界、科学界、政治界都有人脉，会对阻碍集团利益的人进行暗杀。之所以会有这么深的人脉，是因为他们会用一些特殊的手段对财政界大人物进行控制。只要是想要退出或者背叛组织，就会遭到组织中杀手的暗杀。是个不把人的生命当一回事的杀人犯罪组织。就连日本的首相和议员，甚至是美国总统都受到乌丸莲耶的控制。组织在日本政府安插了很多卧底，很多政治家都是组织的成员或者同伙。
同时，组织创建目的很可能就是为了乌丸莲耶能够长生不老、永生不死。所以会花费大量资金建立实验室，并寻找科学家来组织开发药物，研发长生不死、起死回生药。目前来看，贝尔摩德已经实现了长生不老，工藤新一吃药身体变回了小时候实现了返老还童，乌丸莲耶后来也活到了140岁未死，看来乌丸莲耶的研究已经有了很大成果。
除此之外，组织还会让电脑程序员开发足以影响全人类未来的神秘的电脑软件，具体是什么软件作者还没有说，很可能也与起死回生有关。以及各种高科技产品。
后来，随着黑衣组织的势力越来越大，在世界各国进行犯罪活动，引起了世界各国情报机构的注意进行调查并派出卧底，比如：美国联邦调查局FBI、美国中央情报局CIA、日本公安、英国MI6军情六处、德国BND、加拿大CSIS等。
78年前，盐田平八郎出生，后来成为著名名侦探，人称“日本的福尔摩斯”。
77年前，阿笠栗介（11岁）的妹妹阿笠定子出生，是阿笠博士的姑姑。后来，她搬到了别墅与哥哥阿笠栗介同住，非常照顾他。
75年前，小蓑夏江出生，是铃木集团的一个朋友的亲戚。
74年前，新出三出生，是新出智明的外祖母。
72年前，铃木次郎吉出生，后来成为铃木集团的顾问。
71年前，枡山宪三出生，后来加入组织靠跟着乌丸莲耶（69岁)，依靠组织的力量，成为财经界的大人物、汽车公司董事长。获得组织代号“匹斯可”。
70年前，高见达人出生，后来成为天流空手道八代当家，是京极真的师父。
67年前，在日本大富豪乌丸莲耶73岁的生日宴会中，美国女资本家阿曼达·休斯参加了宴会，并见到了当时的胁田兼则（化名），他的父亲就是组织的二把手朗姆（RUM），常年侍奉乌丸莲耶。后来父亲去世继承了父亲的职位和代号RUM。他的双眼拥有看到过一次的东西就不会忘的能力，类似于照相记忆，因此能看穿别人的伪装，也因此拿到了很多财政界大人物的把柄控制他们。但后来变成了只有左眼可以使用。
63年前，鲛崎岛治出生，后来成为东京警视厅刑事部搜查一课的警视，是毛利小五郎当警察时的上司。
千间降代出生，后来成为一名著名的女侦探，父亲是考古学家叫做千间恭介。
61年前，广田正巳出生，后来成为南洋大学的教授。同年，寺井黄之助出生。
后来（大约20年后)，寺井黄之助在学生时期寄住到了梵高的名画《向日葵》的主人家，并爱上了这里的女管家梅野。再后来在一次大火中，向日葵的主人为了保护画而牺牲，把画丢给了寺井，寺井和梅野逃了出来。再后来，寺井当了魔术师黑羽盗一的助手。
60年前，日本如今最大的财阀：铃木集团正式成立。
日本除了乌丸莲耶外，最有钱的势力就是东京的铃木家和京都的大冈家，以及羽田家，是全日本的四大家族。大冈家的家主就是日本的首相统治整个日本的人物，能直接命令日本公安办事，是全剧权利和财富最高的人物，与乌丸莲耶有很大的联系。大冈家和羽田家家主羽田康晴关系比较好，但与铃木家的铃木次郎吉关系非常不好。
在日本虽然最有钱的财团是铃木集团，但是乌丸莲耶他个人比铃木家和大冈家加起来还要富有，又能通过各种手段对财政界大人物进行操控，控制着整个日本的政界。算是全日本最有钱最强大的人物。他妈留给他的特别大的别墅黄昏之馆，都不是石头建的而是真黄金所建造的别墅。而把工藤新一变小的黑衣组织，就是他所创建的一个黑衣跨国犯罪组织，世界各国情报机构都盯上了这个组织，在组织中他也被称为“那位大人”。
60年前，如月峰水出生，后来成为日本画家，非常喜欢画富士山。同年，南云晓出生，是土井垣琉璃的父亲。
59年前，植松龙司郎出生，后来成为帝丹小学的校长。
56年前，小田切敏郎出生，后来成为东京警视厅刑事部部长。
55年前，鬼冢八藏出生，后来成为日本东京警察学校的教官。毛利小五郎、降谷零、松田阵平都是他的学生。
54年前，宫野厚司出生，后来成为了一名科学家。同年，出岛壮平出生，两人是童年好友。
54年前，松本清长出生，后来成为东京警视厅刑事部搜查一课管理官。
53年前，世良·玛丽出生在欧洲英国，是英日混血儿。长大后（大约20年后左右）加入了英国MI6军情六处（就是007那个组织），嫁给了日裔搜查官赤井务武（此人乃全剧智商最高之一，非常厉害）。
52年前，阿笠博士出生，后来成为科学家、发明家。他的伯父就是大富豪阿笠栗介（36岁），姑姑是阿笠定子（25岁）。他的真名就叫做阿笠博士。
51年前，新出义辉出生，后来成为医生，是新出智明的父亲。
51年前，大上祝善出生，后来成为著名侦探，人称“美食家侦探”。
51年前，铃木史郎出生，是铃木次郎吉（21岁）的堂弟，后来成为铃木集团董事长。
51年前，即将去世的阿笠栗介（37岁）找了一位画家为壁炉前的自己和妹妹画了一副肖像画。他死前嘱咐妹妹“我住了20年的这栋别墅，在我死后50年内也要保持原来的样子”。
50年前，阿笠博士的伯父阿笠栗介（38岁）去世，姑姑阿笠定子（27岁）从别墅中搬走，后来成为了一个小学老师。而这个别墅也就空置了50年，东西一直没有变动，画像也一直挂在墙上。
50年前，时任的东京市长花巨资请外国著名钟表师制作了一个钟塔，表盘短针上镶有数颗钻石，在东京都江古田车站前的广场上。
50年前，杯户高中建校，后来京极真、和田阳奈都是这里的学生。
49年前，芙莎绘·坎贝尔·木之下出生，与阿笠博士是青梅竹马。
49年前，茶木神太郎出生，后来成为警视厅搜查二课警视。
48年前，英日混血儿世良·爱莲娜出生在英国，姐姐为世良·玛丽（5岁）。
47年前，朗姆作为乌丸集团会长乌丸莲耶（93岁）的代理人，替因身体原因的乌丸莲耶参加了国际经济论坛年度会议。
45年前，板仓卓出生，后来成为知名CG制作人、软体设计师。和有希子、贝尔摩德认识，算是朋友。
羽田康晴的儿子羽田浩司出生，后来成为日本著名将棋手。
44年前，目暮十三出生，后来成为了警视厅刑事部搜查一课警部。
44年前，服部平藏出生，后来成为大阪府警本部长。是警界高层人员，地位仅在警视总监之下。同时是全剧智商最高之一。
43年前，铃木朋子出生，后来嫁给铃木集团董事长铃木史郎。
42年前，池波静华出生，她从很小的时候就开始学习剑道，所以身手相当敏捷利落。后来嫁给大阪警局局长服部平藏，改名为服部静华。
42年前，远山银司郎出生，后来成为大阪府警察本部的刑事部长。和服部平藏是好友。
41年前，中森银三出生，后来加入警视厅搜查二课。
40年前，中森碧子出生。是中森青子的母亲。后来成为检察官。
40年前，即将去世的日本最有钱的大富豪乌丸莲耶（100岁）邀请很多考古学家来到黄昏之馆，帮他寻找他去世的母亲留给他的宝藏，这里的家具和用具都刻着乌鸦的家徽，全都是乌丸莲耶特别订制的，因为乌丸莲耶本人非常喜欢乌鸦。直到最后这些学者也没有找到，乌丸莲耶为了杀鸡儆猴开始一个个杀掉他们。
其中一名考古学家叫做千间恭介，千间恭介成功找到了宝藏，并将宝藏地点的暗号在信中寄给了侦探女儿千间降代（23岁）。死前在钢琴上用血写下了乌丸莲耶杀他和解开藏宝的关键提示。千间降代得知父亲被杀后非常憎恨乌丸莲耶。
紧接着，日本大富豪乌丸莲耶据说去世（实际上没死，以某种方式活了下来)。而世人也以纪念他去世为由，有人在黄昏之馆内展开了乌丸莲耶的追思会，实际上是艺术品的拍卖会，邀请了社会知名的政治家、经济家。因拍卖的珍贵艺术品多达300件，所以拍卖会要进行三天。
就在第二天，暴风雨中来了两个被暴雨淋湿的宾客（未知是谁）。给了主办人大麻成功借住。不久，馆内参加拍卖会的社会知名人物为了争夺宝物互相残杀，整个黄昏别馆变成了人间地狱。
第三天，会场中只留下了8名死者，和10多名昏睡的宾客。而那两个神秘宾客却和艺术品一起消失了。这就是当时震惊的黄昏之馆惨案，但外界很少有人知道这件事，只有警界的高层知道。
40年前，9岁的芙莎绘因为头发和大家的颜色不同怕受歧视而整天戴着帽子。有一天在学校的银杏树下，她的帽子被风刮起，阿笠博士（12岁）捡起来还给她，芙莎绘害怕阿笠博士会笑她，说：“不行，不可以看，我的头发颜色很奇怪呀，跟大家都不一样。”随即哭起来。但阿笠博士却捡起一片银杏叶并说：“是吗，我很喜欢，就像银杏的叶子一样，很漂亮啊！”
于是芙纱绘就这么开始喜欢上了阿笠博士，当她回想起这一幕时，总是会微微笑，然后闭上眼睛，陶醉在回忆之中。她原本很怕动物（因为曾被自己养的狗咬过），于是阿笠博士带她到养动物的蝶野家和野井家，使她开始喜欢上小动物，但是后来她要离开了，到外国去。临走前留下一封信：这些日子多亏了阿笠，能够认识阿笠真是太好了。
之后，芙莎绘去了国外和阿笠博士分别，临走前给阿笠博士留了一封信，说每隔十年都会在老地方也就是小学的银杏树下等阿笠。可惜后来阿笠博士忘记了老地方在哪，芙莎绘也始终没有嫁人，并成为了时尚设计师，自创了“芙纱绘”品牌，其商标便是金黄色的银杏叶，为了让银杏之约的人有朝一日看到。阿笠博士则成为了发明家。
40年前，黑羽千影出生，后来成为了人称“昭和时代的女二十面相”的怪盗淑女。
39年前，坚村中彬出生，与工藤优作是大学同学。在泽田泓树的父亲。
38年前，黑羽优作和黑羽盗一出生，两人是双胞胎，后来父母离婚，哥哥黑羽优作跟了母亲改名工藤优作，弟弟黑羽盗一跟了父亲。后来工藤优作年轻时就对推理有浓厚的兴趣，成为了著名推理小说家。是工藤新一的父亲。靠写剧本拿过奥斯卡奖。黑羽盗一则拜师英国著名魔术师詹姆斯·霍伯，成为了日本著名魔术师。两人都是全剧智商最高之一。
毛利小五郎出生，是毛利兰的父亲。后来成为了一名警察，并转职侦探成为日本著名的名侦探
37年前，藤峰有希子出生于群马县，是工藤新一母亲。
妃英理出生，是毛利兰的母亲，工藤新一岳母。
37年前，南云晓（23岁）和土井垣琉璃的亲生母亲在某个小剧团工作时怀上的孩子。后来母亲在发现怀上琉璃时已和南云晓分手，之后和后来的养父交往了一阵子，最终生下了琉璃。是小五郎和妃英理 有希子的初中同学。
36年前，常盘美绪出生，后来成为常盘集团的社长，与毛利小五郎是大学同学。
35年前，诸伏高明出生于长野县，父亲是个小学老师。
大和敢助出生于长野县，与诸伏高明是好友，后来两人均成为长野县警官。
32年前，英国MI6日裔搜查官赤井务武与世良玛丽（21岁）结婚，并生下了儿子儿子赤井秀一。
32年前，小岛元次出生，后来在东京开了家酒馆，是元太的父亲。
31年前，南云晓（29岁）的儿子南云伸晴出生。是琉璃同父异母的弟弟。
31年前，萩原千速出生，是萩原研二的姐姐。松田阵平的初恋。
30年前，宫野厚司（24岁）因提出要让死人复活的药物理论，而在科学界被称为“疯狂的科学家”，并遭到学术会开除而闻名。他与来自英国的留学生世良爱莲娜（18岁）结了婚，改名为宫野爱莲娜。
当时的日本，有一家叫做白鸠制药的著名品牌的制药公司，这个品牌的药物价格低药效好很出名。宫野厚司和爱莲娜两人一起加入了这个白鸠制药公司工作，负责开发药物。宫野厚司将自己家住宅借给了朋友出岛壮平（24岁）当事务所。这一年，宫野厚司自费在出岛壮平那里出版了一本书，声称要开发出“梦幻般能让死人复活”的神秘药物。
之后在产品发布会中，宫野厚司结识了发明家阿笠博士（22岁），并称赞了他的发明。阿笠博士觉得宫野博士是个很随和的人，并不像是传言中的“疯狂科学家”。
30年前，公安警察风见裕也出生。
大冈家管家伊织无我出生。后来成为了公安警察。和风间裕也是警校同学。
30年前，第二代日裔美国人伊森·本堂加入了美国CIA中央情报局，成为谍报人员。
而且，美国CIA中央情报局也在调查日本大富豪乌丸莲耶（110岁)创建的巨大的跨国犯罪黑衣组织。
30年前，12岁的池波静华参加剑道比赛得了第二还要哭了，原因是输给了初中一年级的学妹铁美智子。后来她成为了日本著名的歌牌女王，嫁给了日本大阪警局局长服部平藏（14岁）。
30年前，植松龙司郎（29岁）创建了帝丹小学。
这一年，19岁已经长大成人的芙莎绘第一次回到日本在银杏树下等阿笠博士（22岁)，没有等到。
29年前，降谷零出生在东京的一个小镇，发色为淡金色，是个混血儿。后因父母去向不知，成为了一个孤儿。
29年前，上原由衣出生于长野县，和大和敢助（6岁）为青梅竹马，两人都崇拜村里的巡警甲斐玄人。
29年前，诸伏高明（6岁）弟弟诸伏景光出生于长野县。
同年，松田振平、萩原研二、伊达航出生。枪田郁美出生，后来成为女侦探。
山村美砂绘（56岁)的孙子山村操出生
28年前，茱蒂·斯泰琳出生于美国，父亲为美国FBI联邦调查局搜查官。
佐藤美和子出生东京，父亲是日本东京警视厅的佐藤正义警官。宫本由美出生东京。
白鸟任三郎出生东京，是白鸟集团的少爷。
绫小路文麿出生京都，与白鸟后来是警校同学。
28年前，英国MI6军情六处搜查官赤井务武和世良玛丽（25岁）的二儿子赤井秀吉出生在英国，是赤井秀一（4岁）的弟弟。
27年前，CIA情报员伊森·本堂来到日本结婚，女儿本堂瑛海出生。
27年前，东京警视厅松本清长（27岁）警视女儿松本小百合出生；竹中一美出生于千叶县，两人是同学。
27年前，人鱼岛长寿婆岛袋弥琴（103岁）的曾孙女岛袋君惠出生于若狭湾美国岛。
27年前，安德烈·卡迈尔出生于美国，拥有德国血统，后来加入FBI联邦调查局。
26年前，高木涉警官出生。
