新冠肺炎起因为何？感染源找到了吗?
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1月24日发布在医学期刊《柳叶刀》上的关于最早的41个病人的描述：之前一直说的患病者都来自于华南海鲜城，但是最早有三个病人，都没有接触过海鲜城。
而这41个人中，有13个人和海鲜城没有关系。
而最早的那名病人有可能是提问所问的零号感染者。
这可能说明，华南海鲜城并不是新型冠状病毒的真正来源[。
而另外有一项时间预测的分析，研究者结合了目前发布的27个基因组，运用分子进化软件BEAST预测了这些病毒的最初祖先（the most recent common ancestor，简称 TMRCA）可能在什么时候出现。
具体来说，就是通过比较这27个基因组之间存在着什么差别，根据这些差别比较大或者差别比较小，可以构建它们之间的关系，再结合上预测的改变速度，我们可以推测这些不同是经过了多长时间变出来的。（实际的算法可以看参考资料4）
直接看结果的话，预测的时间在10.1-12.22范围内，参考值是12.2左右。
这也进一步说明了预测的感染时间可能和第一例病人吻合，也可能还要再往前推前不少。
其实这个结果也不是很出意料：
2003年的SARS病毒最早是在11月中出现，直到12月15日才报告了第一例病例；
而中东呼吸系统综合征MERS，最早的病例在2012年6月的一位沙特患者出现，而追溯分析却将传染源追溯到了4月份约旦的一次医院肺炎爆发。
这样来看，新型冠状病毒出现的时间可能比现在知道的还要早：要么可能是本身就已经在动物中存在了，在转运过程中进入了华南海鲜城；也可能是那位12.1报道的病人那样，有人感染了再进入到海鲜城进一步地传染。
这显然给科学家提出了更大更复杂的难题。
而目前关于传染宿主的探究，也已经查找到了可能的最终宿主是中华菊头蝠，可能的潜在中间宿主是穿山甲（但还无实际文献支撑）。
相信未来科学家可以解除这个问题的答案。
参考资料：
- Huang C, Wang Y, Li X, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet, 2020.
- Jon Cohen. Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally. Science, Jan. 26, 2020 , 11:25 PM.
- Kristian Andersen. Clock and TMRCA based on 27 genomes. http://virological.org/t/clock-and-tmrca-based-on-27-genomes/347
- Suchard MA, Lemey P, et.al. (2018) Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10 Virus Evolution 4, vey016. DOI:10.1093/ve/vey016
本回答摘引来自本号文章：
新型冠状病毒到底从哪里来？ - biokiwi的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/104218532
《新冠肺炎可能来自美国》 ——美国病例翻倍增长的 “电子烟肺炎” 可能就是新冠肺炎
我对新冠肺炎的消息一直都有关注，今天终于把我知道的很多信息都串在一起了，按时间轴排序：
一、2015年：美国主导，石正丽参与的转基因病毒实验
二、2019年8月：美国最大的生化武器基地（德特里克堡）突然关闭
三、2019年8月17日~11月5日：美国大量出现（非常类似新冠肺炎的） “电子烟肺炎”，3个月内从50例增加到2051例（39人死亡）
四、吸烟者的ACE2受体蛋白，导致更容易得新冠肺炎
五、2019年9月18日：武汉军运会前的针对性神预言—— 新型冠状病毒 卫生防疫演习
六、2019年10月18日：武汉军运会
七，新冠病毒基因溯源
八，我们应该做什么
一、2015年：美国主导，石正丽参与的转基因病毒实验
这张图相信大家都不陌生吧，但背后是怎么回事，估计没几个人搞清楚过。
详细过程可见这篇文章：《触目惊心，中美科学家5年前曾制造出类SARS新冠病毒》
