恽毓鼎和清代许多文人一样，恽毓鼎几十年如一日地写着日记。他去世后，日记由家人保存，其中几册不慎遗失。1960年，恽毓鼎之子恽宝惠将保存的36册日记全部“归之北大图书馆”。一些史学家曾到北大图书馆查阅并引用过这些日记资料，但由于整部日记篇幅浩繁，整理难度大，一直未能刊行面世。史晓风先生穷十年之力，完成了整理点校工作，使这部珍贵史料能为更多的研究者参考利用。
由于工作的关系，恽毓鼎有机会近距离地观察慈禧、光绪及朝廷大臣的言行；出于职业习惯，他详实地在日记中记录了所观察到的种种细节，为后人再现了当时的场景。例行的新年庆典，外国使臣觐见，慈禧、光绪的丧礼，宣统登基，他都不避琐细，一一记录仪式程序、官员服色，以及有关人员的言行举止（如记几位二品官员在丧礼上“大声谈论，且纵笑不止”）。日记中对末代皇帝溥仪登基情景的记载，经常被史学家引用：“上啼哭索母，声甚厉。……监国抱上步行，自殿后门入，升宝座，上啼哭不肯就座。监国一足立脚踏上，一腿跪宝座上，扶上立于座上。四服事太监在旁慰劝，上哭不止，言欲回家，不愿在此。”又如记溥仪入学的情景：“十八日，晴。皇上入学，悬龙旗志庆。……陆师傅书此十字，逐字授认。上只能识四字，往复理熟，乃退。伊教习（授清文者称教习，不称师傅）先授清文，上能记两字母。”本书收为附录的《崇陵传信录》，是记述清末史事的一部信史，在史学界影响很大。
恽毓鼎处于清王朝走向衰亡的时期，他在日记中，记录了自己对国势日衰、朝政腐败的忧虑和愤慨，也提出了不少救敝图强的见解和主张。如光绪二十一年八月的日记中，他对官员所上八项变革办法条陈作了具体分析，认为有的可以斟酌而行，有的宜就今法变通，反对简单模仿西洋之法。他对江淮分省、经营新疆等重大问题上的见解，今天读来仍有一定的借鉴参考价值。日记所体现的晚清知识分子的思想状况，具有一定的代表性。恽毓鼎很有济世救民的抱负，一度想到地方上施展才干，平时注意物色人才，乐于接待四方之士，日记中详细记载所见之人的姓名、籍贯、特长等，是研究清末人物的一份宝贵资料。
恽毓鼎还对清朝“文字狱”毁劫和篡改历史的后果进行无情揭露，他对前朝皇帝封杀民族英雄袁可立和岳飞痛心疾首感叹道：“董思白《岳庙碑》、《袁节寰墓碑》，犯时忌，祸几不测……。雍、乾间文字之祸，可见一斑。” [1]
恽毓鼎在仕途上并不得志，一直是个没有多少权势的普通京官。不过，工作在宫廷、生活在市井，却让他的多方面爱好得以充分发展，其日记因而具有更广阔的视野、更丰富的内容。他是一位史学家，尤其精熟于《三国志》，日记中记录了许多治史心得；他是一位医生，对自己的医术颇为自负，并于1910年创办“医学研究会”，日记中经常有他为上至权贵下至平民诊病的记载；他是一位古籍收藏家，精于版本目录学；他是一位书法家，颇得东坡书法神髓；他是一位诗人，日记中不乏诗酒唱和的记载，所录诗作当行本色；他还是一位京剧、昆曲票友，与当时名伶多有接触。此外，日记中还记载了不少当时的习俗，如与科举有关的“吃梦”，与娱乐有关的“召秦”、“召鹿”，以及国丧三日内的“抢婚”，等等，甚至还记载了“星异”（不明飞行物）。日记内容丰富，文笔流畅，不仅可供专业工作者借鉴取资，对普通读者来说，也是一部可以增长见识的饶有趣味的闲书。
