El edificio que hoy alberga a la Escuela Preparatoria de Jalisco, remonta sus orígenes hacia el siglo XVII, cuando el Papa Clemente XI ordeno la construcción de un oratorio en honor a San Felipe Neri, en la entonces pequeña villa de Guadalajara.
Su majestad Don Fernando VI de Borbón Rey de España, ordenó a los filipenses trasladarse a la Plazuela de la Palma o de San Fernando, sitio donde erigirían una capilla dedicada a la Virgen de la Asunción y donde aparte fundarían su colegio para así cumplir con la función educativa que se les había encomendado.
La obra fue terminándose poco a poco, primero el colegio de un solo nivel con sus patios de influencia plateresca, el mudéjar y posteriormente la consagración del templo ocurrida en el año de 1802.
Cabe destacar que la fachada principal del colegio se encuentra en lo que hoy es la calle de San Felipe (vista al sur), y que el segundo piso fue añadido posteriormente durante la cuarta década del siglo XIX. El alto clero lo puso a disposición de la orden de las hermanas de la caridad, quienes lo destinaron como hospital de menesterosos en el período que abarca de 1850 a 1867.
Posteriormente el presidente de la república el Lic. Benito Juárez, dispuso que el antiguo claustro fuese designado para alojar al liceo de desamparadas. Así fueron cumplidas las disposiciones presidenciales y dio albergue a niñas huérfanas.
Años más tarde quedo en manos de la Compañía de Jesús, utilizándose como centro escolar por tercera ocasión bajo el nombre de “Instituto del Señor San José”. Con este motivo los jesuitas engalanaron el inmueble, tomando en su fachada el estilo francés neoclásico, concluyendo el segundo piso y equipando los laboratorios de Física, Química y Biología que aún se conservan.
Mención especial merece la biblioteca del plantel, diseñada por los oratorios de San Felipe, pero concluida por los sacerdotes Jesuitas, tallada toda de madera de ébano, con sendos, tornos, molduras y remates neoclásicos en sus añejas estanterías que guardaban libros sueltos, tomos y volúmenes ejemplares ahora incunables. Don Manuel Macario Diéguez ordenó la confiscación de instituto y este quedo desocupado por los jesuitas desde el 1º de Agosto de 1914.
El 10 de Septiembre de ese mismo año, determino en su decreto número 29, la creación de la Escuela Preparatoria de Jalisco y se realizo la entrega formal de la misma el día martes 15 de Septiembre de 1914. Desde 1925, esta escuela ha formado parte del patrimonio inmobiliario de la Universidad de Guadalajara y nuestra tradición recoge en las centenarias aulas, a las más preclaras figuras de los maestros de siempre.
Directores hasta la fecha:
1. Lic. Francisco H. Ruiz ---------------------------------------------- (1914 – 1923)
2. Mtro. Enrique Díaz de León --------------------------------------- (1923 – 1925)
3. Arq. Agustín Basave y del Castillo Negrete--------------------(1925 – 1926)
4. Prof. Jesús Sausa González ------------------------------------- (1926 – 1927)
5. Lic. Silvano Barba González (interino) --------------------------(1927 - 1927)
6. Dr. Martiniano Carvajal y Carvajal---------------------------------(1927 – 1929)
7. Dr. Ramón Córdoba Gómez -------------------------------------- (1929 – 1931)
8. Lic. Ignacio Calderón Bonilla ------------------------------------- (1931 – 1932)
9. Dr. Ramón Córdoba Gómez--------------------------------------- (1932 – 1933)
10. Dr. Alberto Onofre Ortega. ---------------------------------------- (1933 – 1934)
11. Prof. Ricardo Covarrubias Chacón -----------------------------(1934 – 1935)
12. Dr. Eugenio Chávez Quiroz--------------------------------------- (1935 – 1936)
13. Dr. Luis Martínez ---------------------------------------------------- (1936 – 1937)
14. Dr. Antonio Valle Sánchez .---------------------------------------- (1937 – 1938)
15. Lic. José Parres Arias ----------------------------------------------(1938 – 1939)
16. Dr. Miguel Ochoa Escobedo ------------------------------------- (1939 – 1948)
17. Lic. José Cástulo Romero Ruíz ---------------------------------(1948 – 1951)
18. Dr. José Luis Medina Gutiérrez --------------------------------- (1951 – 1953)
19. Lic. Miguel Gutiérrez y Gutiérrez --------------------------------- (1953 – 1965)
20. Lic. Rafael García de Quevedo----------------------------------- (1965 - 1969)
21. Lic. José Parres Arias ---------------------------------------------- (1969 – 1971)
22. Lic. Pedro Vallín Esparza ------------------------------------------ (1971 – 1986)
23. Lic. José Miguel Jiménez Gallegos------------------------------ (1986 - 1986)
24. Lic. Benjamín Gómez Cárdenas --------------------------------- (1986 – 1989)
25. Lic. Jorge Rojas Ruiz ------------------------------------------------ (1989 - 1989)
26. Ing. Jesús de Dios Sánchez ---------------------------------------(1989 - 2000)
27. Lic. Carlos Ramiro Ruiz. -------------------------------------------- (2000 - 2002)
28. Dr. Pedro Verónica Rosales ---------------------------------------- (2002 - 2005)
29. Lic. José Natividad Romo García ---------------------------------(2005 - 2007)
30. Ing. Pablo Alberto Macías Martínez -------------------------------(2007 - 2008)
31. Lic. Carlos Peña Razo ---------------------------------------------- (2008 - 2010)
32. Mtro. David Cuauhtémoc Zaragoza Núñez -------------------- (2010 - 2022)
33. Dr. Carlos Fregoso Gennis -----------------------------------------(2022- a la fecha)