阪田佑介出生，后来成为远山银司郎（16岁)的下属。
26年前，帝丹小学小林澄子老师出生，与白鸟（2岁)算是青梅竹马。
25年前，乌丸莲耶以乌丸集团的名义对白鸠制药公司进行收购失败而倒闭。该公司研究人员科学家宫野厚司（29岁）和世良爱莲娜（23岁）开始在东京的小镇中开诊所，并生下一个女儿叫宫野明美。
而世良爱莲娜在英国MI6军情六处搜查官的姐姐世良玛丽，她和丈夫赤井务武一起孕育了两个儿子，大儿子叫赤井秀一（7岁） 二儿子叫赤井秀吉（3岁）。
25年前，新出义辉（26岁）的儿子新出智明出生，后来加入东都医大。
24年前，铃木集团董事长铃木史郎（27岁）和铃木朋子（18岁）的女儿铃木凌子出生。
三池苗子、千叶和伸出生。
这一年，毛利小五郎（14岁）妃英理（13岁）升入了帝丹国中，两人从幼儿园到现在都为同学。小五郎非常的喜欢妃英理，还有两位同学叫做土井垣琉璃（13岁）和藤峰有希子（13岁），土井垣琉璃暗恋小五郎。
琉璃拼命地学习以至于都戴上了眼镜，只是为了吸引小五郎的注意，认为他只喜欢聪明的女孩子。初中毕业后很长时间她都没有和小五郎再见面，后来改名叫雨城琉璃成为了治愈系女明星。
23年前，榎本梓出生；冲野洋子出生，后来成为著名女歌手。
22年前，在长野县诸伏景光（7岁）在山上抓虫时偶遇了山村美砂绘的孙子山村操（7岁）两人成为了朋友，经常一起出去玩关系很好。两人还一起在群马县和长野县的分界线上建了个秘密基地。两人约定长大后一起成为正义的伙伴
之后，因为诸伏景光父亲班里的小女孩有里她盲肠炎突然发作，景光父亲把她送到了医院却不幸去世了。有里的父亲无法接受女儿的死精神出现了问题。认为是景光父亲没把她送到医院，就到景光家中杀掉了景光父亲，景光母亲把景光藏到了衣柜里随后被杀。
而景光哥哥诸伏高明（13岁)则因为参加夏令营不在家。景光因此亲眼目睹了父母被杀，凶手发现了藏在柜子里的景光但故意放了他，然后景光就被吓晕在了柜子。直到高明从夏令营回来发现父母被杀了，才发现了弟弟景光在柜子里睡着了。
因为这件事景光后来一直都活在阴影中，并患上了失忆症和失音症，长野夫妇被杀案也上了新闻。之后，景光与哥哥诸伏高明（13岁）分开，被东京的亲戚所收养照顾。但山村操并不知道景光的不告而别，后来一直在秘密基地等他却一直没有回来。
之后，景光在东京认识了小时候的降谷零（7岁)成为了朋友。降谷零让他打开了心扉。并打电话告诉了哥哥高明在东京交到了新朋友。
这一年，英德混血儿米奈芭·格拉斯出生于英国伦敦，后来成为著名网球选手。人称“草地女王”。她教练为阿雷斯·阿修莱。
21年前，妃英理（16岁） 毛利小五郎（17岁） 藤峰有希子（16岁）升入帝丹高中，还有个同学叫伴场赖太。当时妃英理因头脑极好，才貌双全，被称为“帝丹女王”，16岁就被推荐到哈佛大学留学，但放弃了这个机会。有希子则被称为“帝丹公主”。
藤峰有希子（16岁）也开始当女演员。在一次扮演龙马的姐姐乙女这个角色后人气飙升，在影坛迅速走红，成为了引起全世界关注的著名女影星，拥有天使般的脸孔和天才横溢的演技。
后来，藤峰有希子为了演好一个女特工的角色，和美国电影女明星莎郎·温雅德一起拜了日本天才魔术师黑羽盗一为师，学习可以变成别人样子的易容术，两人因此成为好朋友。但由于黑羽盗一更偏爱莎朗，所以还教会了她变声术。
黑羽盗一十几岁时就在全世界做巡回魔术表演，年仅20岁就夺得了有着“魔术师的奥林匹克”的国际魔术联盟大赛最高奖的天才魔术师，人称拥有“天才的魔术之手”。
20年前，黑羽盗一的弟弟推理小说家工藤优作（18岁）爱上了藤峰有希子（17岁），在一家豪华意大利饭店告白了有希子。两人结识是因为优作的小说改编为影视剧时，女主人公由有希子饰演。工藤优作在这里破解了一起自杀案，并结识了还是菜鸟的目暮警官（24岁）。
而莎朗·温亚德的真实身份是黑衣组织女干部代号“贝尔摩德（苦艾酒）”，与组织BOSS乌丸莲耶（120岁)有着某种关系。她因为吃了组织开发的神秘药物而导致长生不老，但因为明星身份所以还需要化老妆成莎朗。因为她可以靠易容变成其他人样子进行犯罪，而被称为千面魔女。
这一年，贝尔摩德在美国用易容术变装成FBI联邦调查局搜查官混进别墅，杀了调查黑衣组织的斯泰琳搜查官和他妻子。贝尔摩德对进入房间的他女儿茱蒂（8岁）用英语说出了一句口头禅:“秘密让女人更有魅力”，指纹却不小心留在了眼镜上面。
贝尔摩德离开后放火烧掉了别墅，当FBI探员赶来时她已经无影无踪。小朱蒂却意外没有被烧死，并被父亲的同事詹姆斯·布莱克保护起来进行证人保护计划。小朱蒂对詹姆斯说让她同意证人保护计划的条件是让她长大后也加入FBI，决心长大后也要加入FBI为父母报仇。
这一年，25岁的板仓卓由游戏制作人转入CG行业，紧接着加入了象棋俱乐部，结识相马龙介，自称要开发出能打败将棋名人的电脑软体。
之后，板仓卓成为了CG制作人，负责电影的特殊视觉，也因此认识了很多演员和导演，包括莎朗温亚德和藤峰有希子。一次，不知道因为什么原因，板仓卓和莎郎大吵了一架。这件事和黑衣组织的长生不死计划有很大关系。
20年前，警视厅鲛崎岛治（43岁）警视的女儿鲛崎美海这一年在抢劫案中遇害。而这些抢劫犯的头目叶才三则因为要去向警方自首而被同伙扔到海中杀死。
同年，另一个警视厅警视松本清长（34岁）警视则在一次秘密追寻连续杀人犯时来到了码头，不巧被犯人发现，犯人拔出日本刀砍向他，松本左眼遭到重创负伤，但却漂亮地夺得犯人手中的刀，反手回敬了一刀，留下了一道笔直的伤痕。
而他的好友森村警官也因发现可疑车辆上前盘查，在阻止嫌疑人逃逸时被车撞倒后殉职，后被追授为警视。
一次，警视厅的目暮十三(24岁）警官被派去保护目暮绿。之后，目暮绿因案件被车撞得全身是血，目暮警官的头上也留下伤疤，后来目暮绿成为了目暮警官的妻子。
这一年，黑衣组织底层成员沼渊己一郎参加了集训考驾照，他们一起害死了教练也就是阪田佑介（6岁）的父亲稻叶彻治。后来（大约14年后）阪田佑介为调查父亲死亡真相做了刑警，成为大阪警视远山银司郎的下属。
20年前，越水七槻出生，后来成为女侦探。
20年前，当时黑羽千影以“怪盗淑女”的身份专挑收下不义之财的大企业和大财主下手，因此获得了很高人气。专偷世界著名物品，但每次都归还或丢掉。曾出现过一个专制造假宝石的团伙，在宝石被偷后大量出售假宝石来牟取暴利，怪盗淑女将宝石还至警察局，以使团伙破产。同时，她还是当时很火的女演员藤峰有希子的粉丝。
这一年，已经成为时尚设计师的29岁的芙莎绘第二次回到日本在银杏树下等阿笠博士（32岁)，却依然没有等到。
19年前，121岁的日本大富豪乌丸莲耶（121岁)以乌丸集团的名义作为赞助商支持科学家宫野厚司（35岁)的研究，邀请宫野厚司和爱莲娜（29岁）加入集团开发药物，此时的爱莲娜已经怀上了第二个女儿。
因为宫野博士也是要研发可以使人永生的药物，和乌丸莲耶的研究目标一样，所以才会拉拢他到组织进行研究。但由于乌丸集团有很多不好的传闻，爱莲娜姐姐世良玛丽（34岁）也说这个集团不可靠，所以宫野厚司坚持拒绝。
这个时期，小镇上的金发混血小男孩降谷零（10岁）则因为发色独特，所以经常被嘲笑而打架受伤来诊所治疗，爱莲娜对他格外的照顾，也因此成为他的初恋。一天，因打架受伤的降谷零被他们的女儿宫野明美（6岁）带去诊所治疗，在这里遇到了宫野厚司和爱莲娜。
来到诊所，爱莲娜为降谷零治疗了伤口，并跟宫野厚司商量要不要加入乌丸集团。宫野博士本来打算拒绝，但得知爱莲娜怀上二女儿后为了一家四口的生活费用以及自己的药物梦想就同意了。虽然得到了玛丽的阻止。
这也是降谷零最后一次拜访宫野医院。降谷零问爱莲娜下次受伤他还可不可以来这里治疗，爱莲娜回答“不可以，我们这里不欢迎打架的小孩。但如果是为了和别的小朋友和好而光荣负伤的话就可以。”
紧接着，爱莲娜告别了小男孩降谷零后，就和宫野厚司关了医院从小镇中搬走，加入了“乌丸集团”，结果却被迫成为了组织成员给组织开始研发药物，失去了人身自由，受到了严密监视，爱莲娜也变得沉默寡言，人称“坠入地狱的天使”。
他们与组织成员枡山宪三（皮斯可)（52岁）成为了朋友，是财经界巨头、汽车公司的董事长。并在组织研发出了一种名叫APTX-4869和银色子弹的药物，组织成员用他们的药物进行暗杀和药物试验。匹斯可知晓他们的药物研究情况。
一次，宫野博士和爱莲娜在组织的监视下带着明美来到事务所拜访了朋友出岛壮平（35岁），但出岛却因为有事外出一天没有回来，夫妇二人被迫离开。出岛则因为逼迫一个员工在自己事务所上班遭到憎恨，这个员工本想杀了出岛，但看到可爱的明美就放弃了这个想法。
18年前，妃英理（19岁）考上了东都大学。毛利小五郎（20岁）也考上了米花大学。而有希子则因为当演员没有上大学，继续演员明星拍戏生涯。
毛利小五郎同学有：绫城行雄（20岁）堀越由美（2 0岁）宫原纪子（20岁）大村淳（20岁）中道和志（20岁），他们都是柔道社成员。后来的一个学妹就是常盘美绪（18岁）。
18年前，宫野厚司（36岁）和世良爱莲娜（30岁）的二女儿宫野志保在乌丸集团（黑衣组织）出生。同时也是赤井务武和世良玛丽的二甥女。
爱莲娜的姐姐世良玛丽和她丈夫赤井务武都是英国MI6的搜查官。他们有两个儿子哥哥叫赤井秀一（14岁）弟弟叫赤井秀吉(10岁)，都是宫野明美和志保的表哥现居住在英国。
赤井务武在日本有个资本家朋友非常有钱，叫做羽田康晴。羽田康晴的妻子是羽田市代，他们的儿子是位将棋手叫做羽田浩司，拿下了“四冠王”的称号。且羽田家和大冈家认识。
这一年，藤峰有希子（19岁)已经是风靡全球的著名女影星了，囊括了各大奖项。并与女演员鞍知景子成为了朋友。出演过的电视剧有《危险女警物语》《白色公主》《再见明天》。
当时，山村操（11岁)就因为看了有希子出演的《危险女警物语》，而崇拜电视里的女警察，且因为在几年前与景光有过长大后一起成为正义的伙伴的约定。决定长大后也要成为警察。后来两人虽然都成为了警察，但景光后来却殉职了，两人长大后再也没见过。
18年前，这一年20岁的黑羽盗一获得了“魔术师的奥林匹克”的国际魔术联盟大赛最高奖。
之后，怪盗淑女在巴黎的盗窃行动中在埃菲尔铁塔上被制作仿冒宝石在黑市贩卖的犯人乡津会长他们包围，偶然遇到了穿着白色礼服的日本著名的天才魔术师黑羽盗一（20岁），黑羽盗一开摩托车躲避犯人开枪追杀救下了怪盗淑女，并在摩托车从塔上下坠时解开了怪盗淑女手上的手铐并吻了她。
之后，黑羽盗一就和怪盗淑女结婚了，怪盗淑女改名黑羽千影，退出江湖。而黑羽盗一则为了抹除怪盗淑女在世人的记忆，则继续穿上这套白色礼服，戴着白色礼帽，身披白色斗篷，自称怪盗1412号去盗窃宝石在巴黎犯案，后活跃各国盗窃宝石。
日本警视厅搜查二课的中森银三警官（23岁）和茶木神太郎警视（31岁）负责抓捕他。怪盗1412因多次盗窃宝石未失手，且精通易容术变声术和各种魔术，经常在夜晚犯案。所以被人称为“平成年代的亚森·罗宾” “月光下的魔术师”。
接着，怪盗1412（黑羽盗一）被同样寻找潘多拉宝石的神秘组织盯上，这个组织并非日本大富豪乌丸莲耶（122岁)创建的黑衣组织，而是一个组织成员以动物为代号的神秘组织，其中一个干部叫做斯内克。（毒蛇）
同年，京极真出生于伊豆。比护隆佑出生，后来成为著名足球选手。
这一年，东京警视厅的佐藤正义警官逮捕了犯人鹿野修二（31岁），在带他回警局的路上鹿野冲向开来的汽车自杀。就在这时，佐藤正义将鹿野推出去换成了他被压倒在车轮下，对逃走了的鹿野说了句“去自首”。
紧接着，佐藤正义在救护车上告别了女儿佐藤美和子（10岁），抢救无效死亡离开了人世。后被追授为警视正。后来美和子将父亲的手铐保存下来当作护身符，佐藤正义也留下了一辆白色的马自达RX-7 FD3S。
17年前，日本著名将棋手、作为“四冠王”的羽田浩司（28岁）出于兴趣前往美国参加国际“象棋”比赛，在一家名为“JUKE”的酒店与上了年纪80多岁的女粉丝资本家阿曼达·休斯（81岁）见面，当时阿曼达准备参加美国总统的竞选。阿曼达随身带着武力超高的女保镖蕾切尔·浅香（20岁）。
当时日本公安也下了密令派一位叫黑田兵卫的人员去和阿曼达见面。两人可能想要互通什么情报，而且是关于乌丸莲耶的黑衣犯罪组织的，阿曼达和FBI CIA都有联系，在美国政府机关和情报机构都有人脉。羽田浩司和阿曼达两人在房间下了一盘棋，并讲述了拥有日本血统的浅香她父亲给阿曼达当保镖为阿曼达挡子弹去世，她的母亲也因病去世，后来浅香则和她父亲一样成了阿曼达身边的保镖的身世，阿曼达一直把她当成亲生女儿一样。羽田浩司则表示浅香是自己喜欢的女生类型。
羽田浩司回到自己房间后。黑衣组织二把手朗姆黑掉了酒店的监控，用自己眼睛的特殊能力找出了阿曼达的所有保镖，并让小弟们全部解决掉。并让贝尔摩德用变声阿曼达声音支开了阿曼达叫来的警察。黑田兵卫被当成了阿曼达的保镖，但他成功反杀了来袭击他的组织成员。阿曼达发现自己保镖全部联络不上知道组织的人来了，便骗浅香说象棋丢失让浅香去了羽田浩司房间拿象棋支开了浅香。随后朗姆便带人进入了阿曼达的房间，阿曼达认出了眼前的人就是曾经出现在过日本大富豪乌丸莲耶生日宴会中的一个外号叫朗姆的小孩，因此确认了组织背后的老板就是乌丸集团的老板乌丸莲耶。
朗姆本想假装用组织研发的毒药APTX4869毒杀阿曼达，引诱浅香出现，再用浅香来威胁控制阿曼达，等她当上美国总统后为组织办事，从而操控整个美国的政界。结果阿曼达趁机自己吃下了这个药物身亡。朗姆便带人离开去找浅香。阿曼达在死前用象棋留下了暗号。黑田兵卫随后赶到房间发现阿曼达已经去世，发现了暗号，便急忙去找羽田浩司房间。
