明末财政陷入困难的根本原因是什么？
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明朝 和 清朝 末年都一样面临同样的问题，其实历朝历代都存在这个问题！
简单点的理解，社会资源有限。
干活的能拿钱，越干越有劲。如果干活的拿不到钱，或者拿的很少，总有人会琢磨点事出来。
上一个王朝末年，往往伴随着动乱，动乱导致大量的人口死亡，各个行业百废待兴、荒地到处都是，只要你肯干，就能获得丰厚的回报。一个王朝初期都是蓬勃向上的，就是因为你干的越多，得到的越多。
资产是可以传给后代的，张三通过自己的努力，能拼、能打，所以挣了世袭的爵位，几千亩土地，它的爵位 和 土地 就可以子子孙孙传承下去，甚至越来越多。但是，他的子孙 能打吗？不能，能拼吗？不能，但是不妨碍他的子孙可以拥有万贯家资。
社会资源是有限的，基本上到了王朝的中期，就会被瓜分完毕。之后呢，社会就会陷入停滞，遇到天灾，有人活不下去了，就要闹，他们闹，谁来 镇压？
有钱的、有爵位的，地主、豪绅，基本上不会站出来，一是因为怕死~，二是绝大多数也没那个能耐，他们出钱雇佣 穷人，去镇压造反的穷人~
权贵阶层 雇佣的穷人，在战场上立了军功，那么，权贵阶层必须把手上的资源让出来一部分给这些穷人。这些为权贵阶层卖命的穷人会成为新的 权贵，但是，那些旧的权贵愿意让出来多少资源 雇佣 穷人呢？
总有一个临界点，到了某种程度，那些旧的权贵就不再愿意让渡资源出来。资源不够，就雇佣不到足够的穷人来 镇场子，那么结果就是造反的穷人 最终会造反成功，成为新的权贵阶层，重新瓜分社会的资源。
所以，造反也好，改革也好，其实都是资源重新分配的一个手段。
改革，是权贵阶层的主导的，往往失败告终。革命（俗称造反），是穷人阶层主导的。
其实是一回事，说白了，就是资源的重新分配。
所以嘛，不要纠结于到底明朝好，还是清朝好，还是民国好，这个社会就是这么回事，本质上是一伙人统治另一伙人。
要问我哪个朝代好，当然是 共产主义最好~
接着 @临溪主人 他佬的回答多说几句 ，@yslym的问题在于预先设定答案再找史料
我这里不想撕逼，水平有限，只是指出我看到的问题
如果多做一些了解就知道明代的蠲免在不同的时期含义是有区别的，特别是明末，蠲免不等于“免除”。洪武中央财政宽裕可以“凡岁灾，尽蠲二税，且贷以米，甚者赐米布若钞”[1]，到了成化弘治就是“始定全灾免七分，自九分灾以下递减。又止免存留，不及起运，后遂为永制云”[2]，嘉靖中期又改成“灾逋改折”，蠲免不是说不交，而是“改折”。
“十九年奏准，凤阳等府被灾秋田粮，以十分为率，减免三分。其余七分，除存留外，起运者，照江南折银则例，每石征银二钱五分，送太仓银库，另项收贮备边。以后事体相类者，俱照此例”——《大明会典》
所以说明末的蠲免不是说你不用交了，只是减三分，折七分。虽然会典里记载的石米折银是二钱五分（比较低），但是实际上折七钱、六钱、五钱的情况都有。
而且 @yslym 的答案中只强调了折银部分的数目，但折银只是明代国家财政的一角，光是拿南直隶来说本色来说就是一笔相当大的数目
《倪文贞集》奏疏第七卷中也记录了倪元璐巡查输京本色的情况：
“再计乎惟是京仓将罄根本宜忧仓臣鳃鳃止为此耳善处之策惟敕津抚漕帮到者不拘头次定额五十万石疾先运京度可足二月之食其馀听津抚如常截运关宁诸镇期于速达如此则京边俱济矣京米宜急惟不必一时尽至”
而在第八卷《覆奏并饷疏》中有更细节的数据：
每年入数
浙江额银一百五十万三千五百八十七两零
广东额银八十三万一百四十一两零
四川额银六十三万六千一百六十九两零
陜西额银七十三万四千八百七十两零
广西额银二十七万五千一百四十五两零
贵州额银四万二千六百五两零
河南五府是全免了
但是南直隶并没有说不交：
苏州府压根就没有蠲免：苏州府额银五十六万五千五百一十八两零
镇江、徽州、池州也没有蠲免
镇江府额银一十万六千七百四十两零
徽州府额银九万九千五百三十八两零
池州府额银五万三千八百八十六两零
庐州情况严重全免，淮安24万7免了七万八
安庆府额银八万七千四百七十二两零内，除蠲免银五万一千六百七十九两零外，实徵银三万五千七百九十三两零
广德州额银四万六千一百七十三两零
徐州额银六万四千七十五两零内除蠲免银三万六千一百二十四两零外实徵银二万七千九百五十两零
.......
