無法應訊的兇手，讓此案又成為軍令系統（郝柏村為首）與政戰系統（王昇為首）相互鬥爭的籌碼。軍令系統希望朝「匪諜滲透」方向查辦，政戰系統則希望朝「軍紀敗壞」方向查辦。但吳×元被押在軍令系統，以致自白書及偵訊筆錄中，吳×元都「坦承」有吸膠惡習、對政府不滿、長期收聽匪偽廣播；還多次收受不明人士的金錢，要求他於軍中伺機製造暴亂。另一方面，警總在吳×元的故鄉也積極查辦「匪諜」，吳×元軍中同袍與同村親族等「秘密證人」都指證歷歷，證物部分則有軍醫署傷亡證明、強力膠空罐、連絡不明人士的密碼暗語多頁與短波收音機等等。
軍法與警總等偵查單位，利用吳×元傷後無法言語、不識漢字的漏洞，編造了許多「匪諜」的內容，反正殺人就該償命，吳×元既已犯死罪，只是把動機及過程稍微修改一下，並不影響判決結果。這種誇大浮報「戰果」的手法，是當時情治單位賴以生存的主要方式。「二一三案」就在四月下旬，於金防部軍事法庭以「破獲匪諜滲透國軍連隊案」起訴，覆審時雖更動了殺人動機，卻維持原判的死刑，在五月一日執行。另外案發當時的安全士官被判三年六月徒刑，副連長移送軍法判刑後回營服役，連長與連輔、營長、營輔都記兩大過免職退役。
其實據倖存者回憶，該連連長本職學能優秀、但性情卻很「直爽」，操體能時常親自入列示範，多數士兵對他並無惡評。無奈官運太差，「老兵制」是一四六師的傳統，並非他一人所能改變。不過在這次慘案後，師部終於痛下決心，大力整頓各連隊，甚至將所有新兵集中在師部住宿，接受兩星期到一個月的新兵隊集訓。至於在連坐處分上，因為一四六師是輕裝師，沒旅長，金防部底下又沒「軍部」，所以要連坐勢必牽連到金防部司令官許歷農與政戰主任武士嵩。最後結果是雙方妥協，師長刁迎春與師主任董金村各一大過免職。（一大過退役後還有終身俸）至於司令官許歷農與主任武士嵩，在「恐怖平衡」下則都沒事。
「二一三」案到底死了多少人？一五八師憲兵連網友「兵哥」說：「事發當場掛了五人，送到醫院又掛了八人，後續就不得而知了。」后盤連的政戰士（以兵代士的黑牌）網友「正庭」說：「當年九位罹難官、士、兵的安全資料是我銷毀的。」拙作《塵年惘事》發表後，一四六師衛生排學長告訴我是「當場死七人，送花崗石醫院又死二人。」
當時的傷患與倖存者，後送台灣後都被「隔離保護」，軍方又不公布死亡人數，所以網友們各說各話。從前在金門時，一四六師不受教的兵被調來調去，連上有老兵總是自稱是「二一三案」目擊者，說得活靈活現。但拙作《塵年惘事》發表後，才有目擊者告訴我，傷者與倖存者在台灣被「隔離」調查後，都分發到其他島內野戰師退伍，根本沒回金門，更不可能在一四六師。何況他們怕被有關單位「滅口」，退伍了十年都不敢說；他說那些當年在一四六師裡，敢吹牛說自己是目擊者的老兵，其實都只是「瞎子不怕槍」而已。
另外死亡數字會不同，也有兩個可能。一是少尉預官的死亡日期，被延後了好幾星期，以便獨立成另一件「因公殉職」案，「二一三」的嚴重性才被淡化。因為當年若有軍官死亡就是大案，連坐下去會有更多將領要丟官。還有一名士兵因下體中彈被切除，幾天後在三總疑似「自行將空氣注入點滴導管」自殺。這兩個「人」的差距，很可能也是數字出現「誤差」的原因。
在二一三到五一這段調查期間（或者說是內鬥時間），一四六師緊急從各步兵營抽調一個班，湊成兩個排，在后盤國小校區紮營，成為新的五營二連，後來調到現在的尚義機場附近，血案發生的伏地堡則早已封閉。其他像是「匪諜」吳×元、勇敢的陳排長與不幸傷亡的一四六師同志們，也就逐漸淡忘在我們的記憶深處了。
