琉球鄉原名為沙馬基，依據史籍記載，元朝時代台灣與沖繩列島合稱琉球或嵧球、琉求。到了明朝改稱沖繩列島為大琉球，台灣為小琉球。到了明朝初為台員、大員。到了萬曆未年，荷蘭據台後設市，制若崇臺，海濱沙環水曲曰灣，又泊舟處概謂灣，於是稱為台灣。而人們就將原來的小琉球名稱轉到台灣南部的沙馬基。
地名之緣起與演變
宋史外國傳中：「琉球國，在泉州之東，有海島曰澎湖，煙火相望…旁有毗舍耶，國…。」毗舍耶，據日本地名辭典續編台灣之部，認為指小琉球嶼而言。巴達維亞日記載有：「公元一六二二年（明天啟二年）荷人派船由澎湖至台灣勘查途中，於七月廿八日曾至一小島。」據漢人通譯云：「該小島有四百餘兇悍啖人之土番，三年前（即萬曆四十七年、公元一六一九年）有漢人百餘人受害。」此一小島，據日人村上直次郎考證其地為琉球嶼。
荷人據台時期，據小琉球嶼為金獅島，可能以該島東北方海蝕平台上之毛菰石（花矸石）之形象，而稱之金島，或因紀念荷輪金獅子號船員曾被當地土番所殺害而命名。清代以後撰修之誌書上稱為 「小琉球山」、「小琉球社」、「小琉球」、「小琉球嶼」等，或俗稱「剖腹山嶼」。其琉球一稱，據世法錄：「世界萬濤，蜿蜒若虬浮水中，因名流虬，後轉謂琉球……」亦有認為係土番族地之譯音字者。多數國內學者認為隋書之「琉球國」、南宋趙汝適諸番志之「琉球國」，元史之「瑠球」、諸番志之「琉球」，係指今日台灣本島，非今日之小琉球。迨明以後，逐漸使用「台灣」以稱呼今日台灣全島後，「琉球」一詞，僅留用於今天的琉球鄉，因該地面積僅六．八零一八平方公里，故冠以 「小」字，稱為「小琉球」。
至於俗稱「剖腹山嶼」，上已述及，係因該嶼為一地壘台地，形如剖腹狀，故以名之。民國九年九月一日，日人大規模更改台灣舊地名，以往凡三個字之地名，悉改為二個字，「小琉球」改稱「琉球」，即始於此時，台灣光復後則改稱為「琉球鄉」。
荷蘭占據時期
漢人未入墾殖之先，此一島嶼原為平埔西拉雅族之一支所居，彼等於此營其原始之漁獵生活，茹毛飲血，日出而作，日入而息，生於斯，死於斯，不作奢求，聚族而居於此。
明天啟四年（公元一六二四年），荷人自澎湖敗退，入據台灣本島，以台南為中心，將台灣本島劃為北部（台南以北），南部（台南以南），卑南（台東），淡水等四區。其統治勢力南伸至琉球嶼，大約崇禎六年（公元一六三四年）左右，據台灣撫墾志載：「居於小琉球島之『番社』，其眾千餘，兇悍異常，常加害荷人及中國移民，曾數討未服。」崇禎九年（公元一六三七年），荷蘭第四任總督普杜曼又統率荷兵百餘，及新港社土番百餘，與若干放索社土著（今屏東縣林邊鄉）前往小琉球征剿。當時小琉球住有土著千餘人，前曾經殺害荷輪金獅子號船員，並常迫害漢人，荷人乃決意報仇。以後，荷人將土著圍堵於其所隱藏場所及洞窟內，而以飢餓、放火等方法迫其就範，殺戮其三百以上，俘虜男女老幼七百餘，以船隻五艘運往安平，壯男供勞役，女則配予新港社土著為妻此後多次派兵搜捕逃脫之土著，並將該島嶼租予漢人耕作（據台灣省通志同冑固有文化歷代治理篇），從此琉球嶼土著絕跡，亦即小琉球曾被稱砂瑪磯之緣起也。
明鄭復台時期
明永曆十五年(公元一六六一年)鄭成功驅荷蘭人領有台灣，於十二月 三日祀山川神祇，以陳永華為謀主，闢荒，設官制改台灣為「東都」，改赤嵌樓為「水天府」，以熱蘭遮城為「安平鎮」，以舊荷蘭政廳為王府，北路一帶置「天興縣」(當時之開化里，今之佳里地方)，南路一帶置「萬年縣」(今之鳳山地方)，並於澎湖設安撫司，以創設台灣設置郡縣之始。
