金門縣政府（英文：Kinmen County Government）係中華民國福建金門最高層級嘅最高地方行政機關，喺中華民國政府架構中為縣自治嘅行政機關，同時負責執行中央機關委辦事項，金門縣嘅自治監督機關為行政院各部會（主要為內政部）。金門縣政府亦都係轄下各鄉、鎮嘅地方自治監督機關。金門縣政府設有11個內部單位、7個所屬一級機關（設有12個下屬機關）、17個所屬二級機關、23所各級學校、1所幼兒園。此外，金門縣政府仲經營5個市營事業機構。
