在日本做科研工作是怎样的体验？
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首先强调，日本的科研确实还是世界顶尖的，可以参考Nature发表的亚太排名，亚洲第一是中科院（52个研究所），后面的2-4名分别是东京大学，RIKEN（6个研究所），京都大学（数据截至2014-12-19 Institution rankings），累计5年排名（2008-2012）top6有5个来自日本（Institution rankings）印象中曾经有一次是2-5位分别是东大，京大，RIKEN和阪大，再加上东北大学前十名有一半来自日本。最近10年几乎一年一个诺贝尔奖，而且绝大部分人的成果、教育都是在本土完成。如此小的一个国家，有如此的成就是不可思议的。
为什么来的人少，我想语言和文化是一个很重要的原因，因为众所周知的矛盾，大家可能对日本有一些偏见（比如变态，奇葩之类的），对日本的大学有一些看法（比如很push），大家基本都是会英语不会日语，但是日本人英语不好，在科研和生活上会比欧美麻烦多很多。另外一个原因，用我智利同学的话来讲，中国人对美国有一种近乎狂热的执念，其实欧洲也有很多非常低调的牛逼的研究所和大学，比如他之前所在的卡洛琳斯卡医学院，但是很多中国人都不太了解，觉得不如美国的学校好。
以下来回答你的问题：
1.日语需要达到什么水平才可以去日本比较好的大学或研究所工作（postdoc和faculty）?
确实绝大部分日本的大学或者研究所都是说日语的，讲英语的很少。像我所在的研究所这样，2位教授都毕业于美国，所里国际学生比例大，英语讲得好的不多。我想日语至少要N2级别才可以吧，我之前住宿舍的时候，隔壁是一个USTC的学生，他的日语就是N2级别，但是感觉他交流起来就好很多，硕士阶段可以上学校的免费日语班，这样能提高不少。
2.在日本的科研工作（比如体制、科研氛围）整体和欧美、中国比起来有何异同？有何优缺点？
日本的科研我觉得最大的特点是传承，一个方向会研究很多年，当然期间也会做一些调整，但是大方向是一致的。很多实验室的教授退下去之后，接任的教授就是自己的嫡系子弟或者在这方面很知名的学者。
另一个很大的特点是认真细致，我只拿我的亲身经历来说明，尽量不做overreach conclusion，参考院校是清华深圳研究生院环境系，京大环境系和我们研究所，英国Center for Ecology and Hydrology (CEH)还有香港科大化工系。之前我在HKUST化工系读书的时候，做实验用仪器，学校会集体培训安全知识，也要考试，合格才能用。但是具体每个仪器的使用守则，只能是师兄师姐来教。在京大环境系，会有专人教你使用，因为大部分仪器都是公用的。在我们研究所，因为规模小，使用更加严格。每个仪器都有1个负责的教授还有2个协管的学生，在使用之前要先问学生怎么使用，哪些地方需要注意。问好了再去找教授，教授会问你问题，如果打不上来就要再去问，直到可以回答上所有问题为止。
我们使用一个称量的天平都要回答一张10个问题的问卷。使用MilliQ纯水机都有7条规则：用之前要先看显示屏上的数值，conductivity 18.2MΩ*cm@25℃；TOC 5ppb；用之前才可以接水平时不要接；接的时候要用特定的瓶子接不能随便找瓶子接；接的时候要斜着接，让水流到壁上，这样不产生气泡，防止空气中的污染物进到水中；绝对不可以碰接水的头；如果用量大要注意看屏幕上的水量提示。申请通风橱的时候问我为什么要用通风橱，具体哪些污染物会对人体造成伤害，什么性状，怎么造成伤害，造成什么伤害。用个紫外分光光度计，一直问到拉格朗日常数怎么推导。
