Doña Mariana Victoria era el tercer vástago y la primera hija de la reina María I y su consorte Pedro III. La familia de doña Mariana era relativamente endogámica, pues su padre era tío de su madre, y el hermano mayor de doña Mariana Victoria estaba casado con una hermana de su madre. Además, las dos abuelas de Pedro III eran hermanas.

Doña Mariana Victoria nació en Queluz, Portugal, y se crio principalmente en Lisboa. A muy temprana edad contrajo matrimonio con el infante español Gabriel de Borbón, hijo del rey de España Carlos III y de María Amalia de Sajonia. Aunque la pareja tuvo tres hijos en total, la mediana murió a muy corta edad. El pequeño, llamado Carlos, murió de viruela pocos días después de su madre, que murió de la misma enfermedad. Su viudo, el infante don Gabriel, sucumbió a la viruela dos semanas después. El mayor de los hijos, Pedro Carlos de Borbón, fue reconocido también infante de Portugal (aparte de ser infante de España, título y rango que le correspondían por nacimiento), al igual que el hijo de éste Sebastián Gabriel de Borbón. Pedro Carlos fue criado en Portugal y Brasil por su abuela materna.

Doña Mariana Victoria murió de viruela en Madrid a la edad de 19 años. Está enterrada en San Lorenzo de El Escorial al igual que su marido e hijos.