台北市環南市場之前進行大規模PCR篩檢且41人呈現陽性，顯示有群聚感染疫情，指揮中心在2日宣布與台北市府共同成立聯合前進指揮所，而醫福會執行長王必勝擔任前進指揮所指揮官。而北市長柯文哲被問及「中央接管北農」一事時則回應，「什麼叫接管？要怎麼接管？」「我跟你講，你下次去訪問王必勝，我講的話不算數，請他說出對北農有什麼貢獻？」
本土疫情爆發後，柯文哲在處理疫情表現不錯，民調支持度升高，但在發生好心肝事件、批發市場群聚感染，支持度也受到波及。
柯文哲接受節目《新聞不芹菜》專訪時指出，好心肝事件本來就是管理不良，我們都嚇一跳，疫苗怎麼這樣發的，還有就是到高點有破口一定掉下來，環南市場當時被罵到一蹋糊塗，事後去看，有辦法解決實在太厲害，教科書都沒有批發市場感染源，在環南市場、北農事件是又盲有聾，國家跨縣市疫調是有問題的，疫調不能用居住地縣市政府單獨負責。
對於衛福部長陳時中帶隊要接管北農、環南市場，外界認為是有政治動作，柯文哲說，「什麼叫接管？要怎麼接管？每個動作都是我們要執行，他來要要怎麼接管？你說那個每天開聯合指揮所，拜託，每一個會議紀錄是誰執行？還不是我們要去做，你來也是看一看、講一講話」。
節目主持人黃光芹追問，「您認為沒有實質效用？」柯文哲回應，「我跟你講，我講的話不算數，你去訪問王必勝，請他說出他對北農有哪些貢獻？讓他自己講」；至於環南部分，柯文哲認為，「還不是一樣！請他（王必勝）自己去講！每個口令都是我執行的，你要怎麼接管？你告訴我，中央要派人來嗎？」
柯文哲進一步說，「從市場處到環保局，反正每個局處都是我們同仁的，且北榮也要我們聯絡，我是亞東醫院院長朱樹勳的學生，我自己去拜託我的老師來救我，不然不到2天時間要做1.1萬份PCR，要怎麼做？」
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