東京奧運曲終人散，各國代表團陸續返國，留下東道主獨自善後。下屆巴黎奧運組委主席埃斯坦古（Tony Estanguet）盛讚東奧組委的付出無出其右，事實上，這場盛典的代價確實沉重。日本政府不只花費逾千億金錢，其間對公共衛生和民心的損害，或是首相菅義偉項上的「奧林匹克勳章」亦難以彌補。
昨晚東奧前晚閉幕禮前，身處東京的國際奧委會（IOC）主席巴赫與70多名委員召開視像會議；菅義偉獲頒授奧林匹克金勳章，是繼安倍晉三之後，歷來第2個獲此殊榮的日揆。東京都知事小池百合子與東奧組委主席橋本聖子同獲金勳章，組委秘書長武藤敏郎則獲銀勳章，有別於往屆只向組委主席授勳的做法。巴赫形容東奧「安全可靠」，正主導巴黎奧運籌備工作的埃斯坦古亦稱，「大概沒有別的城市會為舉辦奧運付出這麼多」。
盛會現場和樂融融，「奧運泡泡」外的日本儼如另一個世界。奧運期間東京都疫情惡化，單日新增病例屢創新高，閉幕前3天達5000宗，其後全國染疫總人數更累計突破100萬。雖然巴赫強調日本爆疫與東奧無直接關係，直至昨天，奧運相關確診個案累積增至464宗，然而在國民眼中，東奧仍是防疫工作的一大阻礙。據《朝日新聞》最新民調，雖有56%受訪者認為「舉辦東奧是好事」，但菅義偉的支持率跌至28%，創去年9月上任後新低。分析認為，主因之一是Delta變種病毒令疫情加劇，加上國內疫苗接種的進度緩慢所致。
東瀛軍團主場收穫58面獎牌，於獎牌榜獲歷屆新高的第3位，但辦賽成本亦創新高，開支達154億美元（約1200億港元）成史上最貴奧運，據報約87億美元（約677億港元）開支由日本納稅人「埋單」，更有日本政府審計人員透露實際支出或翻倍。而絕大部分賽事閉門下，門票收入損失約8億美元（62億港元）。