自由亞洲電台昨日（4日）報道，指香港國際航運中心地位正在急劇退化，指葵青九號貨櫃碼頭近日完全閒置，並引述外國分析指，國際主要航運公司由於想提高準時交貨率，正將托運貨物從香港轉至其他港口，更把香港從轉口港名單中「剔除」，而原因之一為香港實施《維護國家安全條例》及中國逐步干預。運輸及物流局今日（5日）在facebook發文回應，批評報道中的評論無理及無事實基礎，而且無中生有，稱局方絕對不能接受捏造事實的肆意批評和攻擊。
運輸及物流局今日在facebook發文回應，列舉多個例子證明香港國際航運中心地位廣受國際認可，提到本港在反映全球航運中心綜合實力的《2023新華·波羅的海：國際航運中心發展指數報告》中排名全球第4；而香港每周有逾300班國際貨櫃班輪，連接全球近500個目的地 。
局方又反駁，本港港口作為中國唯一自由免稅港，擁有清關快、效率高、深水「補時港」、穩定營商環境及完善的法律體制等優勢。按上海航運交易所資料，2023年遠洋國際貨櫃船在香港港口停留的平均時間為0.95天，遠低於世界前20大貨櫃港口的平均值1.85天，顯示香港港口有高效處理能力。局方又提到，波羅的海國際航運公會（BIMCO）在2020年將香港列為四個指定仲裁地之一，與倫敦、紐約和新加坡看齊，認為本港海運服務業發展不遑多讓。
對於報道引述美國供應管理協會指國安法不利發展，局方回應時批評「媒體因應香港在維護國家安全的工作，而藉詞對香港的獨特優勢提出質疑是難以令人信服」，強調《維護國家安全條例》有效防範、制止和懲治間諜活動，以及阻止外國情報單位的陰謀陷阱和敵對勢力的滲透破壞，相信可讓海運港口業在穩定的營商環境中繼續輝煌發展。
自由亞洲電台昨發表一篇題為「國際航運界重整全球航線 香港轉口港地位將被除名」報道，提到丹麥物流數據分析公司（Sea-Intelligence）近日撰文，指主要航運公司由於想提高準時交貨率，正將托運的貨物從香港轉至其他更新、更大的港口，並把香港從轉口港名單中剔除。而航運巨擘馬士基（Maersk）與赫伯羅德（Hapag-Lloyd）今年1月亦簽署長期協議，將於明年2月開始合併旗下部份船隊，以挑戰貨櫃航運龍頭地中海航運（MSC），意味全球航運聯盟再次出現重組，未來貨運航線或會改道至東南亞。
自由亞洲電台其後訪問美國供應管理協會（Institute for Supply Management）行政總裁德里（Tom Derry），德里指印尼、新加坡和馬尼拉將受益於經營環境轉變，香港則將承受損失，又指中美衝突直接令華府暫停給予中國優惠待遇，華府的科技禁運不但影響到中國，也影響香港作為中國貨物轉口港角色。德里並認為，香港失去轉口港地位，其中一個核心原因為香港國際政治地位出現根本性轉變，指中國逐步干預，令香港已「不再獨立自主」，有包括美國人在內的外國人被指涉違《國安法》被捕，香港亦只委任指定法官審理國安案件，認為情况不利香港，並令中國其他港口得益。