并没有说南直隶就可以不用交了，南直隶始终是赋税来源的大头
有些人认为地方的存留有多肥，但很多时候并不是这样，东南地留存占比并不大
为什么户部没钱，钱少？
我认为最大的问题是大萌的财权分离到了一种诡异的程度
太仓的收入来源主要来自于：
1·铸钱收入六分之五归太仓六分之一归内府司钥库（内库）
2·万历十五年开始钞关收入一半折色归太仓、一半本色钱钞归内库
3·国家财政收入各项的本色归内库，折色及扣剩抗解银归太仓
4·从内承运库”借“折的银两作为急用[3]
内库和太仓的关系极大的割裂了明朝国家财政
以万历初的丝绢收储为例
依据《万历会计录》，太仓库收入中能够算得上是税粮收入的款项总计银额 57.2719 万两。 若按每石粮食折银 0.75 两，则太仓库税粮银收入相当于每年可得到大约 76 万石左右的粮食，这个数字仅相当于 2663.8 万石全国税粮总收入的 2.9%
这还不是全部，工部也有自己的节慎库、兵部太仆寺有自己的常盈库、礼部光禄寺也有自己的银库
工部的四司料银岁额就有50万两，而且是面向全国征收，最大的大头就是南直隶
所有人都在盘子里扒拉着，人人都有自己的小金库，但真正要大量用钱的时候就找一个冤大头顶包，嘉靖修宫殿的时候冤大头是工部。辽事一起，冤大头又成了户部，户部一缺钱就到处借，借不够就朝东南使劲
所以到了毕自严的时候已经不说什么把内、外府的财权分割明晰的话了：
”内府、外府均为一体，查内外供用库及司苑局商价、广盈库染价、京军布花，俱额支太仓者，而一切典礼之需，召商办进者不与焉，非区区扃为宫廷者，才为皇上用也。伏乞曲轸军兴计穷，万不获已，或从地方之便，以本色解内库，以轻赍改解太仓；或酌上用之需，以不足用者仍解内库，以足用者改解太仓；或分现征带征，以现征解内库，以带征改解太仓“[4]
最后还不是被煤山战神给驳回了.....
自从户部出过一次”疑似“的贪腐案以后，朱由检对户部的信任度急速下滑，后来直接绕开户部搞”兑支法“。
太仓银库两库兑支法的实施，代表了明代太仓银库财政再分配的性质越来越明显，其优点是增加兑给支银速度以及节省人力，缺点则是因兑支造成实际入库数字与账面数字不相符合，账目混乱。此外， 由于兑支法采用随收随支，缺乏弹性，户部调节能力大减，无法应付紧急的经费需求；加上各边长期缺 饷，军兵士气低落；兑支法只依挂号顺序，不考虑各地经费需求的急迫程度，公事公办的态度亦导致各地 民怨上升。此时崇祯帝加强定期奏报制度的驳查，无非是在热锅上添油，平白牺牲了那些认真从事的官员，也浇息了明朝末年最后一丝复兴的余火。[5]
明末的问题是系统性的，崇祯三年缺钱的煤山战神还组织了一次”京卿催粮“，让户部拟调四、五品的官员去各地催粮，两个月就刮了新饷1897400两、京边年例银812200两左右。[6]
不是开不开源的问题，是民穷财竭的问题
明末就是当国家走下坡路的时候上到庙堂下到江湖一大帮救国心切的仁人志士的踩下了油门.....
带着结论去找史料肯定会越看越离谱