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審計部指出，防疫期間政府實施簡訊實聯制，查核發現部分防疫個資檔案未落實執行外部稽核作業，確認已刪除或銷毀，有洩漏或不當使用風險；函請行政院改善後皆已刪除，確保民眾隱私。
審計部最新公告表示，民國109年時COVID-19（2019冠狀病毒疾病）疫情蔓延全球，中央流行疫情指揮中心為防止疫情擴散，在110年5月實施簡訊實聯制，並請國家通訊傳播委員會（通傳會，NCC）協助建置疫調輔助平台，介接電信業實聯制簡訊資料庫，提供熱區地圖、確診軌跡等功能，協助地方政府更便捷疫調。在110年5月到111年5月這段簡訊實聯制實施期間，累積發送約47.8億則簡訊。
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審計部指出，111年5月查核發現，通傳會在查訪電信業者辦理簡訊實聯制資料刪除過程，未檢核原始檔案、備份伺服器及電子郵件等資料儲存點，且部分防疫機關透過非公務環境登入疫調輔助平台，導致相關個資檔案散落在非公務電腦或行動裝置，或在實聯制措施退場後，仍持續下載運用。
另外，審計部說，前行政院資通安全處等機關，未依規定執行外部稽核，確認各機關下載實聯制個資均已刪除或銷毀，存有個資洩漏或不當使用等風險，審計部函請行政院督促權責機關研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，截至111年底止，通傳會已終止疫調輔助平台契約，平台已關閉未留存資料，並督導委外廠商完成平台儲存個資及簡訊實聯制約47.8億則簡訊刪除或銷毀，且指揮中心已督促曾在平台執行個資下載的21個地方政府辦理個資銷毀，確保民眾隱私。
審計部說，接辦外部稽核業務的數位發展部資通安全署，也已將電子防疫個資的資料管理機制納入資安稽核檢核項目，降低個資外洩風險。
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