随后，羽田浩司知道阿曼达骗浅香来到这，就知道遇到了危险，便阻止浅香回去找阿曼达。这时，朗姆带人来到羽田浩司房间中来寻找浅香。羽田浩司就把浅香电晕藏到了书柜上书的里面，并把自己的护身符“角行”将棋给了她。
就在朗姆再次进来搜查房间时，羽田浩司说出了乌丸莲耶，朗姆因为被人说出组织BOSS名字而吓到。羽田浩司说自己在新闻看见过朗姆在30年前代替乌丸莲耶参加的国际经济论坛。在朗姆的逼问下羽田浩司始终不肯说出浅香在哪，于是羽田浩司被朗姆灌下了组织中宫野夫妇研发的APTX-4869药物身亡，朗姆打算试用该药物的效果。随后因为警察已经发现阿曼达遇害，朗姆便带人离开了房间。羽田浩司死前用剪刀在他妈留给他的镜子上留下了字母当作暗号，含义为CARASUMA（乌丸莲耶），组织BOSS的名字。这成为了朗姆的失误。后来，羽田浩司和阿曼达的名字也登上了组织的APTX—4869服药名单。
朗姆带人离开了房间。这时，黑田兵卫也来到了房间，打晕了组织留下的善后人员，发现羽田浩司已经遇害，浅香也醒来从书柜出来，以为是黑田兵卫杀死了羽田浩司，便暴打了黑田兵卫，从黑田兵卫的手机照片知道阿曼达也已经去世。就在这时黑田兵卫反过来打晕了浅香，并把她装入组织的行李箱带出酒店。回去的路上朗姆才突然想明白羽田浩司是把浅香藏到了书柜里，在走廊与黑田兵卫擦肩而过。
朗姆发现浅香已经不在柜子里，并接到了手下被黑田兵卫打晕的报告，才明白刚才黑田兵卫的行李箱里装的就是浅香，于是便根据行李箱上的GDP开车追杀黑田兵卫的车辆。结果黑田兵卫的车出了车祸，浅香趁机逃离下落不明，后来被当成最大嫌疑人通缉，黑田兵卫也因为车祸昏迷了十年。而羽田浩司他父亲羽田康晴觉得拿走羽田浩司护身符“角行”将棋的人一定是凶手。
就这样朗姆没有成功控制阿曼达，还让她自杀身亡了，且放走了手中有组织情报的保镖浅香，把不相关的羽田浩司卷入并杀害，也没有成功杀死黑田兵卫。羽田浩司留下的BOSS名字的暗号也被新闻报道。此次事件成为组织二把手朗姆的重大失误。
后来浅香不断把这个案子上传网络，非常希望有人能破解暗号，但最后破解暗号的只有推理小说家工藤优作一个人，知道了是日本大富豪乌丸莲耶所为。而朗姆的左眼也不知道为什么瞎掉，换成了义眼，也失去了特殊功能。
而日本警察厅警备局企划课的理事官黑田兵卫（33岁）参与了这次案件，并因此昏迷住在了警察医院。
之后，由于美国警方迟迟破不了此案，因此羽田浩司的父亲羽田康晴（此人也是个非常有钱的人物，资本家）委托自己在英国MI6军情六处的搜查官朋友赤井务武，让他前往了美国调查羽田浩司案，赤井务武因此去了美国调查，并顺便参加了阿曼达的葬礼，想要查清楚杀死羽田浩司的凶手是谁。赤井务武在调查过程中被黑衣组织盯上，且遇到了同样了来调查的蕾切尔·浅香，并在危难中保护了她。
赤井务武遭到组织追杀，用手机发短信让身在英国的妻子世良玛丽（36岁）带着儿子赤井秀一（15岁） 赤井秀吉（11岁）坐飞机从英国逃到日本避难。此时的玛丽还怀着女儿，赤井务武也随之没有了消息，生死不明，很可能已经被乌丸莲耶（123岁)的黑衣组织杀死了。
因为赤井务武帮自己调查案件卷入危险而失踪，羽田康晴感到很愧疚，包养了赤井务武的家人。赤井一家来到日本后，羽田康晴收养了赤井务武的小儿子秀吉当义子，变成羽田浩司的义弟，让他开始练习将棋代替羽田浩司当羽田家的将棋手。大儿子赤井秀一为了找出父亲的下落去了美国留学，打算毕业后加入美国FBI联邦调查局。他们妹妹世良真纯也在日本出生，羽田康晴后来也很照顾赤井务武的小女儿。赤井秀吉也随母亲姓氏改姓世良。
而世良玛丽在黑衣集团组织开发药物的科学家妹妹爱莲娜（31岁）和丈夫宫野厚司（37岁）则将自己研发的一种很可怕的药物名称命名为“银色子弹”，在给两个女儿小学二年级的明美（8岁）和刚出生的志保（1岁）留下了每一年的生日祝福的录音带后。和丈夫宫野厚司一起死在了实验室的火灾中，研究资料也全部被烧毁。宫野明美和志保也被迫加入组织。
这一年，日本著名女影星藤峰有希子（20岁）以20岁的年纪退出演艺界息影，嫁给了推理小说家工藤优作（21岁)，定居在日本东京都米花町二丁目21号。5月4日儿子工藤新一出生，也是黑羽盗一的侄子。
一次，工藤优作在完稿之后没有告诉编辑们，就偷偷跑了出去并给有希子留了暗号。有希子在小新一的提示下，成功解开暗号和优作会合。两人当时因为觉得生活老是被打扰，就想移民到美国洛杉矶。但两人还是后来还是一直待到了新一上初中才搬到美国。
工藤优作（21岁）在日本则经常为警视厅破案，与目暮警官成为了朋友。隔壁发明家就是阿笠博士（35岁），也成为了朋友。
铃木集团董事长铃木史郎（34岁）和铃木朋子（25岁）的二女儿铃木园子出生，姐姐为铃木凌子（7岁）。
大冈集团千金大冈红叶出生，后来的管家为公安警察伊织无我。后来开始练习歌牌，因此拥有敏锐的听力，成为名倾鹿雄的头号弟子。
大冈家很有势力，可以称为“西部的铃木集团”，大冈家主就是日本的政界最高层现任首相。（后退休）且大冈家与羽田康晴羽田家有交情。但她的家长们与铃木集团的顾问铃木次郎吉（55岁)的关系不好。
CIA情报员伊森·本堂的儿子本堂瑛佑出生，姐姐为本堂瑛海（10岁）。他们家生活在杯户町三丁目奥平角藏家，母亲在这做家政。但伊森·本堂却常年在美国偶尔会回来。
6月21日，著名魔术师黑羽盗一和黑羽千影（23岁）的儿子黑羽快斗出生。也是工藤新一的堂弟，工藤优作的侄子。他的长相和声音也和堂哥工藤新一一模一样。
8月10日，大阪警局局长服部平藏(27岁)和服部静华（25岁）的儿子服部平次出生。
8月29日，后来的警视厅总监白马的儿子白马探出生，后来经常留学伦敦。
9月，搜查二课警官中森银三（24岁）和中森碧子（23岁）的女儿中森青子出生。黑羽快斗与中森青子是青梅竹马兼同学。
12月4日，大阪警视远山银司郎（25岁）的女儿远山和叶出生，与服部平次是青梅竹马。
17年前—16年前，诸伏高明考上了东都大学，比妃英理小两届。一次，他在一个咖啡厅接见了自己初中的弟弟诸伏景光，和他的朋友降谷零。景光对他说“这是我的好朋友降谷零，他和我一样像哥哥一样一心想当警察”。这是降谷零第一次与自己朋友的哥哥见面。后来诸伏高明以专业第一名的成绩毕业。毕业后，诸伏高明放弃成为国家公务员的考试，选择成为非专业组，回到老家就当了长野县警官。
16年前，毛利小五郎（22岁）表白妃英理（21岁)，对她说“我喜欢你，比世界上任何一个人都要喜欢你”。之后，就和妃英理（21岁）大学未毕业结婚了，5月有了个女儿叫做毛利兰。
14年前，毛利小五郎（24岁）大学毕业加入了东京警视厅警察学校，拥有高超的射击能力。他的教官叫做鬼冢八藏（41岁）。之后，小五郎在警校射击训练时完成过20颗子弹全部命中靶心，是个超级射击天才，警校传说级人物。这也让鬼冢教官记住了这位叫毛利小五郎的天才。
13年前，毛利小五郎（25岁）正式加入警视厅当警察，先是进入纵火犯搜查一系结识弓长警部。然后调到搜查一课结识了目暮警官（31岁)，两人一起拜师名侦探盐田平八郎（65岁）学推理。他们一个上司就是7年前失去女儿的鲛崎岛治（50岁），还有松本清长（41岁）警视。
他的女儿小兰（4岁）此时正在米花保育院樱花班就读幼儿园，与铃木集团千金铃木园子（4岁）在同一个班级并成为了好闺蜜。之后，隐退四年的女明星有希子的儿子工藤新一（4岁）也转来了这里，三人因此成为青梅竹马。当时，工藤新一已经喜欢上了小兰，对她一见钟情。
毛利小五郎非常擅长柔道、枪法，妻子妃英理（24岁）是位律师，与有希子是初中同学。他们的幼师江舟论介（39岁）涉嫌绑架，被工藤优作推理出来报了警，让目暮警官和小五郎逮捕。
13年前，已逝四年的宫野厚司（41岁）和艾莲娜（35岁）的小女儿宫野志保（4岁）因头脑好用，未懂事就被组织送往了美国留学进行培养。留学期间身边都有组织成员监视。她姐姐宫野明美（12岁）则留在了日本上普通学校。
当时，6年级的宫野明美（12岁）转学到了帝丹小学就读，成为帝丹小学第19届学生，校长为植松龙司郎（46岁)。明美还给同学村田匠看了自己和妹妹志保离别前的合照。在小学毕业后，同学们埋藏的时光胶囊中明美还写了给妹妹志保的话。
一次，志保在美国留学期间。一位叫直美·阿尔简特的同学因为有日本人血统长着东方人面孔，而在公交车上受到同学歧视被欺负，是志保帮助了她。也是从这之后，他们欺负的对象从直美变成了志保。
几年后，直美就想消除人种歧视，在学习人类学和人工智能技术时发明了全年龄识别系统。就是利用人工智能基于解剖学和统计数据进行计算，用骨骼来计算年老和年轻时的样貌，再用CG绘制回来，然后通过人脸识别寻找样貌相同的人。国际刑警组织因此找到了她，要利用这个系统进行犯罪追踪。同时，乌丸莲耶也盯上了这个系统，派去了组织成员宾加去找她要这个系统遭到拒绝。
12年前，工藤优作（26岁）的朋友坚村中彬（27岁）的儿子泽田弘树出生，后来一次因研究电脑而被体育老师当成电脑偏执狂的怪小孩。
11年前，在7年前失去父亲的佐藤美和子（17岁）励志要成为警察帮父亲报仇，并将父亲留下的马自达RX-7暂存在了父亲朋友警察学校的教官鬼塚八藏那里。
10年前，贝尔摩德以莎郎·温雅德的身份退出演艺界，以捏造出来的女儿克莉丝·温雅德的身份继续存在，同样为美国电影女明星。因为高超的易容术，所以贝尔摩德既可以变成莎郎也可以变成克莉丝两个身份。
10年前，在江古田钟楼下等待父亲中森银三（31岁）的中森青子（7岁），由于中森银三工作忙没来，正在难过时。偶遇了7岁的黑羽快斗，黑羽快斗用黑羽盗一教他的魔术变出一朵花，对她说“我叫黑羽快斗，请多指教”。两人因此结识，成为青梅竹马
10年前，美国CIA中央情报局派出伊森·本堂潜入日本大富豪乌丸莲耶（130岁)创建的黑衣组织卧底。这一年，他妻子因病而去世。
之后，有一段时间伊森·本堂经常带儿子本堂瑛佑（7岁）去大阪通天阁旁的御好烧吃饭和CIA同事见面，与老板很熟，并被瑛佑拍了照。
紧接着，伊森·本堂离开了本堂姐弟，自称去了美国，实际上是去了黑衣组织当卧底。之后，儿子本堂瑛佑在这年被姐姐本堂瑛海（17岁）献血，因白血病接受骨髓移植治疗，血型由O型变为AB型。不久，本堂瑛海也离开了本堂瑛佑，离家出走。本堂瑛佑则一直成长在鸟矢町的一户人家。
紧接着，本堂瑛海也出现在大阪被人拍了照，流传在网络上。这张照片为后来工藤新一和服部平次调查黑衣组织提供了重要线索。
这一年，世良秀吉在列车上与宫本由美（18岁）结识并开始交往，秀吉高中毕业后随养父羽田康晴姓氏改名为羽田秀吉。后来，由美因为要当警察所以提出分手，秀吉则给了她结婚申请表让她等自己拿到将棋七冠王后嫁给他。
10年前，7岁的工藤新一和小兰（6岁）铃木园子（7岁）升入帝丹小学，成为帝丹小学第22届学生，校长为植松龙司郎（49岁）。
一次，工藤新一与小兰在银杏树下偶遇了第三次等阿笠博士的芙莎绘（39岁)，此时的她已经成为了时尚设计师和时尚品牌公司的社长。两人以一把雨伞为代价，许诺将来购买芙莎绘品牌的一件饰品。
之后，推理小说家工藤优作（28岁）协助警方成功阻止了怪盗1412号的盗窃行动，并对代号1412念成“KID”。从此人们称呼怪盗1412为“怪盗基德”。工藤优作成了怪盗基德的命名之父。
之后的一天夜晚，工藤新一带着小兰来到帝丹小学图书馆探险，在这里遇到了怪盗基德自称是工藤新一的弟弟（因为工藤优作是他命名之父），并给了工藤新一暗号向他挑战。怪盗基德的真实身份就是工藤新一的叔叔黑羽盗一（28岁）。工藤新一将暗号给了工藤优作，最后谜底只有一个“？”，表示优作你下次还能阻止我吗？。工藤优作明白了有希子（27岁）的易容老师也是自己的双胞胎弟弟黑羽盗一就是怪盗基德。工藤优作也就成了第三个知道怪盗基德真实身份的人呢。
而工藤新一和小兰则因为解错了暗号，和博士来到了一栋楼的天台上，目睹了这里美丽的夕阳。
之后，工藤优作让有希子与老师黑羽盗一见面时回了一封信，内容为“！”，意思是我当然可以阻止你盗一。黑羽盗一知道了工藤优作知道了他就是怪盗基德。有希子也遇到了7岁的黑羽快斗。之后，有希子就打算长假时带着工藤新一（7岁）和小兰（7岁）来到海水浴场度假。
10年前，在美国留学7年的赤井秀一（22岁）大学毕业拿到了绿卡和美国国籍回到日本，在这个海水浴场和自己妈妈世良玛丽（43岁）、已经成为高中生将棋手的弟弟秀吉（18岁）、7岁的妹妹世良真纯见面。因为父亲赤井务武失踪的地点是美国，所以他打算加入美国FBI联邦调查局寻找父亲赤井务武下落。但是这个计划却遭到了玛丽的反对，两人因此打架赤井秀一左眼受伤。当时的世良真纯从出生到现在第一次见到自己常年在外留学，多年没有回过家的大哥赤井秀一，想要逗笑他，结果秀一太高冷了，怎么都没办法让他笑。
工藤新一在这个海水浴场与赤井秀一 秀吉 玛丽 世良真纯偶遇。因为工藤新一看到赤井秀一眼上的伤痕，就推理赤井秀一是马戏团的小丑。幼稚的推理让赤井秀一哈哈大笑，而世良真纯第一次见到自己大哥想逗笑赤井秀一，却怎么也无法成功，而工藤新一却让他笑了，所以世良真纯觉得工藤新一是能让秀哥笑出来的“魔法师”。因为工藤新一从小就喜欢福尔摩斯这部推理小说，是福尔摩斯的粉丝，所以工藤新一对他们自称是“福尔摩斯的弟子”。（伏笔）
赤井秀一向小兰 世良展示了截拳道，因此后来世良开始学习截拳道。这时，这片海滩发生了汽车坠海事件，工藤优作在电话里协助有希子破案。赤井秀一和柯南联手破解案件后，因为赤井秀一破解案件寻找真相的心让玛丽想起了赤井务武，于是玛丽就同意了赤井秀一加入美国FBI联邦调查局。
