而后，约于公元1375~78年间，俊源大德自真言密教圣地之一的京都醍醐山来到高尾山。在高尾山里，俊源大德一边向不动明王祈祷，一边焚烧八千枝护摩木，进行严苛的苦修。借着如此的苦修，终于，俊源大德在高尾山里切实地感受到了饭绳大权现的存在。因此，俊源大德重新修建了高尾山药王院，并供奉饭绳大权现为主神，从此被誉为"高尾山中兴之祖"。于是，在真言密教传入高尾山药王院，高尾山也同时成为修行者苦修的修验道之山，并逐渐闻名。随着日本进入战国时代(15世纪后期~16世纪后期)，饭绳大权现成为武田信玄与上杉谦信等诸多骁勇武将所信奉的守护神，其中尤以统治关东地方的北条家最为虔诚信仰，并全力守护着当时亦为战略要地的高尾山。而后，战乱时代结束，日本进入江户时代(1603~1867年)。在当时将军一族德川家的保护下，高尾山日益发展兴盛。时至今日，高尾山药王院已然与成田山新胜寺、川崎大师平间寺并列，成为真言宗智山派的三大总寺院之一，信徒众多。
