La Escuela Naval del Perú, tiene su más lejano antecedente en el año 1657 cuando el virrey Don Luis Enriquez de Guzmán, Conde de Alva de Liste ordena la fundación de la Academia Náutica de Instrucción de Pilotos Navales. Desde entonces formó profesionales de excelente calificación hasta el año 1709, año en el que se cierra la Academia, permaneciendo cerrada por algunos años, hasta que el Rey Carlos IV autoriza el 1 de noviembre de 1791.

Tras la proclamación de la independencia en julio de 1821, la Academia Náutica de Lima cesó de funcionar, sin embargo, reabrió sus puertas el 1 de noviembre de ese mismo año bajo el nombre de Escuela Central de Marina, dirigida por el Teniente Primero Eduardo Carrasco e iniciando así su vida Republicana. Durante las tres décadas posteriores, la escuela cambió de nombre y de locales en reiteradas ocasiones. Entre 1850 y 1870 la formación de nuestra oficialidad naval estuvo a cargo de la Sección Marina del Instintito Naval Militar. En agosto de 1855 el Instituto pasó a denominarse Colegio Naval Militar.

En 1867 el Colegio Naval Militar es clausurado, no obstante, la Sección Marina continuó funcionando y en octubre de 1870 pasó a constituir la Escuela Naval, iniciando por primera vez sus clases en el mes de noviembre a bordo del vapor Marañón.

La Guerra del Pacífico, dejó como consecuencia una profunda crisis política y económica que afectó drásticamente a nuestra Armada, motivo por el cual recién en 1888 se pudo reabrir la Escuela Naval, esta vez a bordo del pontón Perú. La Escuela Naval permaneció en dicha nave hasta fines de 1907, a partir de enero del año siguiente, la Escuela pasó a funcionar a bordo del transporte Iquitos. Sin embargo, la Escuela Naval necesitaba contar con instalaciones construidas específicamente para tal fin y es así que en 1912 durante el 1er gobierno del Presidente Augusto B. Leguía se logra asignar un terreno en el distrito de La Punta. Finalmente, el 4 de febrero de 1915 la Escuela Naval inició sus labores en el distrito antes mencionado.

Como parte del proceso de reconstrucción del poder naval peruano, la Escuela Naval contrató dos grandes misiones extranjeras, la primera fue francesa y se realizó en 1905, esta apoyó el fortalecimiento de nuestra armada hasta el estallido de la Primera Guerra Mundial; mientras que la segunda fue norteamericana y estuvo a cargo del Capitán de Navío Charles Gordon Davy quien dirigió la Escuela Naval de 1921 hasta 1930. Durante esos años, la Escuela Naval fue sometida a una gran transformación, adquiriendo así su actual denominación y la de cadetes navales para sus alumnos.

A mediados de 1950, se llevó a cabo un ambicioso proyecto de modernización de las instalaciones de la Escuela Naval, uno a uno los edificios antiguos fueron reemplazados por los edificios que actualmente posee la Escuela, con la excepción del edificio Grau. El terremoto de 1974 destruyó por completo dicho edificio, lo cual motivó su reemplazo por el actual, así como el reforzamiento de los otros.

En 1998 hubo un cambio sustancial en la vida de la Escuela Naval, como parte del esfuerzo por adecuar la institución naval a las necesidades de los tiempos modernos, al admitirse a las primeras aspirantes femeninas.

La Escuela Naval en la actualidad, desarrolla actividades de formación y capacitación que se sustentan en seis pilares: Formación naval, académica, física, ética y moral, sociocultural y náutica, los que constituyen la piedra angular del liderazgo, rasgo que caracteriza a los futuros oficiales de la Marina de Guerra del Perú.