之后，小兰父亲毛利小五郎和目暮警官成功抓到了杀人犯村上丈。结果在审讯的时候村上丈趁机逃离并劫持了妃英理（27岁）。然而，毛利可是警校时完成过20颗子弹全部命中靶心的射击天才，对自己枪法自信的毛利小五郎为了逮捕犯人就开枪划伤了妃英理的腿部，失重的人质成为歹徒的累赘身体下沉，从而救下了她并朝村上丈开枪。
之后，毛利小五郎因为不顾人质安全而受到了警局的批评，并因为妃英理做饭难吃和她吵架，导致妃英理离家出走和他分居。紧接着，他辞掉了警察的工作，开始在自家二楼开事务所当私家侦探。
9年前，8岁的工藤新一 小兰 铃木园子升入帝丹小学二年级。一次，7月6日他们老师举办了七夕节孩子们将自己心愿写在纸条，装饰在笹竹上的活动。小兰写的心愿是“当时爸爸和妈妈吵架，妈妈离家出走了，希望她可以回来”。
放学后，一个叫大介的小男孩在路上嘲笑了小兰，说她妈离家出走不回来了，他爸还只会喝酒和打麻将。实际上这个大介是喜欢小兰，被工藤新一说了出来。工藤新一和大介一起把这个笹竹从帝丹小学教室带到了妃英理（28岁)公寓门前，才让妃英理看见了小兰写在纸条上的心愿。
然后，妃英理就回家了，小兰非常开心觉得是上天听见了他的愿望。不过之后又和小五郎吵架，又离开家了就是。这个叫大介的男生也转学了。
9年前，奥穗町东奥穗村的屋田多麻子进入树林后失踪，后来尸体被找到。他哥哥屋田诚人(9岁)被村长日原泷德收为养子。
9年前，长野县的竹田繁警官误杀了大和敢助（26岁）的好友，两人因此结仇。
8年前，三年级的工藤新一(9岁）在学校的舞台戏饰演了一休。为后面和羽田浩司案有关系的浅香试探他埋下伏笔。
8年前，著名的盗贼集团“源氏萤”盗取了京都山能寺中一尊国宝级的佛像，却在搬运的过程中不小心弄丢了佛像额头上的水晶。
第二天，来到寺庙探险的服部平次（9岁）不幸摔倒昏迷，被窗外樱花树下的小女孩动听的手球歌惊醒。服部平次从寺庙里出来后发现女孩消失了，并捡到了盗贼集团不小心遗漏的水晶，以为是小女孩掉落的。这个女孩就是远山和叶（9岁）但是服部平次一直不知道是远山和叶。
当寻找这颗水晶的盗贼集团成员来追击服部平次时，服部平次已经消失在了街道上无影无踪。因为没有水晶所以佛像卖不出去，集团就将佛像存放了8年，他们的首领也去世了。
一次，服部平次和远山和叶一起在家里玩，两人看到抽屉里有一副旧的手铐，便玩起了警察游戏，但两人不小心被手铐铐住，之后甚至在洗澡、上厕所时都在一起。后来远山和叶自称自己是与服部平次为“铁链”相结合的好朋友。
之后，服部平次在歌牌比赛赢了大冈集团的千金大冈红叶后，对大冈红叶承诺下次见面要娶她。实际上是因为服部平次说话带有大阪方言使得大冈红叶听错了。但是他还有个青梅竹马叫做远山和叶，也就是远山银司郎的女儿，才是服部平次真正喜欢的人。
这一年，米奈芭·格拉斯（14岁）的弟弟阿波罗·格拉斯出生在英国伦敦。同年，他父亲和二姐在车祸中去世。
8年前，以潘多拉宝石为目标的神秘犯罪组织发现了一直跟他们抢夺宝石的怪盗1412，真实身份就是著名的魔术师黑羽盗一。因此黑羽盗一为躲避神秘组织的追杀 ，在给儿子黑羽快斗（9岁）留下录音带和白色怪盗服在自己家隐藏的地下室后，在魔术表演中假装出事故去世而假死，随后逃离到美国拉斯维加斯。
他的助手寺井黄之助（55岁）以为他真的死了而感到悲伤。怪盗1412号的盗窃行动也就因此销声匿迹了，而逮捕他的警官中森银三（33岁）却一直在等待他再次出现。黑羽千影知道黑羽盗一没死也移居到了拉斯维加斯。除此之外，工藤优作也知道黑羽盗一没死并和自己一直有联系。
9-7年前，当时正在上大学的伊达航，一次挺身而出抓到了一个抢劫犯，被抢走钱包的外国女生娜塔莉因此和他相识，两人便开始交往。毕业后，伊达航就进入了东京警察学校学习，并成为了鬼冢班班长。
7年前，黑田兵卫（43岁）从警察医院苏醒，并调到了长野县警署搜查一课课长。后来的下属有：大和敢助、上原由衣、诸伏高明、竹田繁、鹿野晶次、三枝守、秋山信介。且黑田兵卫和大冈集团大冈家认识，一直在继续调查羽田浩司案。
7年前，赤井秀一（25岁）成功加入美国FBI联邦调查局，获得了高超的狙击能力，成为FBI的王牌狙击手。就连美国前海豹突击队的狙击手蒂莫西·亨特都知道他。
他在FBI中结识了上司詹姆斯·布莱克，并与女探员茱蒂·斯泰琳（21岁）开始交往，正是13年前贝尔摩德没有杀死的那个小女孩，现在长大后也成为了一个FBI探员了。同时赤井秀一开始留长头发。
7年前，大学毕业的降谷零（22岁）和好友发小诸伏景光（22岁）加入了警视厅警察学校，结识同届同学松田阵平（22岁） 萩原研二（22岁） 以及班长伊达航（22岁）。人称“警校五人组”。
降谷零是为了寻找当年突然在镇上搬走离他而去的他喜欢的那个女医生爱莲娜，景光则是为了调查杀害父母的凶手。所以进了警校，要成为警察。降谷零的所有科目都是优秀，以警察学校创办以来最好的成绩入学，成为了学生代表。
当时，11年前失去父亲的佐藤美和子（21岁）也想进入这个警校，比警校五人组晚一届，为了成为警察为父亲佐藤正义报仇。警校五人组在学校的感情非常的好，曾因为胡闹过头导致警校纪律变严谨。
他们的教官就是鬼冢八藏（48岁），向他们提及过8年前的毛利小五郎（31岁）曾是这个学校的射击天才，连续20颗子弹全部命中靶心，现在辞掉了警察在米花町开了侦探事务所。一次鬼冢教官陷入一场意外事故，脖子被勒住半悬着，被降谷零、诸伏景光、伊达航、松田阵平、萩原研二五人合力将他解救。
他们班的班长为伊达航，自称警校成绩排第2，第1就是降谷零。
伊达航因为他爸曾经是警察，在他小时候和父亲去便利店时遇到了抢劫犯。伊达航本以为他爸是警察会制服这个歹徒，结果他父亲却对歹徒下跪求饶。于是伊达航就说我爸是警察他会逮捕你的，他爸就被罪犯打成了重伤。伊达航后来一直因为这件事责怪这个父亲觉得他胆小懦弱。
直到他和降谷零在外出学校便利店买东西时，又一次遇到了抢劫案。最后，景光 松田 萩原赶到，才和警校学生一起制服了这些歹徒。萩原研二告诉班长，当时他小时候遇到的那起抢劫案他也在场，他父亲是察觉了那个歹徒还有其他同伙，就算制服这个歹徒他同伙也会出现，所以才对歹徒下跪求饶，是为了保护更多人。伊达航知道真相后对父亲好感大增，打电话给了自己父亲，告诉了他要带女朋友娜塔莉见他。
之后，警校五人组发现了鬼塚教官的车是白色的马自达RX-7 FD3S。鬼塚教官跟他们说这不是他的车，而是四年前一个牺牲的警察前辈的女儿励志成为警察，把车暂存在他这里的。同时，爆炸物处理班的人看上了松田阵平和萩原研二，就邀请他俩毕业后加入爆炸物处理班。紧接着，警校五人组为了救失控的马车而开了这辆马自达RX-7救了人，也弄坏了这辆车后来修好了。
之后，景光通过电脑偷偷调查父母被杀案时被降谷零 松田阵平 伊达航 萩原研二发现，四人决心要帮景光一起调查抓到杀害他父母的凶手。最后，警校五人组成功抓到了15年前杀害景光父母的凶手，并拆除了凶手安装的炸弹，解救了凶手绑架的和有里很像的小女孩人质。在降谷零拆炸弹时松田阵平对他说“在拆解炸弹时，急躁是最大的陷阱”，这句话一直都在提醒着降谷零。
而降谷零是在毕业典礼那一天遇见的佐藤美和子，美和子因为在路上发现了和父亲很像的车子而去参观，其实就是她父亲的车子。被降谷零邀请参加了他们的毕业典礼，降谷零对她说“前提是你们也是带着荣耀和使命感，下定决心保护国家的人”。
在毕业典礼上，当时的警视总监百田陆郎也来祝福毕业了。当时松田阵平加入警校的原因是，他父亲松田丈太郎曾经被警察误抓耽误了比赛，他父亲的梦想也就没了。所以他很讨厌警察，要成为警察就是为了揍警视总监。当时，松田阵平见到了警视总监后，另外四人都要拦住他，降谷零说“快拦住松田，这种事他真的做的出来。”松田他却心里说道“怎么可能揍吗，又不是小孩子了”。就这样，几人警校生涯结束了。
后来，警视总监从百田陆郎换成了白马探的父亲。
……
警校毕业后，降谷零和诸伏景光加入了日本公安。因为降谷零是职业组，所以降谷零属于警察厅警备局企划课的名为“零”的机构，担任领导人员。10年前参与羽田浩司案的黑田兵卫成了他的秘密上司，是日本公安的情报第二担当理事官，通称“秘密理事官”。降谷零有个下属就是风见裕也警官（23岁）。而诸伏景光则是警视厅公安部是基层人员。之后，降谷零在攒够了足够的钱后，也买了一辆与佐藤父亲同款白色的马自达RX-7 FD3S。
同时，日本公安也在调查大富豪乌丸莲耶（133岁)创建的跨国犯罪黑衣组织。两人都被派去了组织当卧底，代号为波本和苏格兰。
伊达航则在派出所当了警察。松田阵平和萩原研二则顺利加入了警视厅警备部机动队爆炸物处理班。
这一年，9岁的工藤新一和小兰 铃木园子升入了四年级，小兰和园子在一个班，班主任为米原晃子（23岁)。新一在他们隔壁班。一次，新一和小兰在外面踢球时新一不小心踢坏了水管，水管一直喷水堵不住，小兰就在旁边哭了起来。
两人一起偶遇了的萩原研二和松田阵平 伊达航 诸伏景光，萩原跟新一说你怎么可以让自己的女孩哭呢？说完就用棒球堵住了水管断掉的地方，堵住了水管的水，然后打给了下水道公司来修。
几个月后11月7日在一次爆炸案中，萩原研二在高楼上拆解炸弹时，不幸被犯人突然引爆炸弹给炸死。在楼下等待萩原研二的松田阵平目睹了好友被炸死，决心要为萩原研二报仇。警校五人组只剩下松田阵平 降谷零 伊达航 诸伏景光活着。
7年前，小岛元次（25岁）的儿子小岛元太出生，圆谷光彦、吉田步美出生。
这些年间：1.降谷零也学会了推理、开车、网球、搏击、搜集情报、开锁、亨饪、拆弹（松田教的）等技能。
2.茱蒂也为了给父亲报仇，加入了FBI联邦调查局，和赤井秀一在交往。
3.妃英理成为了律师女王，保持律政界的不败神话。
4.板仓卓成为了著名的软体设计师。
5.诸伏高明从东都大学法学部毕业，没有经过CAREER的考试就作为NONCAREER进入县警本部，成为长野县的警察。同事有大和敢助和他下属兼青梅竹马上原由衣，上级就是警署搜查一课课长黑田兵卫。
6.岛袋弥琴超过100岁时因为长生不死而被称为“长寿婆”，传说她是误食人鱼肉才获得的长生不死。所以岛上每年都会举办儒艮祭典，由长寿婆决定三根人鱼之箭的归属，据说谁得到此箭就会长寿。
实际上真正的岛袋弥琴已经去世，每年举办祭典的长寿婆都是由岛袋君慧的母亲假扮。
7.毛利小五郎的同学绫城行雄与宫原纪子结婚，宫原纪子改名为绫城纪子；堀越由美与中道和志在交往，后来中道和志成为了千叶县刑警；
常盘美绪成为了常盘集团的社长，秘书为泽口知奈美。有个公司职员叫做原佳明，是个游戏工程师，也黑衣组织的成员。老师为日本画家，如月峰水。
8.寺井黄之助成为了一名台球赌徒，并开始经营一家名为“蓝鹦鹉”的台球酒吧。20多年前时当了魔术师黑羽盗一的助手，8年前黑羽盗一假死以为他真的死了。
9.山村操因为崇拜电视里的女警察（有希子饰演），决定成为警察。后来成功成为了群马县警察。而童年好友诸伏景光也警校毕业成为了警察，但两人没有联系方式，自景光从长野县搬走后已多年未见。诸伏景光在警校毕业成为警察后，到曾经的玩伴山村操的秘密基地那里留了言“我也当上警察了哦，小操”。
……
6年前，比警校五人组降谷零他们晚一届的佐藤美和子（22岁）警校毕业，加入了东京警视厅搜查一课，和目暮警官（38岁)成为了同事。暂存在鬼塚教官那里的他父亲的车马自达RX-7 FD3S也取了回来。他们上司为管理官松本清长（47岁)。此时羽田秀吉的前女友宫本由美（22岁)也成为了交通部警察，和她是朋友。
佐藤美和子当了友成信胜警官的部下之一，其他部下还有奈良泽治（41岁）、芝阳一郎。后来，友成警官在蹲点监视犯人的行动中心脏病发作，决心独自一人走到医院治疗却不幸在手术台中去世
6年前，长野县的甲斐巡警遇害，大和敢助（29岁）痛下决心要找出幕后真凶。
7-6年前，宫野明美（19岁）考上南洋大学，教授为广田正巳（55岁）。而她的妹妹宫野志保（12岁）则还在美国留学，获得了丰富的化学和科学知识。
6年前，11岁的工藤新一 小兰 园子升入五年级。
5年前，12岁的工藤新一 小兰 园子升入六年级。
5年前，宫野明美的妹妹宫野志保（13岁）从美国留学回来，成为了组织中年轻的天才女科学家，继承了父母的任务，在黑衣集团组织中根据父母剩下的资料研发药物。其中包括新版APTX-4869药物，获得代号“雪莉”。
雪莉和组织干部琴酒的关系比较好，琴酒可能喜欢雪莉。琴酒还把她开发的APTX4869当成毒药随身携带用来杀人。在组织中她听说了很多组织的事情，比如组织有两个狙击手叫科恩和基安蒂，组织二把手朗姆是独眼的传闻，也知道组织在政治界经济界科学界都有很深的人脉，帮助组织开发永生不死长生不老返老还童的药物，虽然他知道组织会用自己研发药物来杀人。她也知道了组织的BOSS就是日本大富豪乌丸莲耶（135岁）。
5年前，美利坚合众国FBI联邦调查局派赤井秀一（27岁）前往黑衣组织当卧底，化名为“诸星大”。在不知情的情况下他开始与自己母亲妹妹的女儿，也就是自己表妹宫野明美（20岁）在组织开始交往，和朱蒂·斯泰琳分手。因为宫野明美妹妹宫野志保是组织顶级药物科学家，所以赤井秀一成功混入了组织内部，获得代号“黑麦”。
已经卧底多年的CIA情报员伊森·本堂让女儿本堂瑛海（22岁）也潜入黑衣组织，化名“水无怜奈”，兼职日卖电视台女主播，获得代号“基尔”。
