水生生境是指水的自然生境结构，典型的水生环境是指海洋、港湾、盐沼、湖泊、池塘、河川和泉水。水生生境对水生动植物的构成和演变十分重要。水生生境中生活着的水生生物，是自然地貌、水流和波浪、水体中沉积物、河岸带植被等因子间相互作用的结果，反映出宏观和微观的生境特征。宏观生境也叫群落生境，包括缓慢流水和快速流水的宏观生境。微观生境一般指基底类型、覆盖物、深度、水力的复杂性和流速。基底类型一般根据颗粒大小确定，主要包括淤泥和泥土、砂土、砂砾、细砾、中砾和巨砾。
在多数水生环境中占优势的光合营养生物是微生物。
水生生境中生活着的水生生物，是自然地貌、水流和波浪、水体中沉积物、河岸带植被等因子间相互作用的结果，反映出宏观和微观的生境特征。宏观生境也叫群落生境，包括缓慢流水和快速流水的宏观生境。宏观生境包括缓坡河段和陡坡河段，前者表现为浅滩，后者表现为急流、小瀑布、瀑布、跌水或陡坡急流，包括河道上下两水闸间的水段、有河床冲刷的河段、回水段、瀑布下的水潭、筑坝的或被废弃的河渠（Bain和stevenson,1999)。微观生境一般指基底类型、覆盖物、深度、水力的复杂性和流速。基底类型一般根据颗粒大小确定，主要包括淤泥和泥土、砂土、砂砾、细砾、中砾和巨砾。除了基底的颗粒大小，植根性也很重要，范围可从很低（当砂砾、细砾、中砾和巨砾表面被粒径小于2mm细砂覆盖度低于5%时）到非常高（当75%的砾石表面由细砂覆盖时），75%的细砂覆盖的河底通常是典型的城市水生生境情况。
其他重要的自然生境构成还包括：鱼类藏身和躲避处，由巨砾、大的树干残留物、水生植物、水流紊动和深度构成，能使鱼类躲避捕食者、急流和阳光；河流的堤岸和河岸，是水生态和陆地生态的过渡地带。自然条件良好的河流堤岸能为鱼类提供隐蔽和藏身之处。但自然营力和人类活动也都能影响河堤的植被覆盖、土壤抗蚀性、结构的稳定性和为鱼类遮蔽的功能；河道建筑物，阻碍鱼的生活周期（如，洄游）、干扰水流、输移沉积物和水的热力状态。干扰的程度取决于建筑物的高度；在城市地区，中型以下的建筑物(1～10m) 一般是拦蓄水的水坝(Bain和Stevenson，1999)；
多样的自然生境结构（Bain和Stevenson，1999）对生物多样性保护至关重要。复杂和多样化的水生生境能使鱼类、底栖生物群落很好地生长，为水生植物提供良好的生长条件，而简单的生境可降低生物群落的功能。河的堤岸取直、拓宽或平整河床，可导致河道在低流量季节时水深变浅，使水的含氧量降低，水温升高，缺少遮蔽和庇护所。被直线化河道束缚的水流，使得河流的物理状态完全相同，降低了生态系统的水文异质性（水流多样性）。 [1]
在多数水生环境中占优势的光合营养生物是微生物；在有氧区域蓝细菌和藻类占优势；在缺氧区域不产氧光合营养细菌占主导地位。飘浮或自由悬浮在水中的藻类称为浮游植物；而附着在水底或边缘上的藻类称为海底藻类。因为这些光合营养生物利用光能来产生有机物，所以它们被称为初级生产者。根据最后分析，水生生态系统的生物活动力依赖于光合营养生物初级生产的速率。
反过来，初级生产者的活动力也受资源和条件的影响。远海大洋的初级生产力非常低，而近海区域就相对高些，一些湖泊和泉水的初级生产力是最高的。远海大洋相对较低是因为浮游植物生长所需的无机营养浓度较低。另一方面近海区较为肥沃，是由于它从河川和其他污染水的倾入获得丰富的营养。重要经济作物的数量如鱼类或甲壳类的水生生物最终是由初级生产的速率决定的；湖泊和近海区域具有较高的初级生产量，因此是鱼类和甲壳类水生生物的丰富来源。 [2]
水体中微生物的数量和分布主要受到营养物水平、温度、光照、溶解氧、盐分等因素的影响。含有较多营养物或受生活污水、工业有机污水污染的水体有相应多量的细菌，如港湾(河流人海口)具有较高的营养水平，其水体中也有较高的微生物数。在水体中，特别是在低营养浓度水体中，微生物倾向于生长在固体的表面和颗粒物上，它们要比悬浮和随水流动的微生物能吸收利用更多的营养物，常常有附着器和吸盘，这有助于附着在各种表面上。微生物在较深水体(如湖泊)中具有垂直层次分布的特点。在光线充足好氧的沿岸带、湖水带分布着大量光合藻类和好氧微生物，如假单胞菌、噬纤维菌、柄细菌、生丝微菌等。深水带位于光补偿水平面以下，光线少、溶解氧低，可见紫色和绿色硫细菌及其他兼性厌氧菌。湖底区是厌氧的沉积物，分布着大量厌氧微生物，主要有脱硫弧菌、甲烷菌、芽胞杆菌、梭菌等。 [3]
水生生境调查应结合水质、水文等专题调查成果，有针对性地重点调查与水生生态密切相关的内容。
②河流空间物理形态：河流水系结构、连通性特点、河势河态、河床底质、河网密度、洲滩边坡等河流空间物理形态；河流干支流已建、在建及拟建工程主要工程特性、调度运行方式以及因此导致的阻隔影响、生境片段化状况等。
