Una nueva dosis de kriptonita invade las pantallas españolas con el estreno de la novena temporada de la serie. Esta nueva etapa se inicia marcada por la trágica muerte de Jimmy, que se había convertido en uno de los personajes más queridos por sus compañeros.
El nuevo reportero del "Daily Planet", John Corben, sufre un accidente y es arrollado por un camión. Cuando se despierta, se da cuenta de que hay partes de su cuerpo que son robóticas y que su corazón ha sido sustituido por un fragmento de kriptonita.
Después de haber lanzado un virus que convierte a los humanos en zombis, Tess ingresa en el hospital con síntomas de alienación. Cuando Clark descubre que la jefa del "Daily Planet" fue infectada en la sede del diario, el joven no se lo piensa y va al rescate de Lois.
Jor-El da a Clark la habilidad de oir los pensamientos de los humanos para que este pueda mejorar en manejar su intuición. El joven aprovecha este nuevo don para descubrir los sentimientos que Lois tiene hacia él.
En un casino, Oliver conoce a una misteriosa mujer que se hace llamar Ruleta y que le proporciona una píldora roja que el joven termina tragándose. Cuando Oliver se despierta, se ve atrapado en un juego macabro diseñado por alguien que parece dispuesto a vengarse de él.
Lois pide a Clark que le ayude a conseguir un trabajo como presentadora de televisión, pero ambos se impresionan cuando, tras el castin, la cadena quiere contratarlos como un equipo.
Jor-El llega misteriosamente a la granja de los Kent buscando a su hijo, Kal-El, pero se encuentra con Chloe.
Los gemelos superhéroes Zan y Jayna van a Metrópolis para ayudar a la Mancha a luchar contra el crimen, pero terminan estropeando varios rescates y provocando que Clark tenga problemas en la oficina del Fiscal del Distrito.
Tess secuestra a Lois para descubrir dónde estuvo cuando desapareció durante varias semanas. Los recuerdos del futuro de Lois muestran una Metrópolis dominada por Zod y un Clark sin poderes bajo el sol rojo.
Los fantasmas del pasado de Oliver regresan en la persona del Arquero Oscuro, su antiguo profesor, que quiere vengarse de su alumno a través de Lois y Chloe.
Un hombre llamado Sylvester Pemberton busca a Chloe y le dice que conoce la existencia de su equipo de superhéroes y que necesita su ayuda. Sin embargo, antes de poder explicarle quién es, Icicle lo ataca y lo mata.
Clark conoce a Zatanna en la convención del cómic de Metrópolis y ella le cuenta que su padre hechizó una copia del cómic "Ángel Guerrero" y que ahora el libro tiene poderes mágicos.
El día de San Valentín, durante una cita con Lois, Clark se infecta sin darse cuenta con un nuevo tipo de kriptonita que tiene el poder de cumplir los deseos del infectado.
Bernard Chisholm, un médico que murió y al que los kandorianos devolvieron la vida para experimentar con él, se fuga y secuestra a varios kandorianos para demostrar que los extraterrestres han invadido la Tierra.
Clark y Lois se van de la ciudad para hacer una escapada romántica, pero sus planes de van al traste cuando se encuentran con Chloe y Oliver en el mismo hostal.
Tess idea un elaborado engaño para secuestrar a Flecha Verde y se lo envía a Amanda Waller, que le dice que el gobierno lo quiere reclutar para que sirva a su país. Sin embargo, Flecha Verde huye antes de que puedan descubrir su identidad.
Zod sigue haciéndose pasar por la Mancha y le pide a Lois que investigue uno de los laboratorios secretos de Tess. Una explosión destruye el laboratorio y John Corben, que ha sido objeto de muchos experimentos, rescata a Lois.
Lois investiga por qué el antiguo fiscal del distrito, Raymond Sacks, ha salido de la cárcel antes de lo previsto, pero cuando se enfrenta a él el hombre la amenaza con un arma. La Mancha la salva, pero un repartidor consigue hacerle una foto que piensa venderle a Sacks
Tess consigue entrar en la Torre de Vigilancia, pero al hacerlo activa un sistema de seguridad muy complejo que instaló Chloe que termina encerrándolas a las dos dentro.
Para sorpresa de Clark, Martha Kent vuelve a Smallville con su nuevo novio, Perry White. Lois y Perry se dan cuenta de que están trabajando en el mismo artículo sobre la Reina Roja y deciden colaborar, aunque al hacerlo terminan corriendo mucho peligro.
En el último episodio de la temporada, Clark se enfrenta a Zod. Y es que el villano ha desplegdo su ejército por el mundo y Chloe se ve obligada a pedir refuerzos entre sus viejos amigos.
