每當邪惡蔓延於這個世界上時，一定會出現希望的戰士「聖鬥士」。他們為了守護大地和平和女神雅典娜而戰鬥。特別是天馬座的聖鬥士·星矢和他的同伴們，身為最下等的青銅聖鬥士，逐漸掌握淩駕於比他們高級的白銀聖鬥士和黃金聖鬥士的實力，最終打倒了海皇波塞冬和冥王哈迪斯。他們的活躍事蹟如今成為了傳說。

由於星矢他們的努力，大地迎來了和平。而如今現在的女神雅典娜（城戶沙織），正在養育一名叫做「光牙」的嬰孩，就在這時戰鬥之神「瑪爾斯」來襲。千鈞一髮之際，成為射手座的星矢趕來與瑪爾斯展開激戰。

十幾年後，長大了的光牙與沙織一起在遠離人煙的島上居住，並接受莎爾娜嚴格的聖鬥士修行。然而在這時，瑪爾斯再度來襲了……

打倒深淵之神阿普斯之後，神話開始便一直與雅典娜頗有淵源的女神帕拉斯，以及她手下的戰士刻鬥士來襲。為了守護雅典娜，光牙一行再次迎來新的戰鬥……