Antes de convertirse en rey, fue Juan II, octavo duque de Braganza . Era nieto de Catalina, duquesa de Braganza , aspirante a la corona durante la crisis de sucesión portuguesa de 1580.  Juan IV sucedió a su padre Teodosio II como duque de Braganza cuando este murió loco en 1630. Se casó con Luisa de Guzmán (1613-1666), hija mayor de Juan Manuel Pérez de Guzmán, octavo duque. de Medina Sidonia, en 1633. Tuvieron siete hijos: Teodosio, Anna, Juana, Catherine Henrietta, Manuel, Alfonso VI y Pedro II. A la muerte de Felipe II de Portugal (III de España), le sucedió su hijo Felipe III (IV de España), que tenía un enfoque diferente de los asuntos portugueses. Se aumentaron los impuestos a los comerciantes portugueses, la nobleza portuguesa comenzó a perder su influencia y los puestos gubernamentales en Portugal fueron ocupados cada vez más por españoles. Finalmente, Felipe III intentó convertir a Portugal en una provincia española, lo que significaba que los nobles portugueses perderían todo su poder. El carácter religioso y pacífico del duque de Braganza le impedía hacer prevalecer sus legítimos derechos.

Retrato de João II, duque de Braganza, por Pedro Pablo Rubens - h. 1630

Más arriesgada, su esposa, Luisa de Guzmán, duquesa de Braganza, le impulsó a ocupar el trono portugués: una poderosa revolución y conspiración dirigida por Don Juan, sustrajo a Portugal, el 1 de diciembre de 1640, de la dominación española. Su acceso estableció la Casa de Braganza en el trono portugués y marcó el final de la Unión Ibérica de 60 años por la cual Portugal y España compartían el mismo monarca. Apodado ‘Juan, o Restaurador’, fue el rey de Portugal cuyo reinado comenzó la restauración portuguesa de la independencia del dominio español de los Habsburgo. Un complot fue planeado por varios asociados, conocidos como los Cuarenta Conspiradores, que mataron al Secretario de Estado, Miguel de Vasconcelos, y encarcelaron a la prima del rey, Margarita de Saboya, la Virreina de Portugal, que gobernaba el país en nombre del Rey. Las tropas de Felipe luchaban en ese momento en la Guerra de los Treinta Años y también lidiaban con una revolución en Cataluña, lo que obstaculizó gravemente la capacidad de España para sofocar la rebelión.

En cuestión de horas y con el apoyo popular, Juan, entonces el octavo duque de Braganza , fue aclamado como rey Juan IV de Portugal, reclamando la sucesión legítima a través de su abuela Catalina, duquesa de Braganza. El subsiguiente conflicto con España llevó a Portugal a la Guerra de los Treinta Años como, al menos, un actor secundario. Desde 1641 hasta 1668, período durante el cual las dos naciones estuvieron en guerra, España buscó aislar militar y diplomáticamente a Portugal, y Portugal trató de encontrar los recursos para mantener su independencia a través de alianzas políticas y el mantenimiento de sus ingresos coloniales. Su adhesión condujo a una guerra prolongada con la vecina España, un conflicto conocido como la Guerra de Restauración portuguesa, que terminó con el reconocimiento de la independencia portuguesa en un reinado posterior (1668). Portugal firmó largas alianzas con Francia (1 de junio de 1641) y Suecia (agosto de 1641), pero por necesidad sus únicas contribuciones en la Guerra de los Treinta Años fueron en el campo contra España y contra las invasiones holandesas de las colonias portuguesas.

Edición discográfica con una obra de João IV, Rey de Portugal

El período de 1640 a 1668 estuvo marcado por escaramuzas periódicas entre Portugal y España, así como breves episodios de guerras más serias, en gran parte ocasionadas por enredos españoles y portugueses con potencias no ibéricas. Portugal estuvo involucrado en la Guerra Holandés-Portuguesa hasta 1663. En el extranjero, los holandeses tomaron la Malaca portuguesa (enero de 1641) y el imán de Omán capturó Muscat (1650). Sin embargo, los portugueses, a pesar de tener que dividir sus fuerzas entre Europa, Brasil y África, lograron retomar Luanda en la Angola portuguesa , de los holandeses en 1648 y, en 1654, habían recuperado el norte de Brasil , que efectivamente dejó de ser una colonia holandesa. El rey Juan IV murió a los 52 años de edad y fue enterrado en el Panteón de las Braganzas; fue sucedido por su hijo Alfonso VI. Su hija, Catalina de Braganza , se casó con el rey Carlos II de Inglaterra.

Juan era un mecenas de la música y las artes, y un escritor de música considerablemente sofisticado; además de esto, era compositor. Durante su reinado reunió una de las bibliotecas más grandes del mundo, pero fue destruida en el terremoto de Lisboa de 1755. Entre sus escritos se encuentra una “Defensa de Palestrina” y una “Defensa de la música moderna” (Lisboa, 1649), año en que el rey Juan IV luchó contra la Santa Sede para conseguir que se aprobara la música instrumental en las iglesias. La primera parte de su obra musical se publicó en 1649. Hizo construir una escuela de música en Vila Viçosa que exportaba músicos a España e Italia y fue allí, en su palacio, donde se encontraron dos manuscritos de1640 de “Adeste fideles”, hermoso himno religioso que erróneamente se ha atribuido al compositor inglés del Barroco tardío John Francis Wade (1711-1786). Una famosa composición que se atribuye a Juan IV es una puesta en escena de la “Crux fidelis”, una obra que sigue siendo muy popular durante la Semana Santa entre los coros de las iglesias. Sin embargo, no existe ningún manuscrito conocido de la obra, y se publicó por primera vez en 1869, en Francia. Por motivos estilísticos, generalmente se reconoce que la obra debe haber sido escrita en el siglo XIX.