文章很长，我把关键的摘要出来：
其实早在 5 年前，也就是 2015 年，美国病毒学家牵头联合中国病毒专家就曾合作成功提取和鉴定出了一种类SARS新型冠状嵌合病毒，并且之后又成功在实验中制造和培养出了一种SARS新型冠状重组病毒。这次的研究成果也被发表在了2015年的国际顶级科学杂志《Nature》上。
2015年的Nature论文中阐述了一个背景，即当时在中国有一个叫做马蹄蝠的蝙蝠种群，这是一种在岩洞栖息地里的菊头蝠科蝙蝠群体，它们体内正在流行一种类似SARS的病毒——SHC014-CoV，而当时严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征(MERS)-CoV的出现，突出了跨物种传播事件对人类社会的威胁，故而科学家们希望研究在马蹄蝠中流行的这一病毒的致病潜力。
于是，Vineet D. Menachery教授等利用SARS-CoV的反向遗传系统，从中提取并鉴定了一种嵌合病毒，该病毒在适应小白鼠的SARS-CoV主干中可表达出蝙蝠冠状病毒SHC014的刺突。结果表明，该新型冠状病毒能利用SARS的人类细胞受体——血管紧张素转换酶II（ACE2）的多个同源基因，在人类呼吸道原代细胞中有效复制，并在体外获得与SARS传染性同等的效果。
用人话解释一遍：
① 石正丽团队在十几年的时间里，一直在追踪SARS病毒的来源，并在菊头蝠身上，找到了和SARS病毒类似的一种蝙蝠病毒SHC014。
② 美国科学家（Vineet D. Menachery教授等）为了研究病毒的跨物种传播，对SHC014病毒进行改造，改造出SHC014-MA15，并成功传染小鼠。
③ 该病毒没做（按伦理也不能做）人体试验。但按论文摘要所述，可以传染给人类。
该新型冠状病毒能利用SARS的人类细胞受体，即血管紧张素转换酶II（ACE2）的多个同源基因，在人类呼吸道细胞中有效复制，并在体外获得与SARS传染性相当的效果
也就是说，美国科学家成功地将（一种类似SARS的，不能感染给人）的蝙蝠病毒，添加了ACE2的基因，让病毒能通过人类呼吸道中的ACE2这种受体蛋白，感染人类细胞，从而把蝙蝠病毒改造成了能传染给人的病毒，并且在小白鼠身上测试通过（小白鼠生理类似人类，经常用来做类似人的实验）
记住ACE2这种蛋白，文章后面会用到
记住ACE2这种蛋白，文章后面会用到
记住ACE2这种蛋白，文章后面会用到
④ Nature论文《使用ACE2受体的蝙蝠SARS样冠状病毒的分离和鉴定》：
石正丽的错误是什么呢？我2月10日的微博说过：
⑤ 美国为什么要做这种实验？
是为了知道蝙蝠病毒传染人的风险性？ 美国国家卫生研究院院长柯林斯（Francis Collins）当时在一份声明中说：
美国国家卫生研究院资助这类研究，是因为它们有助于界定人类病原体相互作用的基本性质，有助于评估新出现传染源的爆发潜力，并为公共卫生和防御工作提供信息。
来源：《美国5年前制造新型冠状病毒,可致人类传染性肺炎》 （下同）
还是为了研究生物病毒武器？
这个只有美国人知道。
⑥ 当然，这个实验也引起了巨大的争议，罗格斯大学的分子生物学家和生物防御专家理查德·埃布赖特（Richard Ebrigh）告诉《自然》杂志：
这项工作的唯一作用是在实验室里创造出一种新的非自然风险
翻译成人话：
我艹，谁不知道改造后就能传染人？还用得着你来做实验？
你TMD做这种实验，除了制造出一种非自然的危险病毒，还有个P用？
巴黎巴斯德研究所的病毒学家西蒙·韦恩·霍布森（Simon Wain Hobson）告诉《自然》杂志：
如果（新的）病毒逃走了，没有人能预测出它的轨迹。
翻译成人话：
我艹，这种改造病毒如果泄露了。 你TMD知道后果吗？
不过要说明的是：
1、这次公开实验改造出的病毒，和爆发的新冠肺炎病毒，不是同一种（基因差距较大）。
2、但美国有没有私底下改造病毒（准备做生物病毒武器），就只有美国军方自己知道了。
二、2019年8月：美国陆军最大的生化武器基地（德特里克堡）突然关闭
注意CDC关闭的不是一个科研机构，而是美国陆军的一个病毒实验室，研究的是埃博拉、天花、炭疽等最为致命的病毒。
关闭原因是 “工作人员使用的程序以及设施的系统（如废水净化）存在多种缺陷”。
来源：《美CDC关闭军事病毒实验室 因其未能通过安全检查》
