目前海關對於進出口貨物通關的處理，均採用「通關自動化」，不再侷限以書面申報處理，因此進口人於貨物進口時得委託報關人申報。報關人依據進口人所提供的相關文件資料繕具報單，並以電腦連線方式傳輸至關貿網路辦理連線通關，海關依貨物通關自動化實施辦法接受其連線申報，並核定通關方式，再依規定的通關程序完成貨物放行手續。
海關若於通關流程發現實到貨物與其原申報不符，且有偷漏關稅或逃避管制情事，乃依進出口貨物申報不實案件處理。因此，報運貨物進出口應確實依照相關規定辦理，否則海關除將按其情節輕重及適法情形依「海關緝私條例」等相關法規處分外，如尚有違反其他主管機關規定事項，海關將通報其主管機關依法處理，另依據法務部八七、一二、七 法（87）檢字第○三八七二二號及八八、八、三○ 法（88）檢字第○一二七五二號函規定：「凡運輸管制物品逾公告數額進出國境而未經申報或報運不實，應均有懲治走私條例規定之適用」，並有刑罰處分，進口人尤應注意以防受罰。
常見申報不符原因
前述實到貨物與原申報不符的情形，牽涉層面甚廣，態樣不一，情節不同，處理辦法亦有所差異，一般發生申報不符的原因如下：
（一）非出於故意的文件繕打錯誤：如進口貨物名稱、規格、型號、廠牌等 的誤繕。以發貨地誤繕為生產地，或報關行繕打報單錯誤而發票、裝箱單等資料正確等諸多情形。
（二）短卸或溢卸（數量不符）：實到貨物件數與艙單所載數量不符，若屬運送人的責任，在未進行貨物報關之前，應由運送人與海關按「進口貨物短卸溢卸作業要點」辦理。短卸者經查驗核對相符，按短卸手續通關；溢卸者經查明後，溢卸部分貨物由運送人於規定期限內辦理退運，或轉運出口。
（三）發貨人的誤裝錯運：進口貨物如有溢裝，或實到貨物與原申報不符，或夾雜其他物品進口情事，除了出於同一發貨人發貨兩批以上，互相誤裝錯運，經舉證證明，准予併案處理免予議處外，其餘均應依海關緝私條例有關規定論處。但若經收貨人（進口人）或報關人依「海關進出口貨物查驗準則」第十五條規定，以書面並檢附國外發貨人的證明文件向海關報備者，得視同補報，免予議處。
（四）賠償或掉換：進口貨物若未經查驗於通關放行提領後，或經查驗進口人發現實到貨物的品質、規格、型號等與原申報不符者，一般貨物可以在原貨進口後一個月內；機器設備，得於安裝就緒，試車翌日起三個月內檢具有關證件經查明屬實，由國外廠商賠償或掉換，而該項賠償或掉換進口的貨物，免徵關稅。
（五）進口人或報關人進口貨物蓄意以申報不符，以遂行偷漏關稅、逃避管制或逃避簽審規定等目的，這類申報不符均依下列相關法規處理：
1、實到貨物與原申報或輸出入規定不符案件處理要點。
2、海關緝私條例。
3、懲治走私條例。
依法受管制物品
通常申報不符均會涉及偷漏進口稅或逃避管制。所謂「偷漏進口稅」的計算，係以兩項貨物就查價結果，實到貨物所應歸列的稅則號別、稅率，與原申報貨物所應歸列稅則號別、稅率，兩者的稅差核計之。
所謂「逃避管制」的「管制」一語涵義，是指下列情事：
（一）關稅法第六十一條規定不得進口的違禁品
1、偽造的貨幣、證券、銀行鈔券及印製偽幣印模。
2、賭具及外國發行的獎券、彩券或其他類似的票券。
3、有傷風化的書刊、畫片及誨淫物品。
4、宣傳共產主義的書刊及物品。
5、侵害專利權、圖案權、商標權及著作權的物品。
6、依其他法律規定的違禁品。
（二）行政院依懲治走私條例第二條規定所公告的管制品
▓管制進出口物品
1、槍械、子彈、炸藥、毒氣以及其他兵器（包括零件、附件）。
2、宣傳共產主義或其他違反國策的書籍、圖片、文件及其他物品。
3、偽造或變造的各種幣券、有價證券、郵票、印花稅票及其他稅務單照憑證。