应国家清史编纂委员会的要求，《恽毓鼎澄斋日记》还被列入该会《文献丛刊》。国家清史编纂委员会主任、著名清史学家戴逸先生亲撰序言，并对该书的整理出版给予高度评价，认为“这部《日记》的出版无疑将对中国近代史研究起到积极的推动作用，是值得推荐的一部好书”。
恽毓鼎留下了一部近一百二十万字的日记，自光绪朝至民国初期，中枢的变乱、时代的风起云动，乃至个人心路历程，无不纤毫毕现。这位清朝前国史馆总纂，在人生的最后阶段里，不仅见证了大清末日，更见证了赵烈文所言的“方州无主，人自为政”。
恽毓鼎原本是国史馆总纂，一个闲散京官，退职后更是自称宦情素淡，“与世无争，与人无竞”。但自从革命党在武昌举事成功，恽毓鼎眼见大清覆亡在即，就再也无法安心“读书写字，莳竹栽花”了。此后连续十数天，他在日记中密集记录时局动态，焦虑忧愤溢于笔墨间，到10月20日，更是见人就痛骂政府腐败无能，近乎发狂。
10月30日，清廷终于下诏开放党禁、释放政治犯，还规定皇室亲贵不得任内阁大臣。恽毓鼎顿觉南北和议可成、大清存续有望，于是罕见地心情大好，这天还特意在日记中提到“西园海棠花开六七朵，鲜艳可爱”。
到底是晚了。之后清政府困顿依旧，显贵们束手无策，只好下诏召开国会以征求意见。又过了十天，清朝众亲贵开始竞相提取现银，存入外国银行。
此时，恽毓鼎却在为挽救大清四处奔走呼告、出谋划策。
12月28日，恽毓鼎又和同乡冯国璋等三十余人聚会商议，他在会上大声疾呼，必须动用武力平乱，同时必须解散“专以鼓噪惑乱为事”的咨议局、查封各报馆以安定人心。但在当天日记中，恽毓鼎写道“以大势观之，满洲亡矣。”
终于，2月12日这天早上，隆裕太后在紫禁城养心殿里，将加盖了御玺的《退位诏书》，交予了赵秉钧和陆军大臣王士珍等人。尔后，赵秉钧等人向嚎啕大哭的隆裕太后三鞠躬，默默转身退出养心殿：统治中国267年的大清王朝，就此结束。
当天下午，赵秉钧将“懿旨已宣布辞位”的消息，告知了来访的恽毓鼎。
尽管早有预感，但在得知确凿消息的那一刻，恽毓鼎还是“悲愤交并”，痛哭“国竟亡矣”。
当天深夜，他在日记中用前所未有的篇幅，反思大清的灭亡。
隆裕太后说的是事实。当时，年纪最长的头号辅政大臣庆亲王奕劻就以贪腐、卖官鬻爵闻名于世，他被后人称为“晚清首富”，仅在汇丰银行就有二百多万两白银存款，连《纽约时报》等著名外媒，也报道说奕劻家就是中国官场“集市”，门房都设“收费站”，被国人称之为“老庆记公司”。
恽毓鼎本人对清朝中枢腐败也多有指责。1908年，他在日记中写道：“时事日非，而京朝官车马衣服，酒食征逐，日繁日侈。”辞官前夕，他又愤怒指斥当时官场“非攀裙带则无以任官”“京官无不嗜财”等陋习种种。
类似的忧虑，在恽毓鼎辞官赋闲之后、直到大清灭亡前夜仍时有流露：“无一事非因贿赂而成，无一官非因贿赂而进，人心安得不去，大乱安得不兴？”
其实，对于腐败催生晚清革命，梁启超说得更直白：清政府数以万计大小官僚“他无所事，而惟以制造革命党为事。政治腐败者，实制造革命党之主品也。”（梁启超：《现政府与革命党》）。
但这些只是晚清宣统政改死局的表象。
