化糞池對於有機物的分解，基本上是利用微生物之厭氧分解功能，也就是說「化糞池」是一種利用沉澱和厭氧微生物發酵的原理，達到去除糞池污水或其他生活污水中的懸浮物、有機物和病原微生物為主要目的之小型污水系統。由於化糞池設計體積與空間較有限，糞便停留時間短，而腐化槽內的有機固體含量過多，常導致厭氧分解的作用時間不夠。糞便經水沖入第一腐敗槽後比重較大者將會沉澱於下層，比重小者(佔大部分)則浮於上層形成浮渣，造成厭氧細菌與有機物的接觸情況較差，其ph值與溫度均是任其自然，並不能控制在最佳範圍內，因此由於各方條件限制下，使得化糞池厭氧分解不佳，其主要作用仍為類似沉澱池的沉澱作用。

結語：健康的化糞池裡含有豐富的微生物菌群，然而微生物是自然界中的〝分解者”，可以分解我們所產出的排泄物(水肥)，所以正常的化糞池應是具有化糞功能的，但前提是糞池內需要有健康的生物菌群。

因現代人的生活習性及行政院環保署推動將衛生紙丟入馬桶的政策關係，且現在多數人經常使用化學清潔劑清潔，然而清潔劑之主要成分為界面活性劑，當清潔劑沿著污水管及糞管進入糞池後會嚴重破壞池內原生菌種，造成細菌無法分解糞便，導致水肥囤積越來越多。
關於衛生紙丟入馬桶是否固定抽水肥的次數會增加，一般來說，衛生紙沖入馬桶後遇水會分散，但是化糞池處理效率不佳時，可能會增加抽取水肥次數，所以，一般建築物會建議每半年要清理化糞池乙次，以維池良好的化糞功能。1.水肥層(固化物、雜物、浮渣)2.污水層(污水)3.底泥層(沉澱後的污泥)
 

總結：以前常聽聞長輩說的挑糞，其實事實上是確實有的，因早期農業時代，人們吃的食物比較天然，加工食品甚少，所以早期人們的排泄物也就是我們說的『水肥』，其實是很好的肥料來源，而且為了取得較肥的水肥，還必須定期去挑糞，為什麼需要定期挑糞呢?因為水肥如果在化糞池裡待的時間太久了，水肥就會慢慢地被化糞池裡的微生物給分解完，因為水肥是由我們的有機質所組成的，所以自古以來有機質就是微生物很喜歡的食物，但奇怪的是現在已經沒人用水肥澆肥了，又為什麼水肥車卻到處抽水肥呢?那是因為現在的化糞池已經喪失分解的功能了，所以糞池內才會很容易堆滿水肥，導致大家才會經常性的抽水肥，以100戶的社區來計算，平均一個月就要抽除約2噸(2000公斤)的水肥，量多的嚇人！為什麼時代越來越進步，而早期時代的茅坑化糞池竟然有分解糞便的作用，現在反而不會化糞了呢?因為現在我們只會重視到廁所環境的舒適清爽，卻忽略了要給化糞池裡的微生物留下一個適合繁衍的環境，尤其以下三點常被忽略掉的話，就會造成微生物死亡，直接導致化糞池不化糞的主要原因：

一、生存環境惡劣：原本的化糞池，就是靠糞池裡豐富的微生物菌種來分解污泥，但隨科技進步，現在的我們卻使用大量的鹽酸(強酸)、通管劑(強鹼)、消毒水、等化學清潔劑來清洗廁所，這些藥劑經由污水管流入化糞池後，若濃度太高時，細菌甚至會死光光，而缺乏活菌的化糞池就只能稱之為裝大便的容器，導致完全喪失化糞功能，此時化糞池不但會快速累積『水肥』及『油脂』，且會造成抽水肥的次數及水肥的數量大幅增加。
二、停留時間太短暫：化糞池因為空間極度缺氧，所以化糞池內的微生物主要為厭氧微生物。化糞池要有效率地分解水肥，前提是池內的厭氧微生物數量要夠多，然而厭氧微生物生長緩慢，需要5～15天才能繁生一個世代，簡單來說，厭氧菌由1隻繁生為2隻約需要10天，由2隻再繁生為4隻需要另一個10天，以此類推。而早期農業時代因人口數少，土地面積大，所以池內細菌有很足夠的時間繁生，但現在社區大樓因住戶太多，他糞池槽體太小，平均50個住戶(約150人)會共用一個27立方米的化糞池，以每人每天產生250公升污水計算，每天將有大約38立方米的污水量流經化糞池，這表示污水在池子內將停留不到1天的時間，這麼短的停留時間將大大衝擊厭氧菌的繁生速度。
三、油脂混入水肥中：早期我們的糞池，只會貯存糞便，但自從1999年起，政府做了一個奇怪政策，要求新蓋的建築物的廁所及廚房污水通通要先進入化糞池做厭氣處理(即為『污水處理設施』的第一槽)，然後再依序經過曝氣、沉澱、消毒槽等處理，看似合理，實際上卻被證實是個錯誤的政策。原本化糞池仍是可分解水肥的，但只要廚房污水流進化糞池後，糞池裡的微生物就完蛋了，因為廚房的污水含有油脂，而油脂對微生物來說是一大毒藥，因為油脂不但會包裏微生物造成缺氧及阻礙營養輸送，且油脂會產生自由基攻擊微生物，造成菌種大量死亡。