日本公安中的降谷零（24岁）和诸伏景光（24岁）也潜入了这个黑衣组织卧底，获得代号“波本” 和“苏格兰”。降谷零会将卧底情报都提供给在公安的上司理事官黑田兵卫。在组织中他知道了爱莲娜和宫野厚司曾经是这里的科学家，可惜在12年前的大火中去世了。两人经常与黑麦（赤井秀一）一起行动，但是不知道他也是美国的卧底，赤井秀一也不知道他们两个是日本警察的卧底。
5年前，铃木集团顾问铃木次郎吉（67岁）与一个资产家朋友成功建成铃木号特快列车，但在一次发车中却不幸出现火灾这个资产家和他家人全部丧生，只有伯母辈亲戚小蓑夏江（70岁）活了下来。
5年前，大冈红叶（12岁）的歌牌老师名顷鹿雄向皋月堂创始人皋月发出哥牌挑战，要求输者解散协会。结果，皋月害怕输了就杀了名顷。
而真实情况却是，皋月是名顷的初恋，名顷不过想赢了皋月获得一次夸奖而已。一次本可以和谐收场的局面，却被皋月亲手毁掉了。丈夫阿知波研介包庇皋月夫人杀害名倾鹿雄的罪行，将尸体埋于皋月堂。大冈红叶也被迫加入皋月会。
4年前，黑衣组织中美国CIA情报局的卧底伊森·本堂和本堂瑛海（23岁）在横沟的旧仓库秘密见面，却不幸被组织安装了发讯器暴露。
伊森·本堂为了让女儿继续活下去在组织卧底，给本堂瑛海注射了吐真剂，咬伤自己手腕，准备好事先录制的MD，开枪自杀。伪造出本堂瑛海在被伊森本堂绑架时，咬住伊森·本堂手腕并夺枪反杀的假象。紧接着，琴酒和伏特加两人也开车赶到了现场。
本堂瑛海按照伊森•本堂吩咐的解释了，并以MD作为证据。因此，本堂瑛海得到组织信任和组织BOSS乌丸莲耶（136岁）的赏识。紧接着，来到仓库的CIA成员巴尼看到了地上的伊森本堂尸体，前往查看并不断喊着“本堂，本堂”，躲在后面的琴酒趁机开枪一枪崩了他。琴酒放火烧掉了这个仓库，这些事情都由一个流浪汉目睹。
4年前，新出智明母亲新出千晶去世。
4年前，泽田弘树（8岁）父母离婚。他与父亲坚村忠彬（35岁）分开，与母亲移居到美国。后来母亲去世，被IT界龙头老大辛多拉公司的汤玛斯·辛多拉收养一起在生活在美国，并成为麻省理工学院研究生。弘树开发了一种生长一年等于人类五年的自我成长人工智能“诺亚方舟”。而这个辛多拉就是100年前杀人魔开膛手杰克的后代。
4年前，推理小说家工藤优作和女明星有希子的13岁儿子工藤新一和小兰 园子一起升入了帝丹国中（初中）。工藤新一加入了足球社成为主将。警视厅松本清长（50岁）警视的女儿松本小百合（23岁）是这里的音乐老师。因为新一很像小百合的初恋情人，所以经常被她欺负。
一次，他们的学姐内田麻美（14岁）表白了新一，遭到拒绝。工藤新一告诉她，其实在他很小的时候就有喜欢的人了。（小兰)同学七川绚（13岁）和矢内美咲（13岁）是园子和小兰的好朋友。
4年前，因为美和子（24岁）父亲的白色马自达RX-7 FD3（就是3年前警校五人组萩原 降谷零 松田开来救人那一俩）。发生了剐蹭，且白色在雾中容易看不清，就将这辆车喷成了红色。
4年前，世良真纯（13岁）升入初中。一次波本（降谷零） 苏格兰（诸伏景光） 黑麦（赤井秀一）在街头遇到了秀一妹妹世良真纯，诸伏景光教给了她弹贝斯。这也是世良真纯第一次见到降谷零。
4年前，3岁的步美 元太 光彦升入了幼儿园，三人成为了朋友。光彦在幼儿园的时候就已经喜欢上了步美。
3年前，推理小说家工藤优作（35岁）和前女影星有希子（34岁）离开日本前往了美国洛杉矶居住，经常环游世界。留下了初二的儿子工藤新一（14岁）自己独居日本。隔壁邻居就是发明家阿笠博士（49岁），经常照顾他和管理工藤优作留下的案件档案。工藤新一也励志要成为名侦探。
一次，工藤新一带着小兰（14岁）来到山形县滑雪场滑雪。同时来到滑雪场的还有一个少年侦探，他就是大阪警局局长服部平藏的儿子服部平次（14岁），服部平次带着青梅竹马远山和叶（14岁）。
紧接着，滑雪场发生了“雪女杀人事件”，工藤新一求助了父亲工藤优作（35岁），服部平次求助了父亲服部平藏（41岁）解决案件。最终，两人决心下次见面一定要做出推理对决。
后来，工藤优作在美国将有希子捧成了家喻户晓的“暗夜男爵夫人”，因为工藤优作的小说代表作就是《暗夜男爵》。并因为案件认识了美国警官拉迪修·雷伍德成为了朋友。
3年前，岛袋君惠母亲假扮的岛袋弥琴在神社的仓库中被人陷害放火烧死，临死前在电话中嘱咐了她的女儿岛袋君惠（24岁），岛袋君惠之后为了人鱼岛隐瞒了母亲的死，并开始继续代替母亲假扮长寿婆。
而岛袋君惠母亲只剩上半身的尸骸则被认为是人鱼的尸体，这件事因此上了新闻，传开之后很多人都相信这座岛真的有吃了就可以长生不死的人鱼，吸引了外务部长 内政部长 各种总裁等各界大人物，以及日本大富豪乌丸莲耶（137岁)的注意，并纷纷来到人鱼岛调查，在旅游名册留下了名字。甚至还有人去盗人鱼的墓。
3年前，鹤城议员因涉嫌受贿，被日本首相大冈红叶爷爷换出内阁开除党籍。随后，鹤城议员便派三人将自己的秘书推下楼杀害，伪造出秘书留下包揽所有罪行的遗书后自杀的假象。一次，大冈前首相准备在下星期待一个别墅一星期，于是派公安警察伊织无我前来考察。而大冈红叶却擅自坐爷爷的车来到了这栋别墅，鹤城议员以为首相来了就派人袭击首相。伊织无我在和歹徒搏斗中手臂受伤留下伤疤。
随后伊织无我来到地下室休息。在地下室偶遇大冈红叶，通过对话得知她就是大冈首相的孙女，因为她坐首相车来到这里才吸引了歹徒。大冈红叶为伊织无我包扎了伤口，并对他说“小材也有大用”，这句话伊织无我记在了心里。红叶听出追来的歹徒有三人，随后伊织无我出地下室解决了两名歹徒，剩下一人趁机逃走了。之后，伊织无我便辞掉了公安，来到了大冈家当红叶的保镖。
同年，皋月会会长因两年前杀掉大冈红叶师父名顷而抑郁而死。
3年前，著名电脑工程师板仓卓（42岁）因为视力减退而退出CG行业，并专心开发系统程序。
3年前，英国MI6军情六处发现了失踪14年的赤井务武踪迹，他妻子世良玛丽（50岁）得知后带着女儿世良真纯（14岁）去了伦敦居住。实际上这个赤井务武是由黑衣组织的贝尔摩德假扮，为了引诱玛丽出现并将她杀死。然而贝尔摩德并不知道她的儿子此时就化名诸星大在自己的组织卧底，代号黑麦。
3年前的11月1日，松田阵平（26岁）为了给已逝四年的萩原研二报仇，调入了警视厅刑事部搜查一课，与目暮警官 白鸟警官 佐藤警官成为同事。紧接着，警视厅就收到了往年爆炸犯都会发来的传真，知道了炸死萩原研二那个炸弹犯将会在11月7日再次制造爆炸案。
11月6日，松田阵平来到已逝四年的好友萩原研二墓前扫墓，同样来扫墓的还有他的警校同学降谷零 诸伏景光 伊达航。四人在扫完墓回去的路上，发现了在一栋旧楼里有可疑情况，一个俄罗斯人被人绑住了，降谷零用俄语告诉他他们是警察，松田阵平还塞给了他一张他的名片然后救了他。
然后四人在房间里发现了一个红蓝液体混到一起就会爆炸的一种炸弹和一个鸟头面具人（这个鸟头面具人为俄罗斯逃亡女罪犯普拉米亚），降谷零去追了逃跑的鸟头面具的犯人，松田阵平留在房间拆炸弹，结果犯人跑了回来杀松田。就在犯人开枪时，伊达航用车门帮松田挡下了子弹，然后降谷零也赶了回来，和伊达航 景光一起将犯人包围了。
普拉米亚再次逃跑用绳索飞到了对面楼，降谷零追了过去，普拉米亚使用手榴弹炸伤了降谷零。普拉米亚准备杀降谷零时，景光赶了过来开枪击中了她右臂，犯人再次趁机逃走了。然后，松田阵平也成功拆除了炸弹，使用口香糖挡住了红蓝液体的混合通道阻止了爆炸。和三人会和了。这也是降谷零一生中他们同学四人在一起的最后一天。后来，普拉米亚则为了报仇开始在日本调查这四个日本警察的身份。
第二天，11月7日松田阵平根据炸弹犯发来的传真推理出来爆炸地点在杯户购物广场一个摩天轮的72号吊舱，犯人设定成了在爆炸前一秒才能看见显示器上下一个炸弹安装地址，松田阵平为保护民众避免更多人牺牲而选择牺牲自己。临死前将炸弹爆炸前几秒才能显示的下个爆破地点米花中央医院发短信告诉了美和子（25岁），并向她告白。逃过了昨天那个犯人的炸弹，却没能逃过今天这个犯人的炸弹。警校五人组仅剩降谷零和诸伏景光 伊达航活着。伊达航（26岁)在之后也调到了警视厅搜查一课，和目暮警官佐藤警官高木警官成为了同事。
紧接着，在一个月后的12月7日，诸伏景光的公安警察卧底身份暴露了，遭到黑衣组织追杀，在赤井秀一面前夺走手枪企图自杀。赤井秀一阻止景光自杀，并向他承认了自己也是FBI的卧底，打算放走他。就在这时传来了降谷零的脚步声，景光以为是追杀他的组织成员，所以便趁赤井秀一不注意向自己胸口开枪，打穿了含有家人信息的手机屏幕，所以组织无法追踪他的身份和家人信息。（诸伏高明）
当降谷零赶到时，自己十几年最好的朋友诸伏景光已经倒在了血泊中。赤井秀一不知道降谷零也是卧底，所以谎称自己杀了卧底景光。所以降谷零对黑麦恨之入骨，并将景光殉职的消息告诉了黑田兵卫，将景光被子弹打穿屏幕的手机保存了下来。因为赤井秀一杀掉卧底，所以获得了组织地位排前10 的干部琴酒的信任。警校五人组仅剩降谷零和伊达航活着。
之后，降谷零将景光自杀时打穿屏幕的手机交给了伊达航，让他转交诸伏景光的哥哥，长野县警官诸伏高明。
后来，波本凭高超的情报搜集能力、观察力、推理能力，不断完成任务和调查情报获得组织信任，提高自己在组织中的地位。还认识了组织中的女干部贝尔摩德（苦艾酒），知道她是女演员克莉丝·温雅德会易容术，两人都是神秘主义者，经常一起行动。波本还掌握了她和BOSS乌丸莲耶（137岁）的秘密关系。所以贝尔摩德还有保护波本的义务。他在组织中仇视黑麦（诸星大），虽然想明白了诸伏景光其实是自杀，但还是很恨他。
2年前，赤井秀一（30岁）向女朋友宫野明美（23岁）表明了美国FBI的卧底身份，和她在一起只是为了利用她。赤井秀一准备约组织干部琴酒见面趁机将他逮捕。
紧接着，赤井秀一联络FBI搜查官在仓库集结，约琴酒出来见面准备逮捕他。然而，在进行这个计划时突然出现了一个老人，这个老人为组织二号BOSS朗姆假扮，为了试探赤井秀一。赤井秀一没有理会他。但是安德烈·卡迈尔（25岁）搜查官却好心支走了朗姆伪装的老人。朗姆因此识破诸星大是卧底，便将卡迈尔和赤井秀一的照片发给了组织的狙击手科恩，告诉他这两个人都是卧底见到就射杀。
赤井秀一的卧底身份因此暴露并逃离日本回到美国。而他女友宫野明美则因为她妹妹是组织科学家，所以组织没有杀了她。降谷零知道赤井秀一是FBI后更加憎恨他。
2年前，美食家侦探大上祝善（49岁）买下了乌丸家族的黄昏之馆。开始和千间降代（61岁）策划黄昏之馆的聚会，根据千间恭介留下的暗号寻找当年乌丸莲耶（138岁）没有找到的宝藏。
2年前，天才程序少年泽田弘树（10岁）通过皮肤血液资料追溯人类祖先，而开发出让人大为震惊的“DNA探查程序”。他通过DNA追踪系统得知辛多拉董事长就是一百年前的伦敦杀人魔开膛手杰克的后代，所以被辛多拉囚禁起来。弘树因为自己失去了自由，而且开发完成后一定会被辛多拉灭口，于是被迫先一步跳楼自杀。
紧接着，弘树的父亲坚村忠彬（37岁）委托朋友工藤优作（36岁）调查他自杀的原因。
2年前，帝丹国中初三的工藤新一（15岁）参加了一场都大赛足球比赛，并到了决赛快要赢的时候不小心踢飞了球而失败。紧接着，工藤新一偶遇了著名足球选手比护隆佑。
2年前，新出义辉娶了阳子成为新出智明继母。
2年前，警视厅鲛崎岛治警视辞职，但他没有放弃追捕害死他女儿的犯人叶才三。
2年前，京极真（16岁）则升入了杯户高中上高一，成为空手道高手，400场比赛无败绩，人称“蹴击贵公子”。他师父为天流空手道八代当家的高见达人（68岁）
2年前在京都，因为宾馆失火，政府议员冈仓政明与其他6楼的几位住户一起乘坐电梯逃生。但由于超载，一个叫本上奈奈子的女生主动将逃生机会留给别人，自己却不幸遇难。本上奈奈子的哥哥本上和树因此记恨当时乘电梯逃生的几人，所以后来设计了麻将牌连续杀人案并将几人一一杀害。冈仓政明的真实身份是黑衣组织派去政界的间谍，后来因为想离开组织，并拷贝了组织所有在政府的卧底名单，遭到组织追杀。
2年前，黑衣集团组织成员龙舌兰奉贝尔摩德之命前往寻找优秀的电脑工程师，其中一名就是板仓卓（43岁），委托他开发一种神秘的电脑软件。板仓卓以视力下降为由拒绝开发这个软体，所以被龙舌兰多次入侵房间骚扰。
1年前初，板仓卓（44岁）因受不了骚扰所以留下字条表示愿意接受，龙舌兰回了贝尔摩德的电话号码。板仓卓打过去时贝尔摩德变了声，用女王般的语气威胁板仓卓开发一种神秘的电脑软体，让他一年内完成那个软体，组织会用高价买下来。
板仓卓质问贝尔摩德到底是谁，贝尔摩德用英文回答:“We can be both of God and the Devil. since we are trying to raise the dead against the stream of time. ”（我们可以当上帝也可以当恶魔，这是因为我们企图反抗时间的洪流让死去的人从黄泉之路再度复活。）紧接着，贝尔摩德那头传来一声猫叫，贝尔摩德就挂断了电话。
2月，板仓卓和贝尔摩德的联系方式变成了电子邮件。
1年前，因为岛袋君惠（26岁)假扮长寿婆岛袋弥琴（129岁)进行人鱼岛的祭祀活动，让所有人以为岛袋弥琴一直都还活着，加上那具尸骨上了新闻被传是人鱼的尸骨。这让追求永生的日本大富豪乌丸莲耶（139岁)他也就真的信了岛袋弥琴有长生不死的秘诀，岛上可能真的有吃了就会长生不死的人鱼肉。所以他就派出雪莉 琴酒 伏特加前往了自称长生不老的若狭湾美国岛，调查长寿婆岛袋弥琴长生的秘密和原因。可能在那里遇到了岛袋君惠（26岁）假扮的岛袋弥琴。