英语报道《CDC Shouts Down Army Lab's Disease Research》
三、2019年8月17日~11月5日：美国大量出现（非常类似新冠肺炎的） “电子烟肺炎（vaping illness）”，3个月内从50例增加到2051例（39人死亡）
非常奇怪的新闻，全球都在吸电子烟，就只有美国的电子烟会导致肺炎？并且还集中爆发，以指数速度剧增？
这一波，可能是新冠病毒从实验室泄露（也可能是从野生动物感染）后，在美国的爆发，并且几个新闻，随着时间的推移，感染人数急剧上升，非常类似传染性疾病的扩散（而非吸烟导致的肺炎），死亡率也接近新冠肺炎死亡率。
这种“电子烟肺炎”是不是一种传染性肺炎？
如果不是，为什么病例数成指数级别上升？并且只有美国有？美国医疗界还查不出致病原因？
如果是传染性肺炎，那病情、发病速度、致死率、临床表现和新冠肺炎如此相似，时间上又不是冬季流感，是不是就是新冠肺炎？
先看一个具体病例：《美国17岁少女吸电子烟两年患肺炎 靠呼吸机呼吸》
美国福克斯新闻9月11日报道，德克萨斯州的一名有两年电子烟烟史的17岁少女，两周前决定戒烟之际突然患上肺炎，现在严重到只能靠呼吸机来帮助呼吸。而美国疾控中心表示近日多起肺部患病病例疑似与电子烟相关。
上面视频中提到的另一名17岁男性患者，症状也类似新冠肺炎
看感染人数的急速增加，非常类似传染性疾病：
8月17日新闻这是我能找到最早的一篇：全美50人，没有死亡，但有些病患已频临死亡边缘。 来源：《电子烟致肺炎! 18岁女孩抽3周患上肺湿, 纽约州已发出警报 》
近期爆出了11起吸电子烟患上阻塞性肺炎(pulmonary disease)的病例。为此，纽约州政府周五(8月16日)在全州范围内发布了危险警报。
在许多病例中，患者在生病前的数周或数月内吸食了含有大麻和其他尼古丁成分的产品。
纽约大学温思罗普医院(NYU Winthrop Hospital)儿科肺病专家、医生皮尔扎达(Melodi Pirzada)表示，她今年夏天治疗了两起病例 - 其中一例是18岁的运动员，对方差点因病死亡。 “我们很困惑，”皮尔扎达说。她说，唯一的共同之处是患者都吸电子烟。
【江卓尔备注：后面揭晓答案，为什么患者都有抽烟史】
至少在其他五个州也报告了类似疾病，全美有多达50人患病。目前为止没有死亡报告，但有些病患已频临死亡边缘。
“我认为致病的主要原因是吸入的电子烟。”
那么问题来了，电子烟已存在多年并且被超过1000万美国人吸食，为什么现在才出现病例的报道？
【江卓尔备注：这个问题问得好，
1、电子烟2006年起在美国发售，以美国人吸毒的水平，电子烟加大麻之类的骚操作，肯定也不是今年才有，为什么今年才爆发“电子烟肺炎”？
2、美国旁边的加拿大，连大麻都是合法的，电子烟销售和美国基本也互相流通，为什么加拿大就没有爆发？】
9月5日新闻：截止8月27日。215例，1人死亡
来源：《2个月出现200多例疑似电子烟相关肺病，抽电子烟真的会要命吗？》
10月4日新闻：截止10月3日。1080例子，18人死亡 来源：《美国疑因吸食电子烟致肺部受伤 病例超过千 18人死亡》
11月8日新闻：截止11月8日。2051例子，39人死亡
来源：《电子烟“杀人”：美国电子烟死亡病例升至39人，病患2051人》
四、吸烟者的ACE2受体蛋白，导致更容易得新冠肺炎
两个问题：
1、为什么 神秘肺炎 会和电子烟结合在一起？
还记得文章一开始，美国改造病毒时提到的，病毒入侵人体的位置（受体蛋白）ACE2吗？ 吸烟者的ACE2蛋白较高，也就是说，吸烟者更容易（通过ACE2受体蛋白）得新冠肺炎。
来源：《测序中国：大规模转录组学研究表明：2019-nCov受体基因ACE2在吸烟者中显著高表达！》
2019-nCov受体ACE2基因的表达在种族（亚裔与白种人）、年龄（大于60岁与小于60岁）或性别（男性与女性）之间并无显著差异；而在吸烟者中，ACE2基因的表达均有升高。此外，作者还发现ACE2基因在与吸烟史和吸烟部位有关的特定细胞类型中表达。此前有报道显示，2019-nCov男性感染比例显著高于女性，研究者认为这一结果或可给予解释。