更以周全斌總督承天府南北兩路，任官撫番，振飭綱紀，立法嚴明，愛民如子，因此，閩南沿海移民，聞風而至者甚多，時琉球嶼隸屬於萬年縣治之行政區域。
明永曆十六年(清康熙元年、公元一六六二年)成功薨，世子經繼立，仍懷復明之志，於永曆十八年(清康熙三年、公元一六六四年)改東都為「東寧」，改天興、萬年二縣為二州，設安撫司於南(鳳山地方)北(嘉義地方)二路及澎湖劃府治為四坊，坊置簽首，理民事，制酃為廿四里，里置鄉長，行鄉治之制(據沈光學平台灣序)，當時琉球隸屬治於萬年縣。
鄭氏三代於台灣之郡縣建制，無疑是中華文化之一環，台灣孤懸海外， 甫入版圖，立即行使郡縣制度，而消化延之，足以說明吾土吾民，血肉相承之關係。
鄭時代，實行兵屯，獎勵耕作，以限於人力，開闢區域，大玫仍以今之台南為中心，下淡水溪以南之地尚屬毒惡瘴地。其實除東港一隅及新園、萬丹之地，似有小集團漢人入墾之跡象，以及於瑯喬一帶置兵屯墾外，整個屏東平野盡為番社，三五成群，建立於山麓水涯之間，而位於東港西南海面之琉球嶼，或亦有漢人之足跡。
清領台時代
永曆卅二年（清康熙十七年、公元一六七八年），清軍大舉進攻台灣，鄭軍雖寡不敵眾，仍奮勇抗戰一載。嗣經卒於永曆卅五年（清康熙二十年、公元一六八一年）正月，其子克塽繼位，幼弱無能，不堪統率文武幕僚，人心漸趨離散，清軍復於永曆三十七年（清康熙二十二年、公元一六八三年）福建水師提督施琅（按施琅原為鄭成功初舉義之幹部，個性倔強，不肯輕易下人，而成功則命令必求貫徹，用法極嚴，不稍寬假，二人內心各存不滿，永曆五年（公元一六五一年）因施琅捕殺一改投成功之清兵，彼此破裂，施琅父及弟顯被誅，琅則走降清軍，成為日後鄭氏之勁敵大患。）率兵攻台，鄭軍不支，終於同年七月十九日向清軍投降，鄭氏父子三代領台二十三年（公元一六六一年～一六八三年）於是告終。
一六四四年清兵入關，中國內陸連年干戈，沿海各省居民因避內亂遷台者眾，散布於台島西部一帶，少數人住在琉球嶼。康熙六十年（一七二 一年）清延平復朱一貴事件後，將琉球嶼連同卑南覓、瑯喬等地列為禁地。清同治三年（公元一八六四年）清廷設台灣府，下置台灣、鳳山、 諸羅三縣。琉球嶼屬鳳山縣管轄，嶼上設六澳、六莊，是年眾水師汎官一員、目兵二十四員，屯守於白沙尾澳，是為小琉球駐軍之始。光緒十一年，台灣著手建省，巡撫劉銘傳奏准「量丈田畝、清查賦稅」以增加稅收並藉以建立土地制度之基礎。當中經編製保甲、清丈、改賦以及發給丈單，先後歷時六年之久，當清丈完成後，鳳山縣編制有土地「簡明總括圖冊」，其時琉球與今的新園鄉，合稱「琉球新園里」。
清朝公元一六八三年領有台灣，一八九五年割予日本，前後計二百十二 年。琉球嶼自公元一七二一年（康熙六十年）與卑南覓、瑯喬奉禁列為化外，禁絕漢民往來。迄一八七五年（光緒元年）行開山撫番政策時，前後凡一百五十四年，始於開放，正式納入鳳山縣治之下。
日人入據時代