旅游景点名册中也留下了琴酒和伏特加 雪莉的真名，黑泽阵 鱼塚三郎 宫野志保。大黑连太郎名字则对应乌（黑）丸莲（连）耶（郎）。
所以，乌丸莲耶根本没有死？但是快要死了所以要开发A药等药物继续延寿？或者板仓卓的软体像弘树那样复活？还要去探寻长寿人的秘密？最新漫画来看乌丸莲耶似乎还活着，还要靠呼吸机来续命，贝尔摩德那头传来的猫叫声可能就是乌丸莲耶呼吸机的声音。
由此看来，让板仓卓等电脑程序员开发神秘软体，以及寻找宫野夫妇等科学家开发药物，贝尔摩德的容颜也变得年轻成功长生不老了，又派人去了自称长生不死的人鱼岛，说明创立黑衣组织的目的真的是为了永生吧。
或者，乌丸莲耶已经死了，后人（BOSS)想用那个软体将他复活。
1年前，日下部诚检察官（39岁）为调查一起游戏公司的案件，派出下属羽场二三一前往盗窃资料，却被公安的风见裕也（29岁）警官逮着。
而降谷零（28岁）则在审讯时伪造了羽场二三一自杀假象，因为他不能承认是日下部的下属。所以，遭到了不知道真相的日下部检察官憎恨日本公安。
降谷零（29岁）将诸伏景光自杀时打穿屏幕的手机交给搜查一课的伊达航警官（29岁），并在包裹上写了个“0”。委托他转交诸伏景光的哥哥诸伏高明（35岁）是长野县的警官。
当时，来到日本的法国汽车制造商总公司副社长皮埃尔卡塞尔的小儿子阿兰，在公园被两个男人绑架了。因为搜查一课的伊达航家就在这个社长附近，所以警视厅派了他和高木调查这起案件，没有成功抓到凶手。
因为伊达航家附近住着东京黑帮泥惨会的前任老大鬼童，所以他被当成了嫌疑人。在监视他时，鬼童走出电话亭后被一个醉汉拿酒瓶击中了他的后脑。救护车把他拉走后鬼童就去世了。伊达航在电话亭捡到一个纸条上面写着暗号，并写在了自己的警察笔记上，对高木说“下个周日你陪我一下，我让你当个真正的男人”。
几天后1年前2月7日伊达航在一次熬夜埋伏逮捕了结婚诈骗犯后，和徒弟高木涉（26岁）在回家的路上，却非常倒霉的在捡掉落的笔记时被疲劳驾驶的人开车撞倒，因伤势过重而去世。临死前嘱咐了高木涉，高木一直留着他的警察笔记。
降谷零委托他转交长野县警官诸伏高明的诸伏景光自杀时打穿屏幕的手机，伊达航也没有成功交给诸伏高明，一直放在了自己的储物柜（后来被佐藤高木发现并成功转交给了诸伏高明)。警校五人组仅剩降谷零活着，六年过去了其他四人先后殉职。
紧接着，伊达航的女友娜塔莉得知伊达航去世而伤心欲绝，当天在家中上吊自杀。但和她在同一间英语口语教室的年长老师却误以为娜塔莉是被高木涉抛弃而自杀。
1年前，工藤新一（16岁）小兰（15岁） 铃木园子（16岁）升入帝丹高中，新出智明（24岁）是这里的校医兼篮球社教练。
工藤新一加入了足球社。小兰因崇拜前全国空手道大赛冠军前田聪加入了空手道社，成为女主将，认识了学姐冢本数美（17岁)。园子则加入了网球部。
而他们曾经帝丹国中的同学七川绚（16岁）则去了其他学校，学习之余在超市做兼职。矢内美咲便开始在矢内清美学院学习。
之后，为了将工藤新一培养成精英和名侦探，工藤优作在美国夏威夷岛教给了工藤新一开汽车、开枪、开飞机、开直升机、开快艇、推理、射击、修电脑、拆炸弹等技能。
而16岁的服部平次和远山和叶则升入大阪改方学园高中。服部平次加入了剑道社，成为社长。远山和叶则加入了合气道社与歌牌社，但她只是在歌牌社挂个名很少去练习歌牌。
之后服部平次成为大阪著名的高中生侦探，服部平次自称从小到大破过1000多件案件（包括找小猫小狗在内） 。在有案件发生时，会认真的摆正帽子（被远山和叶称为“引擎发动”），破案后会自信地转回来。他和工藤新一并称为关西的服部，关东的工藤，因此把工藤新一视为对手，想和工藤新一一决高下。
大冈红叶（16岁）则升入京都泉心高中，同学冲田总司（16岁）是服部平次的剑道对手，两人经常在改方学园和泉心高中举办的剑道大赛上遇到。大冈红叶的管家为前公安警察伊织无我（29岁），和黑田兵卫（49岁）曾经是同事。
大冈家很有势力很有钱，可以称为“西部的铃木集团”，大冈集团的老板同时也是是日本的首相（后退位）。且大冈家与羽田康晴羽田家认识。但她的家长们与铃木集团的顾问铃木次郎吉的关系并不好。
魔术师黑羽盗一和怪盗淑女的16岁儿子黑羽快斗和青梅竹马中森青子升入江古田高中。同学桃井惠子与青子是好闺蜜。
这一年，工藤新一带着小兰坐飞机去美国纽约见他妈有希子（36岁）。工藤新一在飞往美国的飞机中遇到了目暮警官（43岁），并破解了高中以来的第一个杀人事件。
来到纽约，有希子（36岁）开车带着工藤新一和小兰（16岁）去看舞台戏，贝尔摩德再次易容成莎朗·温亚德迎接他们，并变装成美国警官拉迪修·雷伍德解决有希子飙车违规的事，展示了高超的易容术与变声术。
有希子告诉工藤新一和小兰她们两个曾经都为了演好角色拜了一个魔术师（黑羽盗一)为师父学易容术。
紧接着，在舞台戏中工藤新一的死神光环又克死了个人。破解了第二个案件:纽约案件。
破案之后，贝尔摩德接到任务杀死FBI搜查官赤井秀一，先杀了纽约的银发杀人魔并变装成他，然后在偷袭赤井秀一时却被反过来开枪击中受伤，并躲进了一个小巷的房子里。工藤新一和小兰在坐计程车回酒店的路上，莎郎送给小兰的手帕被风刮到这个小巷房子楼梯上。工藤新一进入房子捡手帕，小兰留在原地等候。不久，赤井秀一来到小兰的面前，询问她有没有见到银发杀人魔，小兰回答没有赤井秀一坐车离开。小兰看到了赤井秀一同事衣服上的FBI标志。
小兰进入房子寻找工藤新一，却刚好遇到贝尔摩德假扮的银发杀人魔。这时，工藤新一出现大喊让小兰逃跑。贝尔摩德准备杀了小兰却不小心因栅栏生锈从楼梯上掉下来，被小兰伸出手救下。工藤新一赶来和小兰一起救下银发杀人魔（贝尔摩德假扮)，贝尔摩德问为什么救她，工藤新一对她说“一个人要杀另一个人或许需要动机，但是情急之下救个人是不会考虑那么多的”。工藤新一抱着昏倒的小兰离开，并劝持枪的贝尔摩德不要开枪因为附近还有警察，并放走了银发杀人魔（贝尔摩德）。从此，贝尔摩德被感化称呼小兰为“天使”。觉得赤井秀一是可以贯穿组织的“银色子弹”
工藤新一从美国回来后，帮助日本警察解决了很多杀人案件，从此名声鹊起，成为了出名的高中生侦探。人称“日本警察的救世主”“平成年代的福尔摩斯”。
其中一起西多摩市的案件，因工藤破获了市长肇事案，使得市长下台，导致建筑师森谷帝二（46岁）的建筑计划被后任市长驳回。所以，森谷帝二憎恨工藤新一。
之后，贝尔摩德以克丽丝·温亚德的身份伪造了“母亲”莎朗·温亚德的葬礼。藤峰有希子也有出现在葬礼中，以为朋友莎郎真的死了而感到悲伤。贝尔摩德（克莉丝）在葬礼中说出了“神秘的女人更有魅力”这句口头禅。此后，贝尔摩德以克丽丝·温亚德的身份继续出现，再不用化老妆成莎郎·温雅德。
FBI搜查官茱蒂·斯泰琳也因此怀疑克丽丝就是她的杀父仇人，经对比当年杀害她父亲那个女人在眼镜上留下的指纹，确认了克丽丝温亚德就是她的杀父仇人。还发现克莉丝与母亲莎郎的指纹也一样，明白了她们是一个人。自此，FBI开始在美国追捕克丽丝温亚德。
1年前，阿笠博士的姑姑阿笠定子（76岁）去世，阿笠栗介的别墅里的遗物交给了阿笠博士（51岁）掌管。
1年前，奥穗町东奥穗村的村长日原泷德杀了妻子日原钟子并自杀，被工藤新一推理出来。他的养子屋田诚人听到工藤新一关于村长的自杀推理而无法接受，觉得他的推理是错误的。整个村子的人也都这么觉得因而憎恨工藤新一。
半年前，屋田诚人（17岁）离开了奥穗町东奥穗村，并用村长的遗产整容成工藤新一的模样，准备设计报复他。
1年前，幼儿园大班的元太（6岁)到步美（6岁)家玩时，不小心将步美家的公主娃娃弄坏了，胳膊和腿折断了。之后，这个娃娃在维修时，维修的人却不小心受伤弄的这个娃娃满脸是血。后来好不容易修好了，却又被他们家隔壁一条叫皮皮的狗咬坏了，皮皮家的人就打算补偿步美将他们家的女儿节娃娃都送给步美。
半年前，诸伏高明因违抗上级命令前往救助遭遇雪崩的大和敢助而受处分，被调往新野署。大和敢助也在这次雪崩中左眼和左腿受伤， 昏迷了很长时间（即失踪），以致警队和上原由衣都认为他殉职了。
后来被诸伏高明在当地医院中找到，康复后回到长野县警局任职。青梅竹马的部下由衣也嫁到虎田家，改名为虎田由衣
半年前，沼渊己一郎被组织培养成杀手不到预期，因此被送往组织科学家雪莉（宫野志保）那里当药物人体实验品。此时的宫野志保已经是乌丸莲耶的黑衣组织顶级女科学家了。沼渊己一郎趁机逃离，并制造了一系列杀人事件。
之后，远山银司郎的下属阪田佑介警官在小木屋遇到了沼渊己一郎，因为阪田与他二十年前害死的稻叶彻治长得很像，沼渊以为是他的鬼魂回来了所以就很害怕的将当年的事情都说出来了。阪田警官因此知道了父亲死亡的真相，于是开始策划杀人事件报复当年害死他父亲的其他人，把沼渊己一郎关起来让他背黑锅。
半年前，因为赤井秀一背叛组织，且在纽约打伤贝尔摩德。所以，他前女友宫野明美被组织交代了抢劫任务，化名广田雅美在银行当收款员。宫野明美向组织提出条件，如果成功完成任务，就要让她和她妹妹宫野志保逃离组织。但她妹妹宫野志保可是组织的顶级科学家，琴酒怎么可能让她离开组织。所以，才欺骗了宫野明美，最后杀了他。
一年前的12月年末，板仓卓为了自己的眼睛，也为了全人类所以放弃开发那个软体。板仓卓将龙舌兰和贝尔摩德（克丽丝·温雅德）交易的事情写进了日记光盘，打算坐飞机逃往国外。
这些年间:1.羽田秀吉和宫本由美分手，获得了日本将棋的全部七个头衔，拥有“太阁名人”之称。2.京极真成为杯户高中的空手道高手，人称“蹴击贵公子”。师父为高见達人。3.蕾切尔·浅香不停将17年前的羽田浩司上传网络，希望有人想要解开此案。4.茱蒂对比眼镜上的指纹发现与克丽丝的指纹一样，克丽丝的指纹与母亲莎郎的指纹一样，所以两人是同一个人。
元年，自称黑羽盗一师弟的怪盗乌鸦开始活跃在美国拉斯维加斯。实际上他就是黑羽盗一本人。
同年，黑羽盗一的助手寺井黄之助（61岁）也为了调查他的死因开始当第二代怪盗基德，引起了媒体轰动上了新闻，消失8年的怪盗基德再次现身。他儿子黑羽快斗（17岁）也终于发现了家里隐藏地下室，还有黑羽盗一留下的白色礼服与录音机，得知黑羽盗一就是当年的怪盗基德，且他的死亡另有蹊跷。为了探寻真相，黑羽快斗也开始穿上白色怪盗装，去寻找重新出现的怪盗基德问出父亲的下落。
终于，黑羽快斗来到了大楼顶端，怪盗基德偷完宝石后也随之来到。黑羽快斗看穿怪盗基德的魔术，卸下伪装得知怪盗基德是他父亲的助手，在黄之助口中黑羽快斗确认了黑羽盗一的确为当年的怪盗基德，黄之助也是为了调查黑羽盗一死亡而开始当怪盗基德。
紧接着，黑羽快斗就代替了他当怪盗基德探寻黑羽盗一的死亡真相，为了引出杀害他父亲的凶手，一个17岁的会魔术的天才少年就当起了怪盗。在黑羽快斗多次以怪盗基德身份进行盗窃之后，在一次盗窃行动后，接到了神秘组织的电话，警告他不要再偷宝石了。黑羽快斗也遇到了同样寻找潘多拉宝石的神秘组织。这个组织以动物名字为代号，首领叫做毒蛇（斯内克）。
之后黑羽快斗找到了这个组织的根据地，知道了他们在寻找传说中的长生不老宝石潘多拉，所以才杀害了他父亲。黑羽快斗对他们说“你们居然为了这么无聊的理由杀了我父亲，我一定会比你们先一步找到潘多拉宝石”。从此，黑羽快斗开始寻找这颗可以长生不老的潘多拉宝石。
黑羽快斗将盗窃目标放到了铃木集团，经常在铃木集团的宝石展览会上盗窃宝石，铃木集团的顾问铃木次郎吉（72岁)也扬言要抓到基德。专门逮捕怪盗基德的警察为搜查二课警视茶木神太郎（49岁）和中森银三警官（41岁），中森警官可是等待基德再次出现等了八年好几个月，但他不知道这个基德已经换人了。之后，经常留学伦敦回国来的的警视厅总监儿子也是很有名的高中生侦探白马探（17岁）也参与了抓捕基德的行动。紧接着，白马探通过调查知道了黑羽快斗就是怪盗基德，以及黑羽快斗班上的女巫师小泉红子（17岁）用魔法知道了怪盗基德是黑羽快斗。白马探也转入了江古田中学。
而且，寺井黄之助和阿笠博士是朋友，怪盗基德使用的道具，也都是寺井从阿笠博士那购来的。
工藤新一 小兰 铃木园子升入了帝丹高中二年级B班，同班同学有中道 会泽荣介 田代 日高。
一次，高二的工藤新一（16岁）和目暮警官偶然坐直升机的时候，正好遇见盗窃江古田钟楼上宝石的怪盗基德。此时的工藤新一已经是个解决了很多起离奇案件，在日本很出名的高中生侦探了，他并不知道来偷时钟的人是怪盗基德，只知道是个小偷就帮警方出谋策略抓他。
工藤新一把基德从隧道入口逼到出口，但他不知道基德会变声术。最后工藤新一用夏威夷学的枪法向他开枪，基德跳入人群中而逃脱。这是两人首次交手，成为怪盗与侦探的宿命对手。而怪盗基德的真实身份就是工藤新一的堂弟黑羽快斗。
元年，元太（7岁） 光彦（7岁） 步美（7岁）升入帝丹小学一年级B班，成为帝丹小学第32届学生，班主任为小林澄子（26岁），校长依旧是植松龙司郎（59岁）。
这天，黑色组织女科学家宫野志保（18岁）研发的APTX-4869药物实验出现状况，一只小白鼠成功退化成了幼年形态。而她也只在电话汇报这个情报给了一个人（未知是谁），而其他黑色组织的杀手还在拿APTX-4869当毒药来杀人。
紧接着，黑衣组织干部琴酒和伏特加杀掉了组织的一个卧底。并准备以枪械走私的证据照片非法向某公司董事长勒索金钱。波本（降谷零）查出来情报汇报琴酒，这个董事长与东京的黑道泥惨会有勾结。董事长将交易地点约在多罗碧加游乐园，为了探测董事长，琴酒和伏特加准备乘坐那里的云霄飞车观测董事长。
