Nació en Francia, en 1553, hija del rey Enrique II y de Catalina de Médicis. Desde muy joven se manifestó como una muchacha ardorosa y apasionada, que según sus diarios mantuvo relaciones incestuosas con alguno de sus hermanos. Por eso se decide casarla para evitar males mayores y el elegido es Enrique de Borbón, futuro Enrique IV, y protestante para más señas. La misma noche de bodas, el 24 de agosto de 1572, tiene lugar la tristemente célebre «matanza de San Bartolmé», donde son asesinados cientos de hugonotes y entre ellos su cabecilla, el almirante Coligny.
Francia entera se debate en luchas de religión y a Enrique no le queda más remedio, para salvar la vida, que fingir que se convierte al catolicismo en 1576. Aunque a finales de ese mismo año logra huir de Francia y vuelve al calvinismo, mientras su esposa se queda en Paris y se dedica a una vida licenciosa llena de amantes, entre ellos Luís de Clermont, que le escribe apasionados poemas de amor, y tiene que huir de Francia porque el hermano mayor de su amante quiere asesinarle.
A la adúltera no le queda más remedio que reunirse con su esposo, que ya es rey de Navarra por la muerte de su madre, Juana de Albret. Allí deja transcurrir su tiempo seduciendo hombres y acostándose con ellos en cada rincón del castillo de su marido. En 1582 regresa a Paris y mantiene una relación con el señor de Chamvallón, de la que ha quedado constancia en infinitas cartas de explícito contenido sexual. A medida que Margarita se va haciendo mayor y pierde su lozanía, más jóvenes requiere que sean sus amantes.
A la muerte de Enrique III de Francia, le sucede el esposo de Margarita, que reinará con el nombre de Enrique IV, y que se convierte al catolicismo con esa célebre frase de «Paris bien vale una misa». En 1599 el rey solicita y obtiene la nulidad matrimonial de Margarita y se casa con María de Médicis. La esposa repudiada vive casi prisionera en el castillo de Usson, donde se refocila con los jóvenes a sus servicio, muchos de ellos los que habían sido en principio sus carceleros.
Murió en 1615, de una pleuresía mal curada. En los últimos tiempos había engordado mucho y su salud se resentía a causa de la obesidad.
Dumas se basa en ella para su novela «La reina Margot» y en 1994 se hará una película con el mismo nombre y protagonizada por Isabelle Adjani.