El caso ventilado en un tribunal de San Salvador, inició en diciembre de 2020, cuando el Ministerio Público acusó al exmandatario y giró la séptima orden de captura en su contra. Un año antes, el régimen de Daniel Ortega le otorgó la nacionalidad para evitar que fuera extraditado.

Funes, que gobernó El Salvador de 2009 a 2014, vive en Nicaragua bajo la protección del régimen de Ortega y no ha estado presente en ninguno de los juicios en su contra. En uno, condenado por negociar con pandillas durante su mandato, fue condenado a 14 años de prisión; en otro por enriquecimiento ilícito, fue sentenciado a devolver más de 400.000 dólares.

Según informó la Fiscalía en un comunicado, el exmandatario entregó el proyecto de diseño y construcción de un puente en 2013 a una empresa guatemalteca por $8.4 millones. A cambio, Funes presuntamente recibió un avión modelo King Air para uso de él y de un empresario, en el que viajaron con sus familias a Estados Unidos, Costa Rica, Nicaragua, Panamá, Honduras y Guatemala.

El exmandatario no ha nombrado abogado defensor por lo que le fue asignado uno de oficio.

Por este proceso penal, el empresario José Miguel Menéndez -conocido como “Mecafé”- fue condenado a ocho años de prisión en agosto de 2022. El tribunal de sentencia encontró evidencias de que hizo 47 viajes con la aeronave entre el 27 de junio de 2013 y el 13 de septiembre de 2016.

Después de esa condena, se aprobó una reforma penal el 21 de septiembre de 2022 que permite realizar juicios con imputados ausentes, por lo que Funes puede enfrentar el juicio penal de ahora sin estar presente.

Además de este caso, Funes ha enfrentado otros seis procesos penales. Un tribunal de El Salvador lo condenó en mayo de 2023 a 14 años de prisión por negociar una tregua con las pandillas durante su mandato para bajar la tasa de homicidios a cambio de ofrecer beneficios para sus cabecillas en las cárceles.

A su exministro de Seguridad, general David Munguía Payés, el tribunal le impuso una pena de 18 años de prisión.

Funes que llegó a la presidencia de El Salvador postulado por el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) también está siendo procesado por el desvío de 351 millones de dólares de la partida presidencial de gastos reservados.

El exgobernante tiene, además, procesos por el pago de 108.5 millones de dólares a una empresa para la construcción de una presa hidroeléctrica, por la divulgación de un reporte de Operaciones Sospechosas (ROS) que reveló el desvío de $10 millones donados por Taiwán por el fallecido expresidente Francisco Flores (1999-2004) de la Alianza Republicana Nacionalista (Arena) y por sobornos al exfiscal general Luis Martínez.