Juan Ernesto de Sajonia-Eisenach (en alemán, Johann Ernst; Gotha, 9 de julio de 1566 - Eisenach, 23 de octubre de 1638), fue un duque de Sajonia-Eisenach y más tarde de Sajonia-Coburgo.

Era el cuarto (pero segundo de los supervivientes) e hijo menor del duque Juan Federico II de Sajonia y la condesa palatina Isabel de Simmern-Sponheim.

Su abuelo, Juan Federico I, aún tenía el título de Elector de Sajonia, pero después de la batalla de Mühlberg lo perdió en favor de su primo Mauricio, de la línea albertina. Su padre intentó desde entonces recuperar el electorado para la línea ernestina. Con este propósito aceptó a un caballero proscrito, Wilhelm von Grumbach, con él mismo, lo que de hecho llevó al final que recayera también sobre su padre la ira del emperador. Sólo un año después de su nacimiento fue asedado el castillo de su padre en Gotha por tropas del elector Augusto de Sajonia y finalmente conquistado. Su padre pasó a prisión imperial durante el resto de su vida. Su madre, Juan Ernesto y sus hermanos mayores tuvieron que huir de Gotha. Encontraron que los admitió primero su tío, el duque Juan Guillermo de Sajonia-Weimar, quien asumió la tutela de los príncipes -al mismo tiempo, el emperador le concedió las tierras de su hermano Juan Federico II-. Después de breve tiempo en Weimar, Juan Ernesto, así como su madre y sus hermanos, vivieron en Eisenach y Eisenberg.

Más tarde, su tío Juan Guillermo de Sajonia-Weimar perdió el favor imperial. En la dieta de Espira (1570), el emperador decidió restaurar a los tres hijos de Juan Federico II sus derechos hereditarios.

En 1572 su hermano mayor Federico Enrique murió de fiebre tifoidea. Ese mismo año, por la división de Erfurt, se adoptó la decisión de la dieta de Espira: las tierras de su padre se quitaban de nuevo del ducado de Sajonia-Weimar, y creaba para ellos el nuevo Ducado de Sajonia-Coburgo-Eisenach. Juan Ernesto y su hermano mayor superviviente, Juan Casimiro, se convirtieron en gobernantes del nuevo país. Durante su minoría de edad, las tierras estuvieron bajo la administración de los tres príncipes electores: Federico III del Palatinado (también su abuelo materno), Juan Jorge de Brandemburgo y Augusto de Sajonia; también, ellos asumieron la regencia sobre Sajonia-Coburgo-Eisenach.

La duquesa Isabel se trasladó a Austria, donde viviría en las proximidades de su esposo, aún prisionero imperial. Los dos jóvenes príncipes, Juan Casimiro y Juan Ernesto, fueron a vivir a Coburgo, la futura residencia de su nuevo principado. Con sólo seis años, Juan Ernesto fue separado de sus padres para siempre y confiada su educación a personas extrañas. Desde 1578 visitó la Universidad de Leipzig entonces junto con su hermano. En 1586, después de la boda de su hermano con Ana de Sajonia, la hija del elector Augusto, la tutela acabó, y Juan Casimiro empezó, junto con su hermano, el gobierno independiente de Sajonia-Coburgo-Eisenach. Juan Casimiro y Juan Ernesto gobernaron juntos el principado durante la siguiente década; sin embargo, Juan Casimiro llevaba la principal responsabilidad del gobierno como hermano mayor. También, para tener una residencia separada de su hermano también, Juan Ernesto se estableció en la pequeña ciudad de Marksuhl en el año 1587. Desde 1590 Juan Ernesto se retiró del gobierno del ducado, a lo que su hermano accedió por completo, que él debía gobernar el ducado durante cinco años él solo, cuando este tiempo pasara y finalmente llegaron al acuerdo (en 1596) de un nuevo tratado divisorio. El ducado de Sajonia-Eisenach fue asumido por Juan Ernesto como un principado separado de Sajonia-Coburgo, que permaneció en poder de Juan Casimiro. Así, Sajonia-Eisenach, por primera vez en la historia, tenía su propia unidad política independiente dentro del Sacro Imperio Romano Germánico. Durante su primer año de reinado, Juan Ernesto aún vivió en Marsuhl porque Eisenach, la nueva capital de su país, no estaba habitada y sólo con el establecimiento de su residencia oficial los ciudadanos empezaron a trasladarse allí.

En 1598 Juan Ernesto creó para su ducado su propio Landesregierung (Gobierno estatal federal) y un Konsistorium. En 1633 su hermano, el duque Juan Casimiro de Sajonia-Coburgo, murió sin hijos. Por este motivo, Juan Ernesto heredó Sajonia-Coburgo, y hasta su propia muerte gobernó ambos países en una unión personal, pero manteniendo, sin embargo, su residencia en Eisenach.

A la muerte de Juan Ernesto se extinguió la línea mayor de Sajonia-Coburgo-Eisenach. Su principado fue dividido (bajo las normas de la línea ernestina) entre Sajonia-Weimar y Sajonia-Altenburg.