上面提到的几个研究所和大学在这方面都没有这么严格。在其他方面，我们做报告的时候展示PPT，带我的mentor就是典型的日本人，他会深扣每一个字用的合不合理，每页的排版和字数，重要内容的摆放位置，时间和内容的掌握，字体的大小……甚至最后结束语都要改，一定要用Thanks/Thank you for your kind attention, 不能用Thank you,后者太没有礼貌。我常常去深圳实习，那边的学生做报告没有这么细致，HKUST也是如此。CEH这点做得很好，毕竟是母语，表达更到位。
我看中国一些研究所还有顶尖大学的某些院系已经赶上来了，越来越多的老师从外国回来，水平什么的也越来越跟外国接轨了。2000年那阵能有CNS就是院士了，2005年那阵有一个CNS全国疯抢，2010搞生物医学口的都好几篇CNS……现在清北华南理工的本科生硕士生都有发CNS的了。
选题方面：我觉得香港更多是从发文章的角度来选题，终极目标是发文章。而我导师每次都会问你做这个的目的是什么，有什么意义，而文章我们研究所发的不多，但在专利、工程方面我们有很多成果，一样可以成为日本领先（陈光浩教授语）。不是说发文章不好，理科发文章可以理解，工科还一味的发文章就有点不合适了，毕竟要用于实践，而且文章不是科研的唯一评价标准。CEH那边是研究所，专心科研，可以从事长期项目，不像大学一般博士毕业，就换题了。他们选了很多当今世界上的热点问题，列好优先顺序，大家共同合作，这点太棒了。
工作时间：清华那边就有点国内的特点了，每天必须几点到，一天多少小时，我亲眼看见有的硕士生就在那边打游戏一打一上午，很多硕士晚6点就基本回去了。英国那边都是早9晚6，最晚8点，想多待会都不行，人家要关门下班。我们研究所的学生和博后都很努力，虽然没人管你什么时候来，但是基本周一到周日，早9点到晚12点都有人的。教授也是很拼的，我刚来的时候，他经常凌晨2点发个邮件，早晨5点再发一个。今年一个博士毕业的学生，预答辩被10个人从下午5点问到晚上11点，中途就休息了10分钟。HKUST的压力跟日本差不多，我们一样都是这个工作时间，只不过周末我们去的少。累不累看老师也看方向，理科普遍累，一直在日本读书的老师实验室比欧美系的老师手下累。
科研体制和氛围：这方面不好说，但是日本教授的权利很大，厉害的教授经费超级多。同样一个系的教授，我们就可以有很多机会去开会去实习挣奖学金，其他的研究室就没那么多机会，有的压根就不知道这些事情。而且因为我们所的头都是美国毕业的，可能总体更欧美范一点。清华深研院和HKUST毕竟是大学，也要兼顾教育。但是我还是觉得日本的教授除了社会地位高，薪水和压力挺大的。我教授大概一年1200万日元不到，听同学讲，在商社或者国家公务员工作，如果干得好，在30岁的时候也能有这么多了。而且有位置才会招聘，没位置就一直当博后，很多能人等不及了最后跑美国当教授了。香港虽然paper driven但是钱多啊。HKUST的助理教授每月6、7万港币，副教授一个月就9万港币了，正教授14万港币月薪(应该是税前)，而且在HKUST当老师可以免费住一个海景房，我教授孤身一人在京都某巨破的单人公寓租房住，他老婆孩子在东京那边，天天坐地铁上班好可怜。CEH我真是爱死了，太scientific了。每天上午和下午各有一次10分钟休息时间，大家在一起喝茶交流成果，相互提高，而不是各自为战，这样很好。厕所装一个吹风机都要写明为什么，喝个茶还1/3凉水+2/3热水，说这样75℃最好喝。不过CEH那边研究所不收博士，国家大量拨款专心科研的，实力更强，成果出的更多。
优缺点：日本做科研很扎实，遇见对的人能学到真东西，但是很多地方文章发的少。而且如果日语不行的话，享受到的资源或者学到的东西不如会日语的多。说实话来日本的学生总体水平不太高，拿奖还是很容易的，尤其是文部省的奖学金14.7万日元每月还免学费，那个跟欧美的fellowship差不多了，能养活2个人了。科大奖学金我那阵是13600港币每月，学费3000，宿舍费3100，每月扣完也没剩多少。英国那边毕竟是现代科学的发源地，训练更系统也很自由，但是不好拿钱。
