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中央研究院在1998年預算法修正之後經常函以，謂立法院決議中研院之預算須向該院委員會報告後始准動支，勢造成院務中斷、無法正常運作，諸如人事費無法核給、延續性之研究計畫等項經費在專案報告前將法無法支付的窘境云云，故認為立法院依預算法第52條所為之附加決議違反「法律所不許者」之範疇，有違憲或違法之疑義，以下謹將相關學說見解說明如後……

　　甲說—「違憲說」或「違法說」，理由包括以下幾點：立法院決議凍結特定科目預算之行為，不僅在預算法或立法院職權行使法等法律中找不到任何依據；不僅如此，在1998年預算法修正之前，我國中央政府總預算的審查，也從未有通過或刪除預算之外，另有所謂凍結預算的審議行為，故1998年預算法修正之後，立法院所謂凍結預算的審議行為，不僅違反預算法或立法院職權行使法之規定，也與1998年預算法修正之前的預算審議之立法慣例有違。

　　其次，如果立法院於審查總預算案時，可提出任意各項決議（包括凍結特定科目預算在內），等於承認立法院自己作成之決議，有單方面形成憲法規範或法律規範的效力，容易導致行政機關被迫參照法令辦理而沒有實質拒絕的制衡權限，反將導致權力分立的失靈，也與預算審議應重視「議決明確性」的原理原則有違。

　　第三，按司法院大法官釋字第520號解釋之見解（包括解釋理由書在內），立法院如於審議預算時另作成之決議，如法定預算須經報告後始得動支經費，此等凍結預算之決定，即有侵犯行政機關的預算執行權，而有違憲之虞；類似之若干見解，亦可參照釋字第264號、釋字第391號之見解，即立法院不得提議增加預算之支出，亦不得調整預算科目。同理，亦不得藉由凍結預算而侵犯行政機關的政策決定權與預算執行權。

　　除此之外，預算之審議、成立與執行等均關係行政機關整體年度之收支運作，故依憲法與預算法之規定，皆須在一定期間內即完成立法程序與支用程序，如須於一個會計年度內執行完畢為原則。質言之，預算之審議與執行均有其時限性，如立法院作成「須俟報告或同意後始得動支預算」等凍結特定科目預算之決議，將造成法定預算公布後無法執行或延後執行的情勢，形同延後預算之審議期限，或是就已經審議完成之預算行使再審議之權，亦與「一事不再理」之法理有違。

　　乙說—「合憲說」或「適法說」，理由則有以下幾點：1998年預算法修正後，該法第52條即規定：「法定預算附加條件或期限者，從其所定。但該條件或期限為法律所不許者，不在此限。立法院就總預算案所為之附帶決議，應由各該機關單位參照法令辦理」。基此，行政院配合上開規定，除由總統公布法定預算外，亦將立法院總預算之審查報告（包括各項決議事項）函轉各機關請依相關法令規定辦理外。其中，中央政府各機關單位預算執行要點即規定：「各機關歲入、歲出預算，如有依預算法第52條第1項規定，由立法院決議所定之附加條件或期限，除為法律所不許者外，應按條件或期限辦理情形，妥為規劃分配，於該項條件尚未成就或期限尚未屆滿前，應暫不予執行」。就此而言，即承認立法院凍結預算的適法性。

　　另查立法院行使憲法所賦予職權，如依憲法第63之規定：「立法院有議決法律案、預算案......及其他國家重要事項之權」，故有關立法院對於預算案之決議（包括重要事項之決議在內）如未牴觸憲法或法律之規定，並不構成違憲。不僅如此，即使所謂凍結預算被定位為附帶決議，仍具備建議性質之事實上的效力，由各機關參照法令辦理，亦不當然構成違憲或是違法。

　　不僅如此，依預算法之規定，立法院所為之附加決議，無論是附加條件或期限，抑或附帶決議，只要沒有違反該法第52條「法律所不許者」的界限，即不構成違憲或違法。

　　以上兩說，吾人該認為甲說還是乙說比較有道理呢，支持甲說或乙說的理由為何？或是吾人如認為甲說抑或乙說見解可採的話，則預算法有無再修正的必要？如有修正的必要，又該如何修正或是該如何重新解讀預算法的規定為宜呢？......