作者还发现ACE2基因在与吸烟史和吸烟部位有关的特定细胞类型中表达。在支气管上皮中，ACE2在当前吸烟者的杯状细胞和非吸烟者的棒状细胞中活跃表达。在肺泡中，ACE2在曾吸烟者的重塑的AT2细胞中活跃表达。总之，以上研究结果表明吸烟者可能更容易受到2019-nCoV的感染，且与非吸烟者的感染途径不同。
高多少，这里还有篇论文给出量化数据：吸烟者ACE表达为不吸烟者的1.5~3倍。
来源：《泰山医学院学报》2019年 第4期《长期吸烟对血清ACE、ACE2表达的影响及其意义探讨》
美国CDC发现“电子烟肺炎”里大部分人（但不是全部）都吸过含有四氢大麻酚（THC）的电子烟产品，认为吸入含THC的电子烟雾与该病具有相关性，并在10月份将其命名为EVALI（e-cigaretteor vaping product use-associated lung injury）。
后续的研究表明THC产品中非法添加的维生素E乙酸酯可能是真正的罪魁祸首。但从一些已公开发表的论文来看，一线医生可能并不买账。逻辑无可辩驳：
为什么电子烟吸了那么多年，今年（且只有美国）才爆发“电子烟肺炎”？
所以，很可能美国初代新冠肺炎病毒，对ACE2的要求较高（或者在维生素E乙酸酯等小分子物质的帮助下，能够更加容易地与人体的ACE2受体结合），一开始只有电子烟吸烟者能满足这个较高的条件，因此先在吸烟者中流传开来，导致CDC错误地将此肺炎归结于吸烟原因。
随着病毒的传播，那些在遗传突变中，对ACE2要求较低的病毒，更容易传播，因此非吸烟者也开始被传染，出现了一部分（CDC感到困惑的）非吸烟者病例。
直到传播到中国武汉时，由于跨人种导致的某些变异（有可能是文章最后提到的H1族群变异），才出现了武汉大爆发。
2、为什么患病多为年轻人（10月4日新闻：8成年龄在35岁以下）？
除了1中的原因外，还可能因为中老年人（和不吸烟者）被合并统计到了冬季流感里。
日本朝日电视台的一则新闻在国内引起強烈关注。日本朝日电视台当日报道称，近期，美国正遭受流感侵袭，去年冬季至今已有2600万名流感患者，死亡人数达1.4万人。但针对这些疑似流感患者的体检结果却显示，很多人并非患有流感，怀疑为新冠病毒。 CDC 回应针对该则报道回应称，到目前为止，没有证据支持日本朝日电视台关于美国部分流感死亡病例实际上是由新型冠状病毒引起的说法。
新冠病毒很可能已经在美国爆发了，中国确诊8万，死亡3000。美国冬季流感2600万患者，25万人住院，1.4万人死亡，里面很可能有不少就是新冠肺炎患者。
美国爆发规模没有到中国级别，还有一个原因就是，美国发生的地方地广人稀，传染途径和路程较长，不像中国城市这样人流量密集，更容易集中爆发。
2019年9月，美国爆发了大规模流感，数据显示2020年1月23日武汉封城之日，美国流感死亡人数为不到7000人，一个月后美国流感死亡人数翻番，接近1.5万人。
大洋彼岸的美国，也陷入了同样的挣扎——近10年来最严重的流感病毒爆发。 据美国疾控中心公布的数据，这场流感从2019年10月开始，至今已造成了2200万~3100万人感染，1.2万~3万人死亡。而且被感染人数还在持续高水平攀升。
从目前的数据来看，有个地方值得我们关注。下面左边的图反映的是门急诊病人中因流感或者流感样症状而就诊的比例，右边的图则显示住院确诊的人数。
可以看到今年的出现流感样症状的病人比例很高，基本达到了17/18年度的水平，但住院确诊的却远不及17/18年度。那么那些没有确诊为流感却又有流感症状的病人是得了什么病呢？
五、2019年9月18日：武汉军运会前的针对性神预言—— 新型冠状病毒 卫生防疫演习
在这次新型冠状病毒感染肺炎疫情发生前半年多，武汉为军运会就组织了一次卫生防疫演习，模拟的是发生 输入性 冠状病毒肺炎。
参与的部门就在现在两级疾控中心，还有金银潭医院，可以说是模拟考试后面遇到了真考试，而且题目一模一样，巧合么？
我严重怀疑武汉有人知道点什么
1、有可能是从美国爆发的 “电子烟肺炎”？
2、或者是石正丽隐约从合作的美国病毒改造团队猜测了些什么，所以在不确认的情况下，尽自己能力做了预防？
来源：《守国门安全、保军运平安，武汉海关演练口岸突发事件应急处置》
还有一些比较小的奇怪点，例如美国1月26日才用瑞德西韦治疗了首例患者。
为什么武汉病毒所能早在1月21日，就知道瑞德西韦可以治疗新冠肺炎？哪里来的药物做的实验？
《2月3日外交部网上例行记者会(全文)》也很有意思