4、毒品危害防治條例所列毒品及其製劑、罌粟種子、古柯種子及大麻種 子。
▓管制出口物品（以下均不包括本人自用者在內）
未經合法授權的翻印書籍、翻印書籍的底版（包括排字版紙型暨照相原版）、翻製唱片、翻製唱片的母模（即製唱片的底板）、裝用翻製唱片的圓標暨封套、翻製錄音帶及錄影帶。
▓管制進口物品
私運獎券、彩券（票）、海關進口稅則第一章至第八章所列物品及稻米、稻米粉、花生、茶葉、種子（球），其總額由海關照緝獲時的完稅價格計算，超過新台幣十萬元（外幣按當時辦理外匯銀行買進價格折算）或重量超過一千公斤者。
（三）台灣地區與大陸地區貿易許可辦法規定不得輸入的大陸物品：依據中華民國海關進口稅則、進出口貨物分類表合訂本內輸出入規定欄代碼MWO（不准輸入的大陸物品）及MP1（有條件准許輸入的大陸物品）不得輸入的項目。
（四）經濟部依有關貿易法規定禁止或管制輸入或輸出的物品：依據中華民國海關進口稅則、進出口貨物分類表合訂本內輸出入規定欄標示代碼，如111（管制輸入的物品）及MWO。
逃避管制 依法受罰
一般實到貨物與原申報不符，可分為下列三種類型，其處理方式也不同。
（一）涉及逃漏進口稅而無逃避管制案件：
▓責任歸屬貨主者
1、報運貨物進口而有海關緝私條例第三十七條第一項規定情事之一者，即虛報貨品名稱、數量、重量、品質、價值或規格，得依以下三種情形對報運貨物進口人擇一處分：
甲、單科所漏稅款的兩倍至五倍的罰鍰（海關得經貨主繳清罰鍰後稅放）。
乙、單科沒入貨物。
丙、科處所漏進口稅額二至五倍的罰鍰併沒入其貨物。
2、無漏稅或所漏稅額未逾新台幣五千元，且未涉及逃避管制或違反其他法令規定的案件，免予議處，得准驗憑輸入許可證核銷稅放。
▓責任歸屬報關業者
報關業者受進口人委託代理報關，應完全依照進口人所提供的報關文件繕製進口報單；如發生虛報情事，報關業者與進口人的責任分際如下：
1、係由進口人捏造所致，而報關業者不知情時，僅就進口人依海關緝私條例第三十七條規定處罰。
2、係報關業者與進口人的共同行為，應分別處罰。
3、進口人提供的報關文件無訛，而是報關業者向海關遞送的報單作不實記載，則對報關業者處所漏稅額二倍至五倍的罰鍰。
前述報關業者申報不符，係因錯誤所致而影響稅捐徵收的情節輕微者，處以新台幣六千元以上三萬元以下的罰鍰，惟此項「定額罰鍰」不得超逾上述「倍數罰鍰」。
（二）申報不符而涉及逃避管制，經海關查獲者，則依海關緝私條例第三十七條第三項規定轉據同條例第三十六條第一項「私運貨物進出口或經營私運貨物者，處貨價一倍至三倍的罰鍰」及第三項「前兩項私運貨物沒入之」規定論處，並將其逃避管制情事，函知業務主管機關，如另涉及運輸懲治走私條例所訂的管制貨物進出國境且其數量價格超過法令公告數額者，仍依該條例移請司法機關偵辦。
（三）若前項申報不符無偷漏進口稅也無逃避管制，或漏稅情節輕微在免罰標準（漏稅額新台幣五千元）以內，且無違反其他法令規定時，則免依海關緝私條例處罰，進口人依規定補稅後放行。
我國已加入世界貿易組織（WTO），貿易自由化的結果，國際貿易競爭必益趨劇烈，為提昇國家競爭力，唯有賴政府與民間雙方通力合作。就進出口貨物通關而言，海關自當提昇服務品質及內容，並修改不合時宜的法令，以建構高效率及無障礙的貨物通關環境，俾貨物通關作業自動化、無紙化、透明化兼顧便民與防弊。而進口人及報關業者也應本於知法守法精神，確實依照相關規定誠實報運貨物進出口，不走私漏稅，以免影響通關效率，並可降低企業成本，增加貨物的時間效益。
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