國民黨不服促轉會作成封存「台灣省黨部」檔案處分，提起行政訴訟請求撤銷，遭台北高等行政法院判決駁回後，國民黨提上訴。最高行政法院認為，促轉會為避免檔案因原件移動、搬遷、隱匿或銷毀之風險，認為有對檔案予以保全之必要，處分命為臨時封存檔案，核無違誤，判決國民黨敗訴確定。
促轉會其依據新聞報導，得知國民黨與政治大學簽署合約，國民黨部分史料將移予政大保管，2018年8月2日函請政大協助提供與國民黨簽訂之合約影本及檔案史料搬遷工作計劃與期程，政大回函，提供合作協議書，並說明史料搬遷工作計劃及期程尚與國民黨協商中，尚未確定。
促轉會函請政大於與國民黨協商完竣或啟動相關搬遷作業時，請儘速告知促轉會，政大函復國民黨交政大保管之檔案，為「台灣省黨部」列目錄；促轉會依政大要求召開「中國國民黨臺灣省黨部檔案審定作業協調會議」後，處分封存檔案1批，禁止任何人搬運、移轉檔案資料，亦不得以其他任何方式毀棄、損壞或隱匿檔案，國民黨不服提行政訴訟。
最高行政法院駁回國民黨的上訴，認定國民黨為「台灣省黨部」文件系列的所有權人，對檔案擁有最終的管領力及支配力，依促轉條例規定，負有通報促轉會的義務，促轉會為避免系檔案因原件移動、搬遷、隱匿或銷毀的風險，認為有予以保全的必要，而以原處分命為臨時封存檔案，核無違誤，判決國民黨敗訴確定。