实际上，根据美国疾病控制与预防中心近日报告，美国2019-2020年流感季已经导致1900万人感染，至少1万人死亡。截至2月2日，中国确诊感染新型冠状病毒肺炎17205例，死亡361人，治愈475例。美国国内仅11例确诊。这些数字对比发人深思。
【江卓尔备注：这是外交部的正式发言，不是个人的猜测。“数字对比发人深思”，往哪个方向深思？美国流感 vs 中国新冠肺炎，话里有话。】
中方本着公开、透明和负责任的态度同世界卫生组织和国际社会加强合作。自1月3日起，共30次向美方通报疫情信息和防控措施。两国疾控中心就疫情相关情况多次进行沟通。
【江卓尔备注：国人知道的时间是1月20日（钟南山考察武汉时指出：新型肺炎可以人传人）。武汉1月23日才封城。为什么1月3日要向美方通报？这新冠肺炎和美方有什么关系？】
无独有偶，美国也有类似的演练
六、2019年10月18日：武汉军运会
美国派了一大波，369人过来，武汉灾难的开始……
柳叶刀论文里，早期患者很多和华南海鲜市场没关系，我就不多说了。 下图蓝色是和华南海鲜市场没关系，红色是有关系。 最早的4个患者，3个和华南海鲜市场没关系，1个有关系。
七，新冠病毒基因溯源
一到五都是铺垫和推测，现在开始上科学证据。昨天中科院的论文，把我知道的所有东西串在了一起： 论文：《Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic 》 论文解读：《新冠病毒到底从哪儿来？中科院这篇论文说出了“真相”》
研究人员把现有病毒样本的家谱排好了：
93个样本，58种病毒，被科研人员分成5组，以世代顺序从上到下排列。上边的是祖宗，下边的是孙子。
Bat-RaTG13是蝙蝠病毒，病毒mv1（未发现的0号病人）是祖宗。 H13是爷爷，H38是奶奶，H3是爸爸，H1是儿子。 分别对应A（爷爷组）、B（奶奶+爸爸 组）、C（儿子组）。 红色的C（儿子组）是武汉爆发的病毒，还衍生出了D和E两个孙子组
病毒演化路径
最早的病毒祖宗就是mv1（未发现的0号病人），它演化出来的H13（爷爷）和H38（奶奶）共同杂交了第二代病毒H3（爸爸）。而H3又演化为H1（儿子）。 各代病毒在全球分布
美国：A-E每一组，每一代都有
欧洲：缺A（爷爷组），有B（奶奶爸爸 组）、C（儿子组）、E（孙子组），说明欧洲不是发源地。
亚洲：
第一代 绿色A组（爷爷组）在中国的病例稀少，只在广东发现过。但是美国和日本都有。
病毒演化的第二代 蓝色B组（奶奶+爸爸 组）在中国只有1例，也就是武汉的那一例。但是在欧洲、美国、澳洲、越南、中国台湾、韩国遍地开花！
更有意思的是，中国的病毒株相当的纯洁，大部分都是红色的H1系，而美国竟然把病毒祖孙照单全收，全部五组样本都可以找到，比例还很均匀！
美国那边发现的是初代，而中国只有在和境外来往密切的广东有第一代，内陆武汉爆发的是第三、第二代，结果显而易见。
果武汉是病毒源发地，为什么他没有留下任何一个原始病毒样本，而输入地的美国却有呢？难道在武汉采集的这么多样本唯独就漏掉了那几个“祖宗”吗？如果世界各国感染的都是武汉输出的病毒，为什么第二代B组反而在中国样本稀少（仅一例）呢？
假设“原发病人”不是中国人，而是一个到武汉军运会的美国人，那么他身上的病毒自然会在中国与外国独立演化，然后形成两个不同的分支。
由于原发一代病毒并不完善，但可能传染力门槛高，只有吸烟者较高的ACE2受体蛋白才能传染，所以被错误地标为为 “电子烟肺炎”。当这个美国人来到武汉之后，跨人种传播，病毒在压力下迅速演化出高传染性的H1，并且交叉感染蔓延到了全世界。
就像西班牙大流感
是在美国堪萨斯州的军营发生
在西班牙确诊
新冠肺炎
很可能是在美国发生（并且可能是美国实验室泄露）
但在中国确诊
八，我们应该做什么
已经发生的事情，已经没有后悔的意义了。我更关心的是，未来应该做什么。
这次的病毒爆发，至少有两点是公开的，无可争辩的事实：
1、美国有能力制作转基因病毒，并且在实验中真做出来了。
2、病毒可对一个国家造成极其巨大的，超过核武器的破坏。
还有一点基本无争议的事实：
3、新冠病毒死亡率
湖北死亡率明显比湖北以外高，除了因为湖北有很多轻症没被统计外，一个很大原因是湖北的医疗资源被挤兑，否则很多人都能救回来。
因此，每一个城市都应该新建足够的隔离病房。