比如奕劻，此前在甲午战争、戊戌政变、庚子事变中，都表现出了不亚于恭亲王奕䜣的开明姿态和政治远见，因此在宣统政改中仍被国人寄予厚望。可是，这样一位皇族核心，却在宣统政改中毫不掩饰地高调贪腐。更荒唐的是，奕劻如此做派却“圣眷不衰”，自己得了“铁帽子”之外，妻妾中还封了6位“福晋”，超出了清制亲王只能封5位福晋的限额。
后世有史家认为，奕劻只是刻意在展示自己的胸无大志以自保。如是，一场本以建立高效廉洁政府为目的的改革，却不得不倚重一位巨贪；而巨贪本人只是以自污求自保，这种背后的体制性荒谬，正是宣统政改与生俱来、难以自清的胎毒。
他所指的祸根，是慈禧太后在义和团举事、八国联军打进北京城之后的懈怠。由于职业原因，恽毓鼎有机会近距离地观察慈禧、光绪及朝廷大臣的言行。他觉得，慈禧太后是鉴于义和团之乱祸起宫闱，此后便“遇事一意脱卸，唯求及身幸免”，再也没有长远的战略构想。
溥仪祖父老醇亲王奕譞是咸丰帝胞弟，当年在协助慈禧清除肃顺一党立下大功，后又协助慈禧成功罢黜恭亲王奕，是为“以醇代恭”。深得慈禧信任。溥仪祖母叶赫那拉氏，则是慈禧太后之妹；溥仪母亲瓜尔佳氏，又是慈禧宠臣荣禄的女儿，也是慈禧养女。
慈禧关注的是个人权力，载沣则是庸才，以至于清政府“愈来愈无力去构思或立志去进行重大的社会变革，更不用说去实践这样的变革了。”（苏全有《论清末清军的国家失控》）
最初载沣接到立溥仪为储、而自己封摄政王的懿旨时，曾极力推托，“叩辞至再”。这并非虚言，载沣一家有真实的恐惧：哥哥载湉（即光绪）被慈禧选中当皇帝后的命运，就在眼前。
确定后仅仅一天，慈禧在午饭后忽然长时间昏迷，醒来后自知不起，这才宣布“此后国政即完全交付监国摄政王”。
作为传统史官，恽毓鼎觉得，没有比“父监子国，君为虚位”更违背纲常名分的体制了。载沣的政治才干也的确有限，一上台就罢免了汉人实力派袁世凯，兄弟三人代表皇族核心大抓军权，导致满洲皇族与汉臣、与地方督抚矛盾激化。
1909年，张之洞提醒载沣“如不顾舆情，恐怕要激起民变。”载沣却说：“有兵在，还怕什么民变。”张愤然：“国家养兵，岂是用来打老百姓的？”两人不欢而散。张之洞一回头咳了口血，长叹道：“不意闻亡国之言！”第二天就告病不再上朝了。一个月后张之洞去世，临终前长叹“国运尽矣”。（《张文襄公年谱》，胡钧主编，台湾文海出版社）
载沣之外，恽毓鼎又历数主政诸满清贵戚的不堪，奕劻老迈贪婪，载泽愚昧刚愎，载洵载涛幼稚好惹是非……而这些人都“借中央集权之名，为网利营私之计”……恽毓鼎最后总结称，清朝“其绝必有处”，并且，即便没有革命党，也会有其他人来为大清掘墓。 [2]
2003年电视剧《走向共和》董丹军饰演恽毓鼎
- 作者名称 恽毓鼎作品时间2007-6
- 《乐斋漫笔》是 2007年6月由中华书局出版的图书。作者是 岑春煊，恽毓鼎。本书主要记述了八国联军侵华战争发生之后，慈禧太后、光绪帝等人匆忙狼狈西逃的状况。
- 作者名称 恽毓鼎作品时间1999-02
- 《清光绪帝外传（外八种）》是1999年北京古籍出版社出版的图书，主要讲述清朝光绪帝时期民间流传的皇家历史，作者是清代作家恽毓鼎。
- 作者名称 恽毓鼎作品时间2004-4-1
- 《恽毓鼎澄斋日记》是2004年浙江古籍出版社出版的图书，作者是恽毓鼎。
