由于黄埔站的单月台设计不足以容纳所有观塘线班次，所以日后观塘线在繁忙时间的列车服务，将以梅花间竹的方式，一班以何文田站为终点站，另一班在黄埔站作为终点站并使用调头隧道折返到何文田站载客（参见路轨配置图），类似现在青衣站繁忙时间的列车服务。因此，往黄埔站的列车在繁忙时间的班次是4分钟一班，而不是观塘线往何文田站的2分钟一班；至于非繁忙时间，所有班次都以黄埔站为终点站。另外，黄埔站暂时设有两个不相连的站厅，分别为东站厅和西站厅，站厅之间预留位置予接驳黄埔花园第二期及第五期地下商场的方案。
同年12月，地铁有限公司建议延长地铁观塘线，由油麻地站至黄埔站，中途设何文田站，以服务黄埔地区。2003年11月，政府请求地铁公司进一步检讨观塘线延线方案，地铁公司并在翌年2月向政府提交经修订后的建议。
2005年7月，九铁公司和地铁公司向政府提交沙中线的两铁合并方案，当中提议以地铁的观塘线延线，取代九铁2004年最终方案拟稿中的地铁系统。该方案在2007年7月由运输及房屋局向立法会提交。2007年12月，两铁合并，九铁和地铁网络合并为港铁。
2016年10月，黄埔站正式开通运营，港铁各大车站均已发售经油麻地至何文田/黄埔的车票。
黄埔站为地下两层结构，地下一层为车站大堂，分东西两个站厅，地下二层为单侧式月台。
黄埔站设于黄埔区内人流密集的中心地段－德安街及德民街一带，共设有四个出入口，分别位于民兆街、红磡道、船景街及德安街。另设有两个连接商场的出入口，分别位于船景街黄埔花园第二期及德安街黄埔花园第五期的地库。
A | 民兆街 |
|---|---|
B | 红磡道 |
C1/C2 | 黄埔花园（船景街） |
D1/D2 | 黄埔花园（德安街） |