而高中生侦探工藤新一（17岁）破解了一起米花水族馆杀人事件后，不小心将青梅竹马小兰（17岁）的手机丢到了下水道。因此，他答应小兰等她拿下空手道冠军后就去多罗碧加游乐园游玩。
空手道大赛这天，小兰与杯户高中的和田阳奈决赛，小兰开始时败落下风。园子（17岁）在观众台上为小兰大声喊加油，引起了对面观众台杯户高中二年级学生的京极真（18岁）注意。从此，京极真便喜欢上了园子。
这时，工藤新一对小兰表达要处理案件离开了，小兰也战胜了和田阳奈，成功拿下了关东空手道女冠军。工藤新一则顺手解决了一起银行行长杀人事件上了报纸。
之后，工藤新一和小兰在多罗碧加游乐园游玩这天，两人乘坐云霄飞车时偶遇了观察董事长的黑衣组织成员琴酒和伏特加，并碰巧遇到了一起杀人事件。
破案之后，工藤新一偷偷跟踪了黑衣人伏特加，发现了他与董事长的巨额交易，被琴酒从背后而来打晕灌下了雪莉研发的APTX-4869药物。（1月）
当工藤新一醒来时身体因药效导致细胞凋亡缩小到了10年前的7岁样子，跑回家中求助了隔壁的发明家阿笠博士（52岁），在他的建议下隐瞒了身份和穿上小时候的衣服，化名为“江户川柯南”住进了青梅竹马小兰的家里，借她父亲毛利小五郎是私家侦探之便开始暗中调查黑衣组织。并顺手帮小五郎解决了一起绑架案件。后来跟组织有关的宫野明美和板仓卓还有羽田浩司案都是通过小五郎找到的线索。
工藤新一的名字也登上了组织APTX—4869服用名单，在羽田浩司名字的下面，标注不明。从此，工藤新一也暂时在新闻界销声匿迹。
变小后的工藤新一在帝丹高中休学，以柯南的身份转入帝丹小学一年级B班，时隔十年重回小学，和元太 光彦 步美成为了同学，班主任为小林澄子。四人组建了少年侦探团。
之后，变小的工藤新一却发现毛利小五郎是个很无用的侦探，所以就使用博士发明的手表型麻醉针将他击晕，并用蝴蝶结变声器伪装他的声音进行破案。就这样，让辞掉警察后当了十年无用侦探的毛利小五郎名声大振成为了日本著名名侦探，人称“沉睡的小五郎”。阿笠博士为变小的他发明了很多有用的道具协助他。
一次，宫野明美因为秀一背叛组织抢劫银行后遭琴酒杀害，临死前拜访了出岛壮平事务所和毛利侦探事务所，并把母亲艾莲娜留下的录音带藏到了出岛壮平事务所的厕所里。当柯南赶到时她已经奄奄一息，向他承认了自己就是工藤新一，并得知是黑衣组织所为。
大概一个月后，工藤优作和有希子回国，在阿笠博士口中知道了工藤新一变小。工藤优作打算带着新一离开日本前往美国，委托了国际刑警组织调查黑衣组织。之后两人再次离开日本。
大阪侦探服部平次来到侦探所挑战关东的工藤新一知道他变小了，和工藤新一成为了朋友，会替他变小这件事保密。之后他邀请柯南他们来到大阪，认识了远山和叶，并成功抓到了为了报仇谋划杀人案件的坂田佑介，以及被坂田关押的组织成员沼渊己一郎。
工藤新一在电玩公司偶遇了奉克莉丝温雅德（贝尔摩德）之命，来拿天才电脑程序员名单的龙舌兰，他却不幸被犯人的炸弹炸死了。
继上次钟塔事件后，变小的工藤新一再次和基德对决，并知道了基德会易容和变声，柯南上了新闻，获得称号“基德克星”。之后，柯南便多次被铃木次郎吉请去对抗基德。
两个月后，宫野明美她妹妹宫野志保作为APTX4869开发者来到工藤新一家两次调查工藤新一，在第二次发现上一次还在的工藤新一小时候衣服不见了，联想到小白鼠实验APTX4869使一只小白鼠缩小到了幼年状态。所以宫野志保推测出工藤新一也是因此退化成小孩子了。她隐瞒了他没死，将APTX-4869服用名单上工藤新一的名字的标注从不明改成了已死亡，也因此保护了工藤新一。
但之后她知道姐姐被杀后，反抗组织被关在了毒气室，也吃了这个药来自杀结果身体也变小了，挣脱了手铐，因此她断定工藤新一也变小了，从通道逃了出来。打算去会和同样变小的高中生侦探工藤新一，昏倒在他们家门口被博士收留住在博士家，并被博士取了一个新的名字叫灰原哀。之后，变小的宫野志保也转入了帝丹小学，和高中生工藤新一成功会合，也加入了少年侦探团，工藤新一在博士解释下也知道了她的事情以及这个组织两次调查自己家事情。而黑衣组织也开始疯狂寻找背叛组织的雪莉，烧掉了她所在的实验室。但她为了保护工藤新一没有告诉他更多关于组织的事情，比如组织BOSS身份。
之后，基德易容成白鸟警官通过窃听知道了柯南就是高中生侦探工藤新一 。
之后，变小的工藤新一和小兰 还有园子到伊豆海边度假，刚好住到了京极真家开的旅馆。最后，在坏人即将杀害园子时，京极真出现救下了园子，两人便开始交往。之后，京极真就去了国外留学。
莎朗·温亚德（克丽丝·温亚德、贝尔摩德）发现救命恩人工藤新一的名字在APTX4869服药名单且标注已死亡，就来到日本调查被组织灌药的工藤新一，同时接到了协助匹斯可暗杀政治家计划。FBI赤井秀一等跟着她来到日本，从此FBI在日本追查组织的日子开始了。
之后，变小的工藤新一和宫野志保在街头偶遇琴酒车子保时捷356A，撬开车门在车内安装窃听器后知道了匹斯可在杯户饭店的暗杀计划，就前往杯户饭店阻止暗杀。匹斯可用汽车公司董事长枡山宪三和贝尔摩德以美国女星克莉丝·温亚德身份都参加了饭店中酒卷导演的追思会。琴酒在车上发现了窃听器还有雪莉的头发，也就知道了雪莉已经来过她车上了，于是安排皮斯可在会场上抓捕雪莉。
然后，匹斯可虽然因为和志保父母是朋友认出灰原是雪莉，知道了这个药物药效会使人变小，将灰原绑到了酒窖，最后被柯南救走了。匹斯可也因为杀人照片被记者意外拍下来暴露，所以乌丸莲耶（140岁）就下令让琴酒杀死他灭口，哪怕匹斯可是跟着他做事多年的组织元老。由此可见乌丸莲耶的心狠手辣。所以雪莉变小成小孩子的事情才没有暴露。
三个月后，贝尔摩德制造车祸杀了帝丹高中新出医生，并易容成他的样子开始假扮他，接近自己的天使小兰，调查工藤新一，寻找叛逃的雪莉。FBI救了真的新出医生，朱蒂探员也去了帝丹高中当英语老师。之后，工藤新一用宫野志保开发的短暂恢复身体药恢复身体，参加园游会扮演黑衣骑士。贝尔摩德确认了工藤新一还活着。
一次，工藤新一参加了千间降代和大上祝善举办的黄昏之馆侦探聚会，知道了这里原主人是日本大富豪乌丸莲耶，还有四十年前的那场惨案。怪盗基德也来了假扮成了毛利小五郎，为了乌丸莲耶的宝藏。最后，千间降代杀了大上祝善，工藤也找到了当年千间恭介留下来的暗号乌丸莲耶要找的宝藏，触发机关后整个黄昏之馆就开始震荡，露出了黄金打造的外表，所有人才知道黄昏之馆是纯黄金建的。这就是乌丸莲耶他妈留给他的宝藏。
之后，琴酒通过窃听灰原打给已去世的她姐姐明美死前的电话留言，得知雪莉会出现在常盘集团的双子摩天大楼，巧的是常盘集团的程序员原佳明就是组织的成员，但背叛了黑衣组织入侵了组织电脑。最后琴酒炸掉了这个大楼，并杀掉了常盘集团组织的叛徒电脑程序员原佳明。
四个月后，警视厅再次收到往年炸弹犯都会发来的传真，炸死萩原研二和松田阵平的凶手将会再次制造爆炸案件。这次在柯南的帮助下成功拆除了东京铁塔的炸弹，柯南因此上了新闻。佐藤和高木也成功抓到了这个炸弹犯，佐藤成功为松田阵平报了仇。降谷零也知道了炸死自己警校同学萩原研二和松田阵平的凶手被抓住的消息。还有萩原研二的姐姐萩原千速（31岁），她也因此认识了柯南。
紧接着，几个委托电脑工程师板仓卓办事的人，因板仓卓失踪便委托名侦探毛利小五郎寻找，最后发现板仓卓已经死在了家里。工藤新一查出被杀的电脑工程师板仓卓和上次出现在电玩公司的组织成员龙舌兰有来往，找到了他的日记光盘，在博士家破解之后知道了他和黑衣组织的交易过程，被龙舌兰和一个女人电话委托他开发一种可以影响全人类的软件但是没有开发完成，打算逃到国外。工藤新一找到他藏起来的这个没有完成的软件后，冒充他和伏特加在地下储物柜交易，准备录取伏特加指纹。最后，计划被被琴酒识破，被吓晕在柜子里，直到天亮才被灰原用追踪眼镜找到。
之后，灰原告诉工藤新一，她父母曾经都是组织的科学家后来死在了实验室意外，她妈虽然不出名，但是她爸宫野厚司在科学界却很出名，被称为疯狂的科学家。工藤新一告诉了阿笠博士，阿笠博士告诉工藤新一他曾经认识宫野厚司在产品发布会上见过两次面，宫野博士还称赞过他的发明。阿笠博士才知道自己收养的小女孩，居然就是宫野博士的女儿。
之后，贝尔摩德在博士家安装窃听器窃听对话，知道了工藤新一了变小为柯南，知道了灰原哀是叛逃组织的宫野夫妇女儿科学家雪莉。工藤新一和灰原哀也拜访了宫野厚司朋友出岛壮平的事务所，出岛壮平却意外被谋杀，还知道了明美死前也来过这里，找到了明美生前藏在这里的录音带。
满月那天，贝尔摩德带着组织狙击手卡尔瓦多斯在码头追杀背叛组织的雪莉，被小兰还有FBI赤井秀一 朱蒂救下。贝尔摩德开车挟持柯南逃跑，卡尔瓦多斯沦为人质开枪自杀了。小兰和园子知道了新来的英语老师是FBI，有希子和工藤新一知道了莎郎没死，而且就是克莉丝，一人靠易容分饰两角，也是把工藤新一变小的犯罪组织成员贝尔摩德（苦艾酒)。
工藤新一在车内录下了贝尔摩德（克丽丝·温亚德)发给BOSS乌丸莲耶的邮件音，贝尔摩德向他承诺她会放弃追杀雪莉。贝尔摩德使用催眠瓦斯跑了，因为新一小兰在一年前救过她所以向组织隐瞒了工藤新一和雪莉服药变小的事情。之后，有希子告诉工藤新一，莎朗曾经因为某件事和板仓卓大吵过一架，工藤新一才知道委托板仓卓开发软件那个女的就是贝尔摩德。第二天，工藤新一易容成灰原哀，在街头上走动没有被跟踪，也就信了苦艾酒对他的诺言。但他不清楚为什么贝尔摩德不上报组织，他和灰原吃药变小这件事。柯南之后查出组织BOSS的邮件声是七个孩子。
之后，芙莎绘（48岁)第四次来到日本和阿笠博士（52岁)曾经的老地方银杏树下等阿笠博士。成功等到了阿笠博士，并把少年侦探团误当成了他的孩子以为他已经结婚生子了。在开车离开时，阿笠博士对她说“我到现在还是喜欢银杏”。芙莎绘才知道阿笠博士其实并没有结婚生子。打算十年后再来。
五个月后工藤新一发现了委托毛利小五郎的电视台女主播水无怜奈和琴酒有联系，是组织成员基尔，安装了窃听器，知道了之前泥惨会要暗杀的日本首相竞选人土门康辉，他们组织乌丸莲耶现在也要暗杀，为了让他们控制的人当上日本首相。工藤和FBI一起阻止组织的暗杀土门康辉计划。最后，水无怜奈出了车祸，被FBI安置杯户医院。琴酒发现了基尔身上的窃听器，而且和上次雪莉安装在他车上的一个型号，首次怀疑起名侦探毛利小五郎，觉得他就是和雪莉在一起调查组织的那个人。琴酒准备杀他被赤井秀一远方狙击救了，让组织以为窃听器是FBI安的洗清小五郎嫌疑。
之后，本堂瑛佑转到工藤新一班上，委托小五郎寻找水无怜奈。紧接着，柯南在帝丹小学找到了十年前自己放在图书馆的黑羽盗一的暗号，才知道自己当年解错了暗号，同时知道了怪盗基德的命名之父就是工藤优作，所以怪盗基德才会说自己是他弟弟。
六个月后，本堂瑛佑找到了FBI看守的水无怜奈病房偷偷潜入进来唤醒了她，确认了她是自己姐姐。水无怜奈也向赤井秀一和工藤新一承认自己是CIA的卧底，父亲四年前为了保护自己自杀了。答应回到组织继续卧底也会提供给FBI情报，不过要以CIA的利益为先。
紧接着，FBI发现潜伏进杯户医院寻找水无怜奈下落的琴酒手下楠田陆道，在追捕他时楠田陆道朝脑袋开枪自杀了。琴酒也因为楠田陆道失去联络，确认了水无怜奈就在杯户中央医院。卡迈尔探员（27岁)为了弥补两年前害赤井秀一暴露，秀一女朋友明美被杀，冒死开车把水无怜奈送回了组织卧底。
紧接着，水无怜奈接到组织命令和赤井秀一约在来叶崖单独见面杀死他。然而，工藤新一早就预料到了。于是，赤井秀一假装被水无怜奈杀死，让水无怜奈打爆了赤井秀一针织帽里的血浆，使用楠田陆道尸体假死，让她获得组织信任。随后，赤井秀一化名冲矢昴，易容成大学研究生住进工藤新一家。知道赤井秀一没死的人只有工藤新一 工藤优作 藤峰有希子 羽田秀吉 詹姆斯布莱克。本堂瑛佑则离开日本去了美国，打算加入CIA。自此，工藤新一成功帮FBI往琴酒那插入了一枚卧底。
之后，柯南在长野县认识了大和敢助和诸伏高明。上原由衣的丈夫也被人杀死，但她实际上是为了调查甲斐玄人的死因才嫁到虎田家的。案件结束后上原由衣便改回上原姓氏，回到了长野警局。
而黑衣组织则派爱尔兰被贝尔摩德易容成松本清长警视潜入了警视厅的秘密会议，为了找出杀人犯取回组织卧底名单的储存卡。山村操和长野县的大和敢助 上原由衣也来了，诸伏高明因为有事没来，所以山村操没见到童年玩伴景光的哥哥。爱尔兰还意外查出来了柯南就是工藤新一。最后，爱尔兰准备带柯南见BOSS乌丸莲耶，因为琴酒曾经杀了跟他关系很好的组织成员皮斯可，所以打算曝光琴酒的失误让他下台。结果，爱尔兰也被琴酒杀死了，临死前弃暗投明保护了工藤新一。
之后，降谷零（波本）不相信他死了，被贝尔摩德易容成假赤井秀一试探FBI探员，并在银行抢劫案开枪救下了柯南。赤井秀一则通过偷听柯南用工藤新一身份打电话，知道了柯南就是高中生侦探工藤新一，和明美妹妹志保一样身体变小了。
半年后，（大概7月）赤井秀一妈妈玛丽在伦敦的沃克斯霍尔桥和失踪17年的丈夫赤井务武见面，结果是贝尔摩德假扮，中了组织的圈套，被贝尔摩德用嘴亲玛丽喂下了药物，玛丽趁机跳下泰晤士河逃走后身体也退化成了幼年形态变成了小孩。赤井玛丽的名字也登上了服药名单，标注生死不明。
当时，因为受有钱人邀请，工藤新一也恢复身体偶然去了伦敦，在大本钟下表白了小兰，同时以柯南身份在观众台上大喊自称我是福尔摩斯的弟子，我可以帮你草地女王，帮助网球女王米奈芭·格拉斯（22岁）解决案件，上了温布尔网球赛的电视。
