Rc-o319病毒

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Rc-o319病毒
病毒分類 編輯
–未分級–： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
門： 小核糖病毒門 Pisuviricota
綱： 小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes
目： 網巢病毒目 Nidovirales
科： 冠狀病毒科 Coronaviridae
屬： 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亞屬： SARS乙型冠狀病毒亞屬 Sarbecovirus
種：
病毒株：
Rc-o319病毒 Rc-o319

Rc-o319病毒是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV）的一個病毒株，在日本的角菊頭蝠中發現，於2020年11月發表，屬於SARS-CoV-2的演化支，全基因組核酸序列與SARS-CoV-2的相似度為81%，是該演化支中與SARS-CoV-2關係最遠的病毒株[1][2]。此病毒是與SARS-CoV-2相關的完整病毒株序列中，首個在中國以外發現者[2]，也是首個在中國以外的亞洲國家發現的完整SARSr-CoV病毒株序列[3]。

發現[編輯]

2013年，研究人員在日本岩手縣的一洞穴中捕獲四隻角菊頭蝠，初步分析其糞便樣本，發現其中含有乙型冠狀病毒屬病毒的RNA複製酶序列。2020年，研究人員完整定序了樣本中冠狀病毒的基因組，即為Rc-o319病毒[1]。

病毒學[編輯]

Rc-o319病毒在SARSr-CoV中屬於SARS-CoV-2的演化支，全基因組核酸序列與SARS-CoV-2的相似度約為81%，以全基因組序列、複製酶序列、刺突蛋白序列繪製的系統發生樹均顯示Rc-o319病毒位於該演化支的基部，是最早分支的病毒株[1][2]。

Rc-o319病毒的刺突蛋白中與宿主受體結合的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有一段長9個胺基酸的缺失，為此病毒所特有，且SARS-CoV-2的RBD中與人類細胞受體血管緊張素轉化酶2（ACE2）結合所需的數個重要位點，Rc-o319大都與SARS-CoV-2對應不同胺基酸，顯示前者可能難以與人類的ACE2結合而造成感染。假性病毒（英語：pseudotyping）實驗（pseudotyping）結果顯示Rc-o319病毒只能與角菊頭蝠的ACE2結合造成感染，無法結合人類、馬鐵菊頭蝠與中華菊頭蝠的ACE2，可能尚無法跨越物種障礙而感染其他物種[1]。

另外，有別於SARS-CoV與SARS-CoV-2除ACE2外，尚需跨膜絲氨酸蛋白酶2（TMPRSS2）切割病毒的刺突蛋白才能造成感染，Rc-o319病毒的感染則僅需ACE2，不需TMPRSS2[1]。

演化樹[編輯]

SARS-CoV-2與相關病毒株的系統發生樹[4][5] :

 
 

Rc-o319 與SARS-CoV-2相似度81 % · 角菊頭蝠 · 日本岩手縣 （2013年採集、2020年發表）[1]

 
 
 
 

SL-ZXC21 88 % · 小菊頭蝠 · 中華人民共和國浙江舟山（2015年採集、2018年發表）[6]

 
 

SL-ZC45 88 % · 小菊頭蝠 · 中華人民共和國浙江舟山（2017年採集、2018年發表）[6]

 
 
 
 

Pangolin-CoV-GX 85.5 % · 馬來穿山甲 · 東南亞 （2017年採集、2020年發表）[7]

 
 
 

Pangolin-CoV-GD 90.1 % · 馬來穿山甲 · 東南亞 （2019年採集、2020年發表）[8]

 
 
 
 

RshSTT182 92.6 % · 扁顱菊頭蝠（英語：Rhinolophus shameli） · 柬埔寨上丁省 （2010年採集、2021年發表）[5]

 
 

RshSTT200 92.6 % · 扁顱菊頭蝠 · 柬埔寨上丁省 （2010年採集、2021年發表）[5]

 
 
 
 

RacCS203（英語：RacCS203） 91.5 % · 大角菊頭蝠（英語：Rhinolophus acuminatus） · 泰國差春騷府 （2020年採集、2021年發表）[4]

 
 