最后我自黑一下HKUST，吹连续三年亚洲第一，但是包括诺贝尔奖、沃尔夫奖、拉斯克奖、狄拉克奖、阿贝尔奖、菲尔兹奖、图灵奖……一个得奖者都没有，香港+新加坡所有大学也是一个都没有（高锟还能算吗），说明理科基础还是有点薄弱的，至少创新不够；工科没有多少实践和企业，就是发文章灌水。毕业了当老师也难，科大所有老师里面，博士毕业于香港本土的不超过5个。用我化学系一个师兄的话说，香港读博就是麦当劳KFC，速度快没营养。
做科研最需要的是兴趣，之前的经历不是很重要，关键在读书期间要多学习多积累多思考。我来日本最大的感悟是不管你之前怎么样，只要认真努力，踏实做科研，都可以有一番成果。看看这几年拿诺奖的日本人：田中耕一，下村修，山中伸弥，中村修二，几乎个个都是屌丝逆袭的励志大戏。我决定从事科研除了兴趣和喜欢自由之外，还有一个原因是很多事情没有对错，换个角度都可能对。但是科研对就是对错就是错，有凭有据，大家也很理性不会吵得老死不相往来的。博士看学校很外行，还是看导师更好点。同一个专业，每年进世界名校读博士的估计有上千人吧；本专业在名校任教的老师，一共可能也就千人左右；但是真正可以称为顶尖学者的，全世界可能也就百人左右，所以相比之下，大牛教授应该才是更稀缺的资源。举个不恰当的例子，从大牛实验室毕业，就是学术界的学二代啊。同样牛津剑桥，东大京大，MIT，UC Berkeley毕业的，有牛逼到拿诺贝尔奖的，也有水到连国内好大学教职都找不到的，这样的例子我知道不少。清华和浙大的土博也有去Stanford、JHU、Penn state这种好学校当教授的。即便是同一个实验室的，毕业之后差异还很大，这里面个人的因素更重要，有兴趣的人会主动的去学很多东西，而不是被动的靠老师催。
在日本做科研的体验应该是因人而异的。
因为日本有各种各样的学校，各种各样的研究生，各种各样的导师，最重要的是，我们自己是与众不同的。
【今天晚上刚倾听了一个同学的哭诉，她的导师对她剥削压迫的血泪史。。再黑一记，她是生物系的。。】
还是简单回答描述里的问题：
0）
为什么中国去日本找科研工作的人似乎不那么多？有没有在那里做科研工作的人能讲一下那里的情况？
做postdoc倒是比较多。因为日本学术界的薪水相当高，而且postdoc的位置很多，竞争不大。
但是拿到教职的很少。因为，真的很难。当上助理教授难，升到教授则更难。
很难的原因大概有：
日本教授薪水高，社会地位超高。会吸引很多人进学术界。日本教育崇拜的现象好像比较明显。
日本学术界有门阀之见，像京大出身的基本上不太可能在东大当上教授。东大选教授的话，本科或者phd至少有一个得是在东大读的。另一个也至少得在美帝TOP10这种级别的学校读。要不然会被瞧不起的。潜规则你懂的。所以能达标的人确实不多。
和欧美一些学校类似，教授数目严格限定，正常情况下，退休一个，晋升一个。所以，位置太少。
1）日语或者英语有一个能达到流利的程度，能和研究室的人畅通交流就可以了。
在东大不会日语是完全没有问题的。当然会日语的话可以享受到更多的资源。
2）
我想最大的不同应该是研究室制度了。这似乎是日本特有一种形式。
从master开始，所有人都是某个研究室的一员。这里没有欧美那种授课master的概念。
所有的学生都必须严格地按照研究室制度做科研。科研至上，上课反而是次要的事。
还有就是日本没有美帝那种残酷的tenure制度。年轻的教授们比较有安全感，只要当上助理教授就可以安心做研究了。所以在日本做学术风险很小，你可以一直当一个助理教授当到退休，干的好的话也能顺利晋升正教授。不会像美帝一样，助理教授会有很高比例失业，沦落到晚年博后的地步。
3)好像还没有还没有遇到让我觉得难以解决的困难。
我倒是挺期待新的挑战。一帆风顺的人生没什么意思，只说明我没有胆量挑战自己的极限而已。
中国的理工大学缺少什么？ - 知乎用户的回答 这个答案里提到的很多东西也是在日本的经历。
有空再补充。
以上。