变小的玛丽与世良真纯看到了电视里的这一幕，回想起他和十年前海水浴场遇到的少年工藤新一一模一样，也是自称福尔摩斯弟子知道他也变小了。认出来了这就是十年前能让秀一笑出来的那个小男孩。紧接着，玛丽委托MI6调查发现飞机旅客确实有工藤新一的名字，工藤新一在他们离开日本来到英国后的这段时间帮日本警察破解了很多疑难案件，是个高中生侦探，但是这半年却突然消失，却有一个小男孩柯南经常出现在案发现场协助警方破案，这个小男孩柯南就是工藤新一。
于是，MI6军情六处就知道了工藤新一和玛丽被变小成了小孩，那个组织开发出来了能让人身体缩小的药物。玛丽就用MI6伪造的证件坐飞机带着世良真纯来到了日本，让世良真纯转到他们班上，接近小兰和柯南拿恢复药和查明真相。两人在羽田康晴的资金提供下住到了豪华酒店，羽田秀吉知道大哥赤井秀一没死但是隐瞒了两人。所以两人都以为赤井秀一已经在FBI殉职了。
之后，怪盗基德归还了当年怪盗淑女偷得龙马宝物，柯南向他承认了自己是工藤新一。（说自己妈妈曾经演过乙女）
七个月后，波本为了试探被组织怀疑的名侦探毛利小五郎，化名安室透自称私家侦探拜他为师，并在隔壁咖啡厅打工当面包师。他一边当公安警察，一边在这个犯罪组织卧底，一边在咖啡厅打工当面包师并当小五郎的侦探徒弟，一边为日本前首相大冈首相办事。但他不知道小五郎就是他警校时完成过20颗子弹全部命中靶心的天才前辈。
紧接着，波本查到了背叛组织的雪莉会搭乘铃木号特快列车，和贝尔摩德在特快列车追杀雪莉。因为这次要抓雪莉的是波本不是贝尔摩德，所以贝尔摩德就违背和柯南的诺言参与了。贝尔摩德和老朋友有希子在车厢见面，承认了自己是莎郎温亚德，也是犯罪组织成员，并且委托了CG制作人板仓卓开发了某种电脑软件。有希子说板仓卓的电脑软件和她隐瞒工藤新一和灰原变小成小孩子的事情有关系。贝尔摩德在车上抓走了玛丽的女儿世良真纯，被赤井秀一（冲矢昴)给救走了。最后，工藤新一让怪盗基德假扮宫野志保在后车厢与波本（降谷零)见面，假装被组织杀死，让组织都以为雪莉已经死了。
紧接着，工藤新一见到了世良真纯变小的妈妈玛丽，以为是世良真纯的妹妹，玛丽对他自称领域外的妹妹。
八个月后，降谷零查出赤井秀一假死易容成了冲矢昴，但赤井秀一也查出了他是日本公安的卧底降谷零。赤井秀一对波本说杀死苏格兰景光那件事他还是过意不去。CIA的卧底水无怜奈发情报给FBI，黑衣组织二号BOSS朗姆开始行动了。紧接着，灰原告诉工藤新一，朗姆有一只眼睛是义眼。
之后，工藤新一在长野县认识了长野县的黑田兵卫，因为他是独眼，所以工藤新一怀疑他是朗姆。黑田兵卫真实身份是公安理事官降谷零上司。紧接着，黑田兵卫就从长野县调到东京代替松本清长担任管理官，目暮警官上司。松本清长卸任了。黑田兵卫同时担任东京警视厅的管理官和公安的秘密理事官。
紧接着，工藤新一和降谷零也知道了世良真纯是FBI赤井秀一探员的妹妹。
九个月后工藤新一认识了太阁名人将棋手羽田秀吉，知道了他义兄就是17年前死亡的将棋手羽田浩司，宫野志保表示组织服药名单也有这个名字，就在工藤新一名字的下面，工藤新一就开始调查这个17年前的天才将棋手神秘死亡案。最后和赤井秀一一起破解暗号为阿曼达女保镖浅香（ASAKA）和组织二号BOSS朗姆（RUM），实际上两人解读错了，真正的暗号是乌丸莲耶的名字。赤井秀一就明白了导致他父亲失踪那个案子是组织干的。
紧接着，工藤新一和毛利小五郎 侦探崛田凯人一起调查羽田浩司案，还有世良真纯和玛丽。这次，因为崛田凯人对羽田浩司案的调查被乌丸莲耶的黑衣组织盯上了，但他却意外被谋杀，琴酒也因为毛利小五郎调查羽田浩司案因此第二次开始怀疑毛利小五郎。
紧接着，工藤新一回想起十年前在海滩边见过赤井秀一一家，知道了羽田秀吉是赤井秀一弟弟世良真纯二哥，知道了他们妈妈玛丽就是领域外的妹妹也变小了。
之后，玛丽在真空磁悬浮列车事件中知道了自己儿子赤井秀一没死，易容成了冲矢昴。赤井秀一也知道了自己母亲和高中生侦探工藤新一一样变成了小孩子。柯南和灰原在帝丹小学找到了宫野明美留下的时光胶囊里写给志保的信，浅香（若狭留美）知道了灰原哀就是宫野夫妇的女儿，背叛了组织的雪莉。灰原哀身份暴露。
紧接着，朗姆就化名胁田兼则易容成了一个厨师，也亲自拜了调查羽田浩司案的毛利小五郎为师，成为波本的师弟，想看看这个名侦探到底是不是在调查组织。和羽田浩司有关的阿曼达保镖蕾切尔·浅香也以日本名字若狭留美到柯南班上当小学老师。
之后，大冈前首相的孙女大冈红叶，在大冈家管家伊织无我的帮助下追服部平次，还在波洛咖啡厅遇到了同事降谷零。大冈红叶歌牌老师名顷鹿雄的死最后也被查了出来。
十个月后（大概11月）工藤新一恢复身体参加京都的修学旅行，小兰在清水寺上亲了工藤新一。工藤新一和小兰确认关系正式在一起了。并顺便破解了清水寺的杀人案件。世良真纯和玛丽也因此确认了他有恢复身体的药。
著名高中生侦探工藤新一破解京都清水寺案件不小心暴露，因为工藤新一已经消失十个月了左右上了新闻和热搜。而且工藤新一名字在组织APTX-4869服药名单还标志着已死亡，因此被组织二号BOSS朗姆和拥有APTX4869服药名单的蕾切尔浅香盯上。工藤优作和有希子回国帮忙解围镇压了这个新闻，并推理出羽田浩司案真正暗号为CARASUMA，一个名字，正是早就去世的日本大富豪乌丸莲耶，是黑衣组织的BOSS。因此，工藤新一 工藤优作 有希子 阿笠博士 赤井秀一知道了黑衣组织BOSS是乌丸莲耶。
朗姆也因此派波本（警察卧底）去搜集工藤新一相关信息给他，偷偷潜入他们家却被抓住，被迫和赤井秀一 工藤优作 有希子进行了谈话共同对付组织。
之后，诸伏高明来到东京阻止怪盗基德盗窃宝石，并成功从高木佐藤手上收到降谷零委托伊达航转交给他的东西，打开后是一部子弹打穿屏幕周围还有血迹的手机，高明就明白弟弟当了公安警察在潜入某个地方卧底时殉职了。
紧接着，毛利小五郎带着两个徒弟安室透（降谷零）和胁田兼则（黑衣组织二把手朗姆）到长野县的雪山山庄办案，结果遇到连续杀人案。在破案过程中拍视频给长野县警局，诸伏高明看见视频里黄头发的安室透，想起来了他就是弟弟景光的朋友零。想起来了把景光手机寄来的包裹上就写着一个0，就明白了是降谷零把弟弟殉职时打穿的手机寄给他的。就在这时，黑田兵卫打电话给了诸伏高明，不知道说了什么，之后诸伏高明就没有和降谷零相认，保住了降谷零的警察身份没有暴露给黑衣组织二把手朗姆。
之后，工藤新一通过推理得知领域外面妹妹的含义，知道了赤井秀一的妈妈是英国情报局MI6的成员。紧接着，玛丽派世良真纯去抢柯南的恢复身体药物，没有成功。朗姆知道了毛利家和工藤新一家的关系，确认了工藤新一的确还活着。因为工藤优作帮基德洗清偷宝石的嫌疑上了新闻，所以朗姆盯上了工藤新一父亲工藤优作，觉得他可能会对组织造成重大威胁，派了贝尔摩德去刺探情报。
之后，组织入侵了国际刑警中直美开发的全年龄人脸识别系统，企图对该系统进行修改，将组织的痕迹从中抹除。这个系统因为连接着世界各国的摄像头，所以可以将你从全球任何一个国家任何一个地方，将任何年龄段的你给识别出来。中途因为直美留着灰原哀识别成宫野志保的照片，所以组织一开始以为灰原哀就是宫野志保以某种方式变小了，让组织成员宾加抓走了灰原哀。但由于贝尔摩德觉得这个系统是不可以打开的潘多拉魔盒，于是乌丸莲耶便下令毁掉了这个系统。贝尔摩德因此变装成各种宫野志保，出现在各地，让琴酒他们以为这是会把相似的人也识别的垃圾系统，打消了组织的怀疑，最终用潜艇发射鱼雷炸了这个系统。同时组织成员宾加通过人脸识别系统查出来了柯南身份，最后被炸死。朗姆也提到了乌丸莲耶已经很长时间没有露面，但还活着，想通过这个系统寻找乌丸莲耶。所以说乌丸莲耶已经用药物改变了身体外貌，才会隐藏起来，连二把手朗姆都见不到？
之后，朗姆指挥琴酒他们追杀潜伏在日本调查组织的FBI搜查官，工藤新一和赤井秀一前往海猿岛拯救卡迈尔探员，并烧掉了海猿岛。最后，成功救下了卡迈尔，卡迈尔剪掉了长发隐藏身份。卡迈尔带来从伏特加那偷听到的情报，组织二把手改变了容貌并起了个胡编乱造的名字（胁田兼则）。因为这次事情闹得太大，朗姆也被乌丸莲耶训斥了，但也夸奖了他们杀掉了被FBI拼命保护的卡迈尔。
之后，工藤新一跟踪黑田兵卫，偷听到了他和伊织无我的对话，知道了黑田兵卫和大冈红叶的管家都是日本公安，且两人认识安室透（降谷零）。同时，一个坐着豪车戴着呼吸机的神秘老人，从他们身边经过，疑似黑衣组织BOSS乌丸莲耶。
之后，这个神秘老人让手下去跟踪世良真纯，听见了世良真纯喊变小的玛丽妈妈，然后让手下破坏灭火栓把玛丽和世良真纯逼出了酒店。神秘老人看见了人群中的世良玛丽和世良真纯，知道了玛丽已经变小了。
紧接着，朗姆发现了柯南的班主任若狭留美就是逃走17年的阿曼达保镖浅香，便开始追杀她。若狭留美知道了灰原哀是背叛组织的雪莉，也知道了自己身份暴露，反杀了来追杀她的组织成员。黑田兵卫则告诉了柯南当时羽田浩司案的真相，知道了羽田浩司和阿曼达被朗姆杀害的前后经过，并解开了阿曼达留下的死亡暗号“要小心眼睛有特异功能的人”，两人都知道了若狭是阿曼达的女保镖浅香。前日本首相大冈家主因为柯南一直在帮铃木次郎吉抓基德而盯上他，派去了降谷零调查江户川柯南。降谷零给柯南安装了窃听器，被柯南发现。
其他的:琴酒（年龄不详）伏特加（年龄不详）贝尔摩德（年龄不详）卡尔瓦多斯（年龄不详）基安帝（年龄不详）科恩（年龄不详）斯泰琳探员（年龄不详）赤井务武（年龄不详）黑羽盗一（年龄不详）白马总监（年龄不详）友成警官（年龄不详）芝阳一郎（年龄不详）龙舌兰（年龄不详）沼渊己一郎（年龄不详）羽田浩司（年龄不详）羽田康晴（年龄不详）羽田市代（年龄不详）伊森·本堂（年龄不详）巴尼（年龄不详）汤玛斯·辛多拉（年龄不详） ……
我认为乌丸莲耶建立组织的初衷一个是研发长生不死的药物，另一个就是要用这个药物来控制全世界政界财界的大人物，毕竟有权有势的人都对长生不死渴望，只要研发出来这个东西就能对他们进行控制，就比如大冈红叶爷爷是日本前首相也是全日本最大的资本家，有钱有权，乌丸莲耶就可以拿药物收买他，控制日本的政界大权。乌丸莲耶也经常进行暗杀参加竞选的议员来改变政治局势的活，甚至连美国总统都会进行控制。黑衣组织背后肯定有很多超厉害的高科技，像板仓卓那样所谓可以改变全人类的软件，很可能就是可以像泽田弘树那样让死人复活的人工智能。以及和日本首相 等等这些政界 财界大人物的勾结。最终目标应该是实现长生和控制整个日本乃至全世界的政治和经济。
大概就是这样吧。无论是研发A药来延长寿命还是开发让死人复活的AI。其目的都是为了永生。而永生又是社会中有权有钱有势的人的追求，只要实现了永生就能操控这些政治界 经济界的大人物。据灰原哀所说，组织在政 经 科三界都有很深的人脉，而他在永生药物研究上也已经有了很大成果，自己靠药物活到了140岁，贝尔摩德靠药物容颜不老，柯南 灰原 玛丽靠药物返老还童身体缩小。组织很可能就是靠研发出来的药物操控了这些政界财界的大人物，从而壮大了自己组织。壮大了之后又引起世界各国情报局的调查。
在剧情中黑衣组织的活动常常与政治阴谋和权力斗争紧密相关。他们不仅涉及非法交易、暗杀等犯罪活动，还似乎有意影响政治局势，包括对政治人物的暗杀，这些都显示了组织试图通过操纵政治来达到自己的目的。黑衣组织是一个拥有强大资源和影响力的组织，他们的活动范围和影响力似乎涉及到了政治、经济等多个领域。乌丸莲耶作为组织的创始人，他的目标如果真的是追求长生不老和掌控权力，那么这样的设定就能够解释组织为何会进行各种秘密活动，以及他们为何会试图影响或控制那些有权有势的人物。
如果大冈红叶的日本前首相爷爷与黑衣组织有勾结，那么这样的情节会为故事增添更多的政治阴谋和权力斗争的元素。这样就会让人更加期待作者青山刚昌是否会在未来的剧情中揭露更多关于黑衣组织的秘密，以及他们是否真的在追求这样的目标。
如果乌丸莲耶操控政治局势，那么他的目的可能是多方面的。首先，通过影响政治，他可能试图确保黑衣组织的活动能够得到保护，避免被法律追究。政治影响力可以帮助他获得必要的资源和信息，以推进他的研究，比如追求永生或其他秘密项目。
其次，通过操控政治，乌丸莲耶可能试图塑造一个对他有利的世界环境，这样他就可以在不受干扰的情况下继续他的研究。他可能认为，通过控制政治领导人，他能够引导政策走向，甚至可能利用政治力量来获取更多的资源和技术，以支持他的目标。
最后，乌丸莲耶可能还有更广泛的野心，比如控制全球经济或政治格局，以此来巩固自己的权力和影响力。这样的行为不仅反映了他对权力的渴望，也可能揭示了他对世界的某种愿景或计划。
A药就是黑衣组织与永生追求之间的联系，以及如何成为乌丸莲耶操控政治和经济的工具。以及灰原哀、贝尔摩德、柯南和玛丽等角色的经历，进一步证实了组织在药物研发方面的成就，以及这些药物如何被用作实现组织目标的手段。通过这些药，操控那些渴望永生的政界和财界大人物，黑衣组织能够获得必要的资源和保护。
如果黑衣组织真的在开发一种能够让人通过人工智能实现永生的技术，那么乌丸莲耶追求永生的愿望可能是推动这一研究的主要动力。通过将意识或思维上传到计算机或人工智能系统中，理论上可以创造出一种形式的“数字永生”。这样的技术可能会让乌丸莲耶或其他人通过人工智能继续“生活”，即使他们的生物身体已经死亡。
另外，乌丸莲耶可能还有个更大的目的。就是操控全人类建立一个新的世界秩序，一个没有战争和灾难的世界。让板仓卓开发的软体，可能就是操控全人类意识和思想。它可以利用信号的频率和波长，来影响人类的大脑神经细胞，让人类产生各种各样的幻觉和错觉，从而达到控制人类的目的。操控全人类，让他们按照组织的意志行事，这样就可以避免很多不必要的麻烦和冲突。