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《機動部隊》系列和 2003年《PTU》中的任達華和邵美琪所飾演的人物名稱雖然不同， 但兩劇中他們的警察編號卻是相同的。

劇中，有部份人物重複出現，但角色卻有所不同，例如︰ 彭敬慈於同袍中以警察的身份出現（邵美琪角色下屬），亦在同系列的絕路中出現，但這次是黑社會份子

警隊中，存在著無形的競爭；同袍間，究竟是敵還是友？森 ( 任達華飾演 ) 與 May ( 邵美琪飾演 ) 分別率領下屬迎接隊伍解散前最後一天突發任務──搜索潛入深山裡的劫押款車案悍匪。二人合作帶隊一年半以來，爭功鬥氣，團隊關係早已分裂僵化。May 一隊獲上司讚賞，並得到晉升，森一隊相反升職無望。

就在深山內找尋悍匪之時，兩組人員分頭搜索並引來匪徒襲擊，森與 May 為救同僚之事面臨嚴峻考驗，他們最後如何拋開成見，同心協力完成任務呢？

內容︰ 開頭約5分鐘，任達華所帶領的小隊與邵美琪所帶領的小隊相遇，任達華所帶領的小隊查核某一市民身份證時，向電台報告與開源道77號查核身份證。該處實為興業街1號，並與開源道55號交界。開源道77號實為賽馬會投注站。

隸屬西九龍機動部隊 B 連的森執行職務時，毆打了一名叫大麻成的積犯，投訴及內部調查科對此事進行內部調查。為了亡羊補牢，森等人必須早投訴及內部調查科一步找到大麻成。森那隊中還有一高級警員孖八（ 李國麟飾 ），負資產導致他欠債累累，更因此即時調到文職的崗位。孖八在警察機動部隊的最後一個更份，碰到大麻成與另一疑犯販毒。孖八雖成功拘捕疑犯， 但他深感自己被警隊出賣，他沒有到槍房交槍，意欲用自己的槍來為自己討回公道。這時，森得悉孖八的想法，他既要面對孖八，又要面對大麻成，處於兩難景況。就在這時，黃 Sir 發現大麻成行蹤，而孖八由迷惘變回清醒，持槍衝去營救黃 Sir，但黃 Sir 本能地回身向孖八舉槍。

龍蛇混雜的街道，警員的角色是要平衡黑社會的勢力，但遊戲規則還是要跟從黑社會所建立的一套。 盲輝（曾國祥飾演）是私煙集團的老大「煙剷樂」的手下。某夜，森等警察機動部隊執行禁私煙任務，不惜毆打盲輝要他出賣社團，更威脅要遣返盲輝的妓女女朋友文慧（吳麗飾演），最終盲輝屈服於森的威脅。社團因此事群起圍攻樂，樂憤而殺掉社團對頭人。警方因為未能找到兇手，下令全廟街一星期不能有任何黑社會活動。樂為了交代而攻擊盲輝及文慧，迫得他們無家可歸，最後更迫逼盲輝到警署「自首」承認是兇手……兩口子計劃逃亡，卻被樂手下火爆（彭敬慈飾演）發現，輪姦文慧及令盲輝殘廢。後來火爆因為在一次毒品交易中失敗而被警方通緝，樂為避免牽涉在內，而將火爆滅口。文慧為了生計而被逼重操故業，結果被警察機動部隊拘捕，盲輝對警員懷恨在心，森一隊人認定盲輝想殺警。一日，盲輝把所有 PTU引來，卻在所有PTU面前用刀把樂哥殺死！肥沙對盲輝開槍，後文慧突然把刀直插森腹腔。May道出警察是一份需要付出感情的人道工作。但從來沒有歹徒會以人道立場待他們。醫院中的森，還未脫離危險期…

四名內地悍匪來港作案，他們準備械劫黑幫集團。機動部隊森、May等乘車往執勤途中與打劫得手的悍匪相遇，PTU被轟。重案組探員肥棠嗜賭，欠下大筆債項，常被高利貸嗱渣雄（林家棟飾演）追數，尊嚴盡失。肥棠為躲避嗱渣雄，搬到公寓住。結識了鄰房的幾個人，這幾個人正是上次的悍匪，警匪之間互不知對方身份，而且還稱兄道弟起來。某次，悍匪們與PTU警員相遇，展開槍戰。肥棠大愕。這時他方知道，一直跟自己稱兄道弟的，是一班內地悍匪。眾人坦言準備再幹一票，他們誠邀肥棠一起合作。肥棠內心掙扎，想過不如棄明投暗。時PTU大車駛到，森、May等衝下車來。就在各悍匪準備開槍那剎，肥棠提起佩槍，從後向悍匪開槍…

江湖傳聞，沉寂多時，綽號黑摩利的印度裔黑幫頭目，又再重臨油尖旺。警察機動部隊警長森及May，他們除了要面對本地蠱惑仔，還有孔武有力的南亞裔犯罪份子。Velu 是一名中印混血兒，曾是黑摩利利旗下的猛將，因一次社團任務而入獄。Velu 刑滿出獄後，選擇離開社團。但弟弟Viki仍選擇社團的路，肥沙接到綫報指有人要對某位高級警務人員不利 ,肥沙推斷對方可能聘用南亞裔殺手，於是要求Velu幫忙，而因為Velu認識肥沙 當Velu遇到麻煩時，森亦處處維護Velu，雖然森成功拘捕第一批尼泊爾刀手，但肥沙得知中間人已安排另一批刀手，同時Velu發現弟弟 Viki 接下殺人的工作，目標竟是森和 May 的上司──陳忠泰警司。陳忠泰警司亦是當年將黑摩利逼回印度的警察。而森、May、劉灘、Velu等人，卻不由自主地涉入這次事件旋渦當中……