Para el 28 de septiembre de 1821 se instaló una Junta Provisional de Gobierno, esta estaba encargada de redactar el Acta de Independencia y además organizar un Congreso que decidiera la forma de gobierno para México.
Para ese momento habían muerto seiscientos mil hombres, aproximadamente una décima parte de la población y la mitad de los que allí trabajaban.
Como los indígenas no estaban acostumbrados a que la tierra fuera una propiedad privada, la igualdad de todos los mexicanos frente a la ley dejaba en desventaja a los criollos. Mientras tanto, España no reconoció los Tratados de Córdoba que O’Donojú había firmado. No aceptaba que México era independiente y hasta el año 1825 ocupó el fuerte de San Juan de Ulúa, en Veracruz. Además de España, otros países del continente europeo querían apoderarse de México, para explotar las riquezas que contenía.
Los mexicanos necesitaban armas y dinero, y así debían defenderse. Lo peor es que se encontraban divididos, porque no estaban de acuerdo en la forma de gobierno que iba a adoptar, es decir, unos querían un república y otros una monarquía. De estos últimos, algunos querían que reinara algún príncipe de España y otros que fuera coronado Iturbide.
España no aceptó el enviar a un príncipe al trono de México y eso logró reforzar las ambiciones de Iturbide, que quería ser el primer emperador de México. Sus seguidores ejercieron presión para que él fuera coronado. El Congreso lo declaró Emperador, con el Nombre Agustín I.
Muchos mexicanos se oponían rotundamente a Iturbide y algunos diputados conspiraron en su contra. El emperador disolvió el Congreso e hizo los cambios políticos. Antonio López Santa Anna, quien era el comandante general de la provincia en Veracruz, fue destituido y se rebeló contra Iturbide. Para ello se puso de acuerdo con Guadalupe Victoria y para febrero de 1823 Santa Anna proclamó el Plan de Casa Mata, que buscaba establecer el sistema republicano.
En marzo de 1823 Iturbide renunció al trono y más tarde se fue a Europa. Las provincias en Centroamérica, que se había unido al Imperio, se separaron por completo de México. Al siguiente año Iturbide regresó, como en su ausencia el Congreso quedó decretado que no podía volver a México, bajo la pena de muerte, fue fusilado.
Cuando Iturbide dejó el trono, el gobierno del país quedó en manos del Supremo Poder Ejecutivo que estaba formado por Nicolás Bravo, Guadalupe Victoria y Vicente Guerrero, entre otros grandes luchadores, así se convocó el segundo Congreso.
Los diputados del nuevo Congreso decidieron que México fuera una república, una parte querían que fuera república federalista, formada por la unión de diferentes estados, libres y soberanos para resolver los problemas internos.
Otros buscaban que fuera republica centralista, con provincias o departamentos con provincias o departamentos en vez de estados y un poder central que resolviera los asuntos. La Constitución de 1824, que fue preparada por el Congreso, se promulgó para el 4 de octubre del mismo año. Allí se decidió que México fuera una República Federal y que se llamaría Estados Unidos Mexicanos.
Además, esta Constitución declaraba que los mexicanos eran iguales, que la única religión del país sea la Católica Apostólica Romana y concedía la libertad de imprenta. El Congreso convocó las elecciones, las primeras que existieron en el México Independiente, allí resultaron electos como presidentes y vicepresidente a Guadalupe Victoria y Nicolás Bravo respectivamente.
El gobierno de Guadalupe Victoria consiguió que España, quienes aún estaba en San Juan de Ulúa, se rindieran, haciendo efectiva la abolición de la esclavitud que había decretado Hidalgo y también impulsando la educación. Dos préstamos ingleses lo permitieron pagar a tiempo los sueldos del ejército y de los empleados del gobierno.
Mientras tanto otros préstamos extranjeros hicieron posible la reparación de los daños que habían sufrido las minas y ponerlas a funcionar nuevamente. Los comerciantes europeos y americanos se instalaron en México. Para defender los intereses, los criollos ricos crearon agrupaciones películas que se conocieron como las logias masónicas de rito escocés. Estos grupos estaban formados por partidarios del centralismo que se oponían a la República Federal. EL embajador Poinsett hizo una intervención de nuevo en los asuntos internos del país y organizó a las personas de clase media en otras logias, que se conocieron como Yorkino.
Una vez que terminó el gobierno de Guadalupe Victoria, luego de un levantamiento, quien asume la presidencia del país fue Vicente Guerrero. Mientras esto sucedía, los españoles se preparaban en Cuba para la reconquista de México. Corrió el rumor de que recibirían la ayuda de los españoles que aún estaba en el país y Guerrero terminó por expulsarlos a estos. La medida tuvo unos efectos desastrosos, pues los desterrados se llevaron todas sus riquezas.
Sin los recursos suficientes, era muy difícil resistir a las presiones del ejército y del clero que buscaban conservar las ventajas que habían tenido en los años del virreinato. Era muy difícil hacer producir los campos, las minas y las fábricas; además de mejorar y vigilar los caminos. Sin dinero suficiente no existía una manera de aumentar la riqueza de la nación, de hacerle frente a las amenazas de las agresiones extranjeras y mucho menos de mantener la paz.
Con la intención de reconquistar México, el gobierno español envío una expedición, que estaba comandada por Isidro Barradas. Los invasores lograron adueñarse de Tampico en 1829, pero al poco tiempo fueron derrotados por Santa Anna.
Guerrero mandó al vicepresidente, quien para el momento era Anastasio Bustamante, al frente de otro ejército a Xalapa, para que contraatacara rápidamente en caso de que haya otra invasión, pero Bustamante pudo aprovechar las tropas para resbalarse contra Guerrero y poder apropiarse de la presidencia.
Guerrero se refugió en las montañas del sur. Bustamante pagó, según los rumores de la época, unos 50 mil pesos de oro a un marino genovés, llamado Francisco Picaluga, para que este le entregara a Guerrero. Picaluga invitó al insurgente a comer en el barco ubicado en Acapulco.
A los pocos días Guerrero fue acusado de traición y fue fusilado en Cuilapan, Oaxaca, el 14 de febrero de 1831, tras su muerte hubo levantamiento que obligaron a Bustamante a dejar la presidencia.