2007年1月，內政部移民署正式掛牌成立，吳振吉出任首任署長，2008年他提前退休，從此淡出警界和政壇。
吳振吉是從基層員警做起，後來考取中央警官學校（現警大）專修班43期，與現任移民署長邱豐光為同期同學，由於他行事認真負責，因此極獲長官賞識。
吳振吉擔任城中分局（現中正一分局）警備隊長期間，因處理總統府及立法院周邊抗爭活動時，常能將衝突化解於無形，深獲黨外人士及長官肯定，他在陳水扁擔任台北市長時獲得重用，但也因此被貼上扁家軍的標籤。
陳水扁2000年當選總統後，吳振吉就被借調到官邸擔任內衛室主任，之後升任基隆市警察局長、航空警察局長、入出境管理局長，最後更成為移民署的首任署長，並在任內提前退休。
與吳振吉共事過的警界人士認為，吳能平步青雲，並非只因陳水扁提拔，更是因他在每個工作崗位上都交出漂亮成績，且行事作風穩健、踏實，才是關鍵。