RmYN02 93.3 % · 馬來亞菊頭蝠 · 中華人民共和國雲南勐臘 （2019年採集、2020年發表）[9]

 
 
 
 

RaTG13 96.2 % · 中菊頭蝠 · 中華人民共和國雲南墨江 （2013年採集、2020年發表）[10]

 
 

BANAL-52 96.8 % · 馬來亞菊頭蝠 · 寮國永珍省 （2020年採集、2022年發表）[11]

 
 

SARS-CoV-2 100 %

 
 
 
 
 
 
 
 

SARS-CoV 79%

 
  蝙蝠病毒
  穿山甲病毒
  人類病毒

參考文獻[編輯]

  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 Murakami, Shin; Kitamura, Tomoya; Suzuki, Jin; Sato, Ryouta; Aoi, Toshiki; Fujii, Marina; Matsugo, Hiromichi; Kamiki, Haruhiko; Ishida, Hiroho; Takenaka-Uema, Akiko; Shimojima, Masayuki; Horimoto, Taisuke. Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan. Emerging Infectious Diseases. 2020, 26 (12): 3025–3029. ISSN 1080-6040. doi:10.3201/eid2612.203386. 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 Mallapaty, Smriti. Coronaviruses closely related to the pandemic virus discovered in Japan and Cambodia. Nature. 2020, 588 (7836): 15–16. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/d41586-020-03217-0. 
  3. ^ Zhengli Shi. Bi-weekly Commentary Letter. American Society of Microbiology. 2020-12-18 [2021-01-18]. （原始內容存檔於2022-05-08）. 
  4. ^ 4.0 4.1 Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, et al. Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. Nature Communications. February 2021, 12 (1): 972. PMC 7873279 可免費查閱. PMID 33563978. doi:10.1038/s41467-021-21240-1 可免費查閱. 
  5. ^ 5.0 5.1 5.2 Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, et al. A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia. bioRxiv: 2021.01.26.428212. 26 January 2021. doi:10.1101/2021.01.26.428212 （英語）. 
  6. ^ 6.0 6.1 Hu, Dan; Zhu, Changqiang; Ai, Lele; He, Ting; Wang, Yi; Ye, Fuqiang; Yang, Lu; Ding, Chenxi; Zhu, Xuhui; Lv, Ruicheng; Zhu, Jin; Hassan, Bachar; Feng, Youjun; Tan, Weilong; Wang, Changjun. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerging Microbes & Infections. 2018, 7 (1): 1–10. ISSN 2222-1751. doi:10.1038/s41426-018-0155-5. 
  7. ^ Lam, Tommy Tsan-Yuk; et al. Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. 2020, 583 (7815): 282–285. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/s41586-020-2169-0. 
  8. ^ Xiao, Kangpeng; Zhai, Junqiong; Feng, Yaoyu; Zhou, Niu; Zhang, Xu; Zou, Jie-Jian; Li, Na; Guo, Yaqiong; Li, Xiaobing; Shen, Xuejuan; Zhang, Zhipeng; Shu, Fanfan; Huang, Wanyi; Li, Yu; Zhang, Ziding; Chen, Rui-Ai; Wu, Ya-Jiang; Peng, Shi-Ming; Huang, Mian; Xie, Wei-Jun; Cai, Qin-Hui; Hou, Fang-Hui; Chen, Wu; Xiao, Lihua; Shen, Yongyi. Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins. Nature. 2020-07-09, 583 (7815): 286–289. doi:10.1038/s41586-020-2313-x. 
  9. ^ Zhou, Hong; Chen, Xing; Hu, Tao; Li, Juan; Song, Hao; Liu, Yanran; Wang, Peihan; Liu, Di; Yang, Jing; Holmes, Edward C.; Hughes, Alice C.; Bi, Yuhai; Shi, Weifeng. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Current Biology. 2020, 30 (11): 2196–2203.e3. ISSN 0960-9822. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. 
  10. ^ Zhou, Peng; Yang, Xing-Lou; Wang, Xian-Guang; Hu, Ben; Zhang, Lei; Zhang, Wei; Si, Hao-Rui; Zhu, Yan; et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020, 579 (7798): 270–273. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/s41586-020-2012-7. 
  11. ^ Temmam, Sarah; Vongphayloth, Khamsing; Baquero, Eduard; Munier, Sandie; Bonomi, Massimiliano; Regnault, Béatrice; Douangboubpha, Bounsavane; Karami, Yasaman; Chrétien, Delphine; Sanamxay, Daosavanh; Xayaphet, Vilakhan; Paphaphanh, Phetphoumin; Lacoste, Vincent; Somlor, Somphavanh; Lakeomany, Khaithong; Phommavanh, Nothasin; Pérot, Philippe; Dehan, Océane; Amara, Faustine; Donati, Flora; Bigot, Thomas; Nilges, Michael; Rey, Félix A.; van der Werf, Sylvie; Brey, Paul T.; Eloit, Marc. Bat coronaviruses related to SARS-CoV-2 and infectious for human cells. Nature. 16 February 2022. doi:10.1038/s41586-022-04532-4. 
 
