“超级一号货站”总楼面面积超过390,819平方米；拥有航空货箱贮存系统(CSS)、散货箱贮存系统(BSS)、散货分发系统(BCDS)以及工作台等高度自动化的设施。
多层式设计的航空货箱贮存系统（CSS）与停机坪有直接的界面，让货箱及货板从停机坪直接运送到贮存系统中，停机坪货物交收区一共1,940米，拥有938个板牵引车的停泊位；该系统全自动化，并有 3,500多个贮存位置；拥有12台由电脑控制的输送机，能高效率向系统内输送货物；透过位于2楼、3楼及4楼的72条高架桥，与货站内的工作台相连。 [2]
散货贮存系统（BSS）为进口、出口或转口的货物提供由电脑控制编排的贮存位置。其中2个并排的散货箱贮存系统提供约10,000个贮存位置。每个系统设有6条巷道，每条巷道设有2台堆垛机，若有故障发生，则可立即提供后备支援。此外，该系统可由海关验货大堂直接存取，让海关人员可有效率地查验散货。散货箱贮存系统的贮存区域为高度保安的海关监管区域。 [2]
散货分发系统（BCDS）是一个由电脑控制的回转式输送系统，将散货以迅速而有效的方式，分送到主流货运大楼的不同楼层及300多个工作台。散货分发系统与海关验货大堂、工作台以及货车停泊位区域直接连系。 [2]
工作台方面，“超级一号货站”的3楼和4楼共设置了300多个由电脑控制的工作台，供进口及出口货物装载或拆货之用。 [2]
超级一号货站
1998年7月6日货站启用的头几天曾引起混乱，大量空运货物积压，位于启德机场的货运站更需重开以处理货物，至8月24日，香港空运货站宣布超级一号货站回复正常运作。香港政府估计，空运货站由7月8日起至8月底运作混乱，为香港经济带来的损失约为46亿港元，相等于本地生产总值的0.35%。