③水文情势：工程所在河段集水面积、流量、水量、年际变化及年内分配；洪水主要发生时段、频率；鱼类繁殖等典型时段洪峰流量、水位涨落过程、洪峰持续时长等；重要生境典型时段流量、水位、流速、流态及其变化过程资料。
④水体理化性质：水域水温、透明度、水色、pH值、电导率、溶解氧、碱度、硬度、磷酸盐、总磷、氨氮、硝酸盐氮、总氮、高锰酸钾指数、化学耗氧量、点源和非点源污染状况及其变化情况，特别是氮、磷等生源要素及与水生生物生长繁殖关系密切的水温等重要因子。 [4]
水生生境保护主要分为两个层次。第一个层次是从区域、流域或地方生物多样性保护出发．选择多样性丰富、生态脆弱区域或珍稀水生动物关键柄息地、洄游通道等建立各级、各类保护区，从政策法律层面严格禁止或限制人类活动。第二个层次是从局部生物资源的保护出发，保护局部水域水生生物重要繁衍、栖息生境或洄游通道等，主要采取强化管理措施，划定禁渔期、禁渔区，限制人类活动的干扰。如大坝水库建设后，流水生生境萎缩，对库尾、坝下流水河段以及支流、支流汇口区域的保护；引水式电站形成的减水河段的保护；鱼类重要产卵场、索饵场、越冬场等重要生境的保护等。一般而言，第一个层次的生境保护主要是国家、各级地方政府或流域根据生态环境保护的需要规划设立，水利水电工程建设过程中涉及的生境保护则主要是第二个层次的生境保护。 [5]
①自然性、特异性和关键性优先；②统筹兼顾，重点突出，合理布局；③形式多样，分类管理；④以重要生物类群生态需求为基本出发点，与相关规划相协调；⑤以天然生境保护为主，再自然化生境修复为辅。
①生境多样性高的特异性生境。如高坝大库形成后库尾、坝下、支流、支流汇口等流水生生境以及可能涉及的洲滩、河网、沼泽等湿地生境。
②鱼类等水生动物关键栖息地。如鱼类重要的产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等，甚至包括某些对特异性生境依赖程度高的物种完成整个生活史的水域。
③受损程度高的生境。如引水式电站形成的减水河段等。
生境保护的范围需要根据水生生物生物学特性、生态环境状况以及相关水资源开发利用规划综合考虑，坚持保护优先、合理开发的原则。
①干流生境
重点保护库尾以上和坝下流水生生境。库尾以上包括库尾肉眼可觉察流动的库区及以上流水河段，若为梯级开发，则包括上级坝址以下的整个流水江段；若以上无梯级开发，则需要保护多数鱼类具有完成整个生命史的最小栖息空间，保证库区和河流形成完整的河库生态系统。坝下包括坝址至下级水库库尾肉眼可觉察流动的库区间的流水江段，如坝下无梯级开发，又无重要生境时，主要保护坝址附近江段鱼类上溯集聚区域，保护江段应在2km以上；如下游有重要生境时，应尽可能包括这些重要生境。
②支流生境
工程影响区的所有支流流水河段及其汇口。对一些生境多样性高、开发程度低、水生生物资源较为丰富的支流，保护范围应包括整个支流水系；已经进行开发的支流，梯级以下流水河段，甚至是汇口附近微流水区域也具有较高的保护价值，应该纳入保护范围；对于一些落差大、水流湍急的支流或季节性的支沟，丰水期下游平缓河段，甚至河口区域也纳入保护范围。
③其他生境
引水式电站或取调水后的减水河段，只要泄放适当的生态流量，虽然水域面积萎缩，但仍保留河流流水生生境的基本特性，还可为流水性生物提供一定的繁衍栖息生境，具有重要的保护价值。其保护范围除整个减水河段外，还应包括电站尾水口以下的流水河段及下游重要生境，若下游为下级水库库区，还应包括下游水库库尾流水河段，并维护与水库库区的连通性。 [5]
⑴划定禁渔区、禁渔期
为保护某些重要的经济鱼类、虾蟹类或其他水生经济动物资源，将其产卵繁殖、幼鱼生长、索饵肥育和越冬洄游季节所划定的禁止或限制捕捞活动的水域，划为禁渔区。禁渔区是保护鱼类资源或其他水生经济动物正常产卵、繁殖、幼体成长、越冬及维持其生态平衡的重要措施之一。就生境保护的区域而言，所有的生境保护区域均为禁渔区。
通常在划定禁渔区的同时，相应规定一定的禁渔时间。如在某一水域范围内全年或某一段时间内禁止捕捞，或禁止捕捞某些种类（或某种规格的鱼类），或禁止使用某种渔具作业等。就生境保护区域而言，不同的生境类型，禁渔期的期限可以有差别。一般而言，干流坝下、库尾以上流水江段和减水河段以及有重要保护价值的支流应全年禁捕，一般的支流及其汇口在鱼类繁殖期禁捕。
⑵确定合适的利用方式和强度
①取缔酷性渔具渔法。电鱼、毒鱼、炸鱼以及迷魂阵等对鱼类资源有毁灭性的影响，予以严格取缔。
②确定合理的起捕规格。根据鱼类生长发育特性，保证鱼类性成熟后能够完成第一次繁殖活动，确定合适的起捕规格，据此规定捕捞网具的网目大小。
③控制混捕比例。在实际捕捞生产中，尽管规定了捕捞的网目大小，不可避免地混捕幼鱼及非允许捕捞种类，因此，需要确定混捕比例。我国海洋渔业允许混捕幼鱼的比例一般规定为总渔获量的20%以下，在内陆江河可以规定不得超过总渔获量的10%。
⑶限制生境保护区域的开发利用