甲型冠狀病毒屬
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人類病毒
變異株
需要關注的變異株（英語：SARS-CoV-2 variant of concern）（VOC）
Omicron（B.1.1.529）
子譜系：BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.10.1、BA.2.12、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.86、BA.3、BA.4、BA.5、BA.5.2.1、BF.7、BQ.1、BQ.1.1、CH.1.1、EG.5、EG.5.1、JN.1、XBB、XBB.1、XBB.1.5、XBB.1.9.2、XBB.1.16、XBF、XE（西班牙語：Variante XE del SARS-CoV-2）
原需要關注的變異株
Alpha（B.1.1.7）（帶E484K版本）（書面挪威語：Lineage B.1.1.7 with E484K） · Beta（B.1.351） · Gamma（P.1） · Delta（B.1.617.2）
原需要留意的變異株（阿拉伯語：متحور مثير للاهتمام）（VOI）
及監視下的變異株（阿拉伯語：متحور قيد المراقبة）（VUM）
Zeta（英語：SARS-CoV-2 Zeta variant）（P.2） · Theta（英語：SARS-CoV-2 Theta variant）（P.3） · Epsilon（英語：SARS-CoV-2 Epsilon variant）（B.1.427、B.1.429（書面挪威語：Lineage B.1.429）、CAL.20C） · Kappa（B.1.617.1） · Iota（英語：SARS-CoV-2 Iota variant）（B.1.526） · Eta（英語：SARS-CoV-2 Eta variant）（B.1.525） · Lambda（C.37） · Mu（B.1.621）
曾監視的變異株（FMV）
AV.1 · AT.1 · R.1（西班牙語：Variante R.1 del SARS-CoV-2） · B.1.466.2 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523（西班牙語：B.1.1.523） · B.1.619 · B.1.620（書面挪威語：Lineage B.1.620） · B.1.1.318（書面挪威語：Lineage B.1.1.318）/AZ.5 · C.1.2（他加祿語：SARS-CoV-2 Lineage C.1.2） · B.1.630 · B.1.640 · XD
其他變種
B.1.1.207（書面挪威語：Lineage B.1.1.207） · B.1.1.317 · B.1.616（書面挪威語：Den bretonske koronavarianten） · B.1.618（書面挪威語：Lineage B.1.618） · B.1.640.2（德語：B.1.640.2） · Deltacron（書面挪威語：«Deltacron»） · XF · Cluster 5（英語：Cluster 5）（已消亡）
錯義突變
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R（書面挪威語：Mutasjon L452R） · Y453F · S477G/N · E484Q（書面挪威語：Mutasjon E484Q） · E484K（書面挪威語：Mutasjon E484K） · F490S · N501Y（書面挪威語：Mutasjon N501Y） · N501S · D614G（書面挪威語：Mutasjon D614G） · Q677P/H · P681H（書面挪威語：Mutasjon P681H） · P681R（書面挪威語：Mutasjon P681R） · A701V（書面挪威語：Mutasjon A701B og mutasjon A701V）
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203（英語：RacCS203） · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
穿山甲冠狀病毒（GD · GX · Pangolin-CoV-2020）
其他
相關病毒
Ghana348相關 · HKU9 · BtKY18樣 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013
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