Historyczna świadomość artysty - odziedziczona po romantykach i Matejce - znalazła także wyraz w obrazach ukazujących architektoniczną wielkość i urodę polskiego Akropolis - Wawelu ("Wawel od strony Zwierzyńca - zimą", 1910; "Widok Wawelu z Kaplicą Zygmuntowską w zimie", 1914), oraz otoczone kultem rzeźby ("Chrystus wawelski", 1896; "Kaplica w kopalni soli w Wieliczce", 1896; "Sarkofag św. Stanisława w katedrze wawelskiej", 1907). W 1907 Wyczółkowski dokonał "inwentaryzacji" skarbca wawelskiego w serii pastelowych kartonów ("Welum Królowej Jadwigi, Relikwiarz św. Stanisława"). Parafrazujący Matejkowskiego "Stańczyka" (1862) obraz artysty z 1898 niósł symboliczno-alegoryczne przesłanie; królewski błazen rozmyśla tu nad upadkiem narodu o mocarstwowej przeszłości kierowanego teraz przez lojalnych wobec zaborcy konserwatystów, którym Wyczółkowski nadał postać teatralnych marionetek ("Stańczyk").
Historyczny wymiar twórczości artysty przejawił się w najbardziej oryginalny sposób w widokach Tatr, w których polscy moderniści dostrzegali ostoję rodzimej kultury, kolebkę narodowej tożsamości i źródło odrodzenia. W namalowanym przez Wyczółkowskiego w 1898 obrazie "Giewont" czerwona poświata zachodzącego słońca wydobywa profil śpiącego rycerza - kształt, jaki przybrał szczyt Giewontu - pogłębiając ekspresję i symboliczną wymowę motywu. Symboliczny wymiar serii tatrzańskich pasteli z 1904 uwypuklał zbiorczy tytuł "Legendy tatrzańskie", świadczący o ciągłej obecności w podtekstach artystycznych poczynań historycznej perspektywy, historycznych kategorii myślenia, które nabrały wyrazistości w kontekście politycznych wydarzeń 1904. Rok 1904 był tym momentem historycznym, w którym ze względu na toczącą się wojnę rosyjsko-japońską w społeczeństwie polskim odżyły nadzieje na odzyskanie niepodległości, nowego zabarwienia nabrała pamięć narodowych czynów i narodowa mitologia. Dla rysującego tatrzańskie masywy Wyczółkowskiego punktem wyjścia była próba utrwalenia wizualnych wrażeń, uchwycenia i zamknięcia w artystycznym kształcie ulotnych stanów atmosferycznych. Impresjonistyczne przesłanki uległy jednak przeobrażeniu pod wpływem historycznej refleksji; nasycenie tatrzańskich motywów osobistym przeżyciem artysty wyraziło się w syntetyzującej formule stylistycznej, w zawężeniu gamy barwnej i wyborze mrocznej dominanty kolorystycznej ("Czarny Staw"). Inspirowane estetyką japońskiego drzeworytu, wpisane w ciasne kadry obrazów zwierciadlane odbicia skalnych zboczy w tafli stawów tworzyły sugestię przestrzeni zwielokrotnionej, otwartej, wrażenie zatopienia obserwatora w ogromie monumentalnych - choć tylko wycinkowo widocznych gór ("Mnich nad Morskim Okiem", 1904; "Widok na Morskie Oko z Czarnego Stawu", 1905). Najbardziej znamiennym przejawem historycznej świadomości są skalne sylwety rycerzy Bolesława Śmiałego uśpionych - zgodnie z ludową legendą - w Tatrach, by po wiekach niewoli zrzucić klątwę i przynieść narodowi upragnioną wolność ("Skały w Tatrach", "Mnich", "Wiec druidów z Doliny Chochołowskiej", "Rycerze po zachodzie słońca"). Patriotyczne treści nabierają bardziej literackiego charakteru w pastelach przedstawiających konnego rycerza w zbroi dmącego w róg na tle górskich szczytów ("Rycerz trąbi na tle Tatr"); sugestię nadchodzących przemian wprowadza tu rozkwitła barwami wiosny łąka ("Rycerz wśród kwiatów", 1907).