永曆卅二年（清康熙十七年、公元一六七八年），清軍大舉進攻台灣，鄭軍雖寡不敵眾，仍奮勇抗戰一載。嗣經卒於永曆卅五年（清康熙二十年、公元一六八一年）正月，其子克塽繼位，幼弱無能，不堪統率文武幕僚，人心漸趨離散，清軍復於永曆三十七年（清康熙二十二年、公元一六八三年）福建水師提督施琅（按施琅原為鄭成功初舉義之幹部，個性倔強，不肯輕易下人，而成功則命令必求貫徹，用法極嚴，不稍寬假，二人內心各存不滿，永曆五年（公元一六五一年）因施琅捕殺一改投成功之清兵，彼此破裂，施琅父及弟顯被誅，琅則走降清軍，成為日後鄭氏之勁敵大患。）率兵攻台，鄭軍不支，終於同年七月十九日向清軍投降，鄭氏父子三代領台二十三年（公元一六六一年～一六八三年）於是告終。
一六四四年清兵入關，中國內陸連年干戈，沿海各省居民因避內亂遷台者眾，散布於台島西部一帶，少數人住在琉球嶼。康熙六十年（一七二 一年）清延平復朱一貴事件後，將琉球嶼連同卑南覓、瑯喬等地列為禁地。清同治三年（公元一八六四年）清廷設台灣府，下置台灣、鳳山、 諸羅三縣。琉球嶼屬鳳山縣管轄，嶼上設六澳、六莊，是年眾水師汎官一員、目兵二十四員，屯守於白沙尾澳，是為小琉球駐軍之始。光緒十一年，台灣著手建省，巡撫劉銘傳奏准「量丈田畝、清查賦稅」以增加稅收並藉以建立土地制度之基礎。當中經編製保甲、清丈、改賦以及發給丈單，先後歷時六年之久，當清丈完成後，鳳山縣編制有土地「簡明總括圖冊」，其時琉球與今的新園鄉，合稱「琉球新園里」。
清朝公元一六八三年領有台灣，一八九五年割予日本，前後計二百十二 年。琉球嶼自公元一七二一年（康熙六十年）與卑南覓、瑯喬奉禁列為化外，禁絕漢民往來。迄一八七五年（光緒元年）行開山撫番政策時，前後凡一百五十四年，始於開放，正式納入鳳山縣治之下。
中華民國時代
民國三十四年（日昭和二十年、公元一九四五年）八月，日本戰敗投降，十月廿五日台灣省慶祝光復，恢復省制，初設台灣省行政長官公署（首任省主席為陳儀），就原有州廳區域改設五大縣（原有之州）、三小縣（原有之廳）、九省轄市、三縣轄市。
民國三十五年一月，各縣市政府分別成立後，縣市（縣轄市）下之行政單位為區（原有的郡）、鎮、鄉（原街、庄）、里、村，並於同年六月增設山地鄉，於屏東市下設東、中、南、北四區，原屏東、潮州、東港、恆春四郡則分別改稱為區，仍因襲日據時期郡役所之轄區，除屏東市外均隸屬於高雄縣。
其實琉球遂廢庄役場而改稱琉球鄉，隸屬於高雄縣東港區署，同年一月廿五日，琉球鄉公所正式成立，由蘇法出任首任鄉長，繼而設置琉球鄉民代表會，許新登當選為第一屆主席，旋許君於十月三日轉任琉球鄉長，原鄉民代表主席缺由王海遞補之，並於同日就職。
民國三十九年政府鑒於一部份省轄市經濟貧弱，各縣人口不均以及各縣市面積過大等因素，不利於實施地方自治，乃於八月十六日，行政院第一百四十五次會議修正通過「台灣省各縣市行政區域調整方案」，於同年九月八日公布施行，據此次調整方案，將原八縣九省轄市劃分為十六縣、五省轄市，原各區區署裁撤，原高雄縣合屏東市，劃分為高雄、屏東二縣，琉球鄉從此歸屬屏東縣治。同年十一月一日許新登當選光復後首任民選鄉長。翌年琉球鄉衛生所相繼成立，鄉農會早在三十八年十一月成立，而琉球區漁會、琉球郵局兩單位亦分別於四十四年七月十五日及四十九年十月五日次第創設。五十二年三月政府為便利鄉民對外之電話特設琉球電信代辦處，六十七年九月廿一日復將代辦處改設為琉球電信局，繼於六十九年一月四日，將原手搖式電話換裝為自動撥號電話，至此，琉球之機關、團體大備。今人口約一萬二千人，全鄉行政區域有本福村、漁福村、中福村、大福村、天福村、南福村、上福村、杉福村等八村，民間習慣劃分為四個角落。