鯨魚洞是澎湖柱狀玄武岩地形中最有趣、最具辨識度的地標型景點，這座小門嶼海岸旁的玄武岩海崖被海浪沖蝕成一個海蝕洞，遠遠望去就像一頭鯨魚棲息在海邊。鯨魚洞對面還有一排玄武岩柱，每根石柱形狀各異，不像大菓葉、池西岩瀑的玄武岩柱那般整齊。

鯨魚洞位於澎湖縣西嶼鄉北端的小門嶼上，黑色岩石間有一個海蝕形成的大岩洞，因形似鯨魚而得名!
鯨魚洞是小門嶼最特殊的海蝕地形，原為一玄武岩的海崖，經過海蝕作用將玄武岩不斷的侵蝕，最後貫穿成一個海蝕門，是地理學上相當特別地形，因此鯨魚洞成為民眾來到澎湖必遊的景點之一。

「鯨魚洞」是小門嶼最負盛名的景點，這裡原是一玄武岩的海崖，底部岩層與沈積岩之接觸面，經海浪侵蝕，掏空較軟的沈積岩後形成海蝕洞，再逐漸形成海蝕拱門。這種景觀在鯨魚洞前有良好的露頭，可觀察玄武岩熔岩流掩覆在沈積岩上之狀況，其間尚可發現熔岩噴發後覆蓋在植物而形成一層炭化物，局部地方尚保有生痕化石。值得參觀。