Leon Wyczółkowski, "Feliks Jasieński przy organach", szkic, 1901, fot. Krzysztof Wilczyński/Muzeum Narodowe w Warszawie Fascynacja japonizującą estetyką, jaką zaszczepił Wyczółkowskiemu znany kolekcjoner Feliks Manggha-Jasieński, znalazła początkowo wyraz w zamiłowaniu do japońskich i chińskich rekwizytów - kimon, parawanów, makat i porcelany. Obrazy "Japonka" (1897) i "Martwa natura z wazą i chińskim parawanem" (1905) zyskują charakter dekoracyjnych kompozycji budowanych plamą barw nasyconych i jarzących się wewnętrznym blaskiem zderzonych z tonami delikatnymi i świetlistymi. Zapożyczone z japońskich drzeworytów elementy formalne - koncentracja na fragmentarycznie ujętym motywie roślinnym, asymetryczna równowaga kompozycyjna, wykorzystanie neutralnej płaszczyzny tła - pojawiają się w martwych naturach i studiach roślin ("Kaczeńce", 1903; "Krzak jesienią", 1904). Normom orientalnej estetyki podporządkowane są także studia śródziemnomorskich roślin, jakie Wyczółkowski mógł oglądać podczas podróży do Włoch ("Laki") i Hiszpanii ("Kwiaty, motyw z Grenady", 1905; "Cyprys na tle błękitnego nieba", 1905). Bujna, wielobarwna wegetacja Południa, będąca przedmiotem impresyjnych, nasyconych słońcem notatek, zajmowała artystę równie mocno jak utrwalanie widoków zwiedzanych miasteczek ("Grenada", 1905; "Cyprysy w Grenadzie", 1905; "Grenada, fragment ogrodu", 1905).
Te serie perfekcyjnych warsztatowo pasteli świadczą - podobnie jak rodzime pejzaże o zintensyfikowanej kolorystyce - o bezpośrednim, emocjonalnym stosunku Wyczółkowskiego do natury jako głównego źródła motywów do artystycznego przetworzenia ("Las w Zakopanem w słońcu", 1905; ; "Krajobraz z Jaremcza", 1910). W 1908 powstała seria pejzaży morskich malowanych w Połądze, wyróżniających się bogatą fakturą i dynamicznym duktem pędzla sumarycznie oddającym zarys spienionych fal i skłębione masy chmur. Martwe natury kwiatowe stanowiły kolejny ulubiony temat twórcy ujmowany w rozmaitych konwencjach i wciąż ewoluujący stylistycznie. Obok kompozycji ascetycznych w wyrazie, opartych na kontrapunkcie dwóch barw ("Maki", 1904) artysta rysował pastelami intensywne kolorystycznie bukiety w dekoracyjnych wazonach ustawionych na tle wzorzystych tkanin ("Chryzantemy w wazonie", 1908; "Floksy w wazonie", 1908); niekiedy na tle deseni ciemnej kotary dźwięczy tu biel róż ("Białe róże", 1909), kiedy indziej ostre fiolety storczyków odcinają się od abstrakcyjnej płaszczyzny tła ("Storczyki", 1908). Walorów ozdobnego gobelinu nabierają płasko zakomponowane martwe natury, w których rysunek roślinnych łodyg i kielichów dopełnia ornamentyka parawanu i wzorzystość szklanego wazonu. Staranna aranżacja rozbudowanych o patery z owocami, misy z rybami i karafki, iluzyjnie przestrzennych martwych natur cechuje akwarele powstające po 1910 ("Martwa natura z samowarem", 1911; "Martwa natura z pomarańczami", 1912). Dekoracyjny charakter mają też pracowniane studia aktów upozowanych na tle tkanin, malowane gęstą, jednorodną fakturalnie farbą na płótnach o grubym splocie ("Akt z czerwoną draperią", ok. 1902). Wyczółkowski zrewolucjonizował w latach 1890. metody nauczania w krakowskiej akademii wprowadzając do atelier nagie modelki.
Leon Wyczółkowski, "Akt", 1908, fot. Muzeum Narodowe w Krakowie Mistrzostwo osiągnął artysta także w dziedzinie sztuki portretowej. Kreśląc pastelem rysy twarzy, werystycznie odtwarzał wygląd swych modeli, sugestywnie oddawał ich psychologiczny profil i stan emocjonalny. Warsztatowa perfekcja tych wizerunków przejawiła się w bezbłędnym rysunku i subtelnym modelunku światłocieniowym, w lapidarnym określeniu form i wyrafinowanej kolorystyce zawężonej do kilku tonów. Wyczółkowski sportretował wiele wybitnych osobistości intelektualno-artystycznych elit wprowadzając niekiedy do kompozycji atrybuty zawodu bądź przedmiot zamiłowania przedstawionej postaci ("Portret Jana Kasprowicza", 1898; "Portret Stefana Żeromskiego z synem", 1904; "Portret Józefa Chełmońskiego", 1910; "Portret Feliksa Jasieńskiego", 1911; "Portret Erazma Barącza", 1911).
