A principios del siglo XIX, en México, se libra una guerra constante entre el ejército mexicano y el español, los primeros buscando su independencia. En medio de la confrontación, un enmascarado y misterioso héroe ha surgido, quien lucha contra los españoles, defendiendo los derechos de los mexicanos: El Zorro. Esto ha atraído la atención del propio gobernador español del territorio de California, Rafael Montero (Stuart Wilson) quien buscando poner fin a la rebelión, trama un plan para atrapar al enmascarado, revelando su verdadera identidad, Don Diego de la Vega (Anthony Hopkins) asesinando a su esposa y llevándose a su única hija, Elena.
Décadas más tarde, Montero ha reaparecido, con la intención de comprar California, acompañado de Elena (Catherine Zeta-Jones), quien desconoce la verdadera identidad de su padre. Sabedor de la situación, Don Diego escapa de prisión, pero entiende que necesitará ayuda para detener a Montero y recuperar a su hija. Así, decide entrenar a su sucesor, en la figura de un bandolero, Alejandro Murrieta (Antonio Banderas) a quien entrenará y adiestrará como el nuevo héroe enmascarado, con quien combatirá el poderío Montero y liberará a todo un pueblo.
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