Około 1900 rozpoczął się ponad trzydziestoletni okres fascynacji Wyczółkowskiego grafiką oryginalną. Pierwsze próby, do których zachęcił artystę Feliks Jasieński, koneser i kolekcjoner grafiki europejskiej, wykonał twórca w technikach z malarstwem blisko spokrewnionych - oleolitografii barwnej i algrafii. W dziedzinie akwaforty technicznych rad i wsparcia udzielał mu mistrz akwaforty reprodukcyjnej - Ignacy Łopieński, posiadacz pierwszej w Warszawie i jedynej niekwestionowanej przez rosyjskie władze prasy, jaką dysponowali wówczas Polacy. Jako profesor krakowskiej ASP począwszy od 1902 Wyczółkowski prowadził nieustanne eksperymenty w dziedzinie technik graficznych; najszersze możliwości artystycznej ekspresji odnalazł w technice litografii. Trwającą ponad ćwierćwiecze fascynację twórcy tym graficznym medium poprzedziły liczne próby w zakresie akwaforty, akwatinty, fluoroforty i miękkiego werniksu. Graficzne teki Wyczółkowskiego, m.in. "Teka mieszana" (1904), "Teka litewska" (1907), "Gdańsk" (1909), "Teka huculska" (1910), "Wawel I. II." (1911/12), "Teka ukraińska" (1912), "Kraków" (1915) i "Stara Warszawa" (1915), zawierały głównie autolitografie, zestawione niekiedy z fluorofortami i autoalgrafiami. Litografia Wyczółkowskiego ewoluowała z czasem, ulegała formalnym przeobrażeniom; artysta zmieniał sposób operowania czarną kredą, prowadził ją bokiem dla uzyskania półtonów i miękkich kształtów, rysował ostro zatemperowaną by zintensyfikować precyzyjny kontur, dopełniał tuszem dla pogłębienia cieni. Sam przygotowywał kamień litograficzny, decydował o szorstkości grenu, własnoręcznie odbijał swe ryciny, mnożąc próbne odbitki, sam dobierał fakturę i odcień papieru, sam go też niejednokrotnie barwił. Po wykonaniu nie więcej niż trzydziestu skończonych odbitek niszczył kamień litograficzny, przez co jego prace zyskiwały unikalny i niepowtarzalny charakter.
W twórczości graficznej Wyczółkowskiego hegemonię sprawowała czarno-biała gama walorowa; w monochromatycznej litografii artysta poszukiwał jakości wyjątkowych, dla grafiki specyficznych, odróżniających ją od malarstwa. Gdy podmalowywał akwarelą niektóre ze swych późniejszych rycin, podkreślał, iż akcenty barwne powinny jedynie pobudzać kolorystyczną wyobraźnię widza, "podrażniać" jego oko, nie zaś przytłaczać wartości graficzne i tłumić gamę szarości rozpiętą między biegunami czerni i bieli. Największą siłę ekspresji osiągnął artysta-grafik w akwatintach zebranych w tece "Tatry. Ośm akwatint" (1906). Tu na niewielkiej powierzchni ryciny nastąpiła najsilniejsza kondensacja psychicznego poddania się twórcy majestatowi gór, odczucia potęgi zamieszkałych wśród nich żywiołów. Wyczółkowski zastosował w swych grafikach podpatrzony w japońskich drzeworytach zabieg ukazywania bardzo wąskiego wycinka krajobrazu, który dopełnia się i ogromnieje w wyobraźni widza dzięki refleksom rzucanym przez niewidoczne partie pejzażu na zamarłą w bezruchu taflę Czarnego Stawu ("Czarny Staw o zmierzchu"). Kompozycyjne plany spiętrzają się tu jeden nad drugim tworząc niemal abstrakcyjną harmonię subtelnie zróżnicowanych szarości i czerni, którą zakłóca jedynie biel śniegowych płatów ("Czarny Staw od strony Morskiego Oka"). Duszna atmosfera ściśniętej przestrzeni panuje także we wnętrzu lasu, wśród stłoczonych pni drzew osadzonych w pierścieniach śniegu "(Las pod śniegiem"). Na igliwiu świerków układają się miękko śniegowe czapy i wydrapane igłą włosy szronu ("Okiść").
