Eduardo nació en Dessau, la capital del Ducado de Anhalt-Dessau, en 1861, como el tercer hijo del duque Federico I de Anhalt (1831-1904) y de su esposa, la princesa Antonieta de Sajonia-Altemburgo (1838-1908). Como el mayor de los hermanos de Eduardo, Leopoldo, murió sin hijos varones, y el siguiente de los hermanos, Federico, no tenía descendencia, Eduardo se convirtió en heredero natural y príncipe heredero tras la muerte de su padre, el duque Federico I, en 1904.

Eduardo sucedió a su hermano, el duque Federico II de Anhalt, el 21 de abril de 1918, pero su breve reinado llegó a su fin cinco meses después con su propia muerte el 13 de septiembre de 1918. Fue sucedido por el mayor de sus hijos supervivientes, el príncipe Joaquín Ernesto, bajo la regencia del hermano menor de Eduardo, el príncipe Ariberto.

El duque Eduardo se casó con la princesa Luisa Carlota de Sajonia-Altemburgo (1873-1953) en Altemburgo, el 6 de febrero de 1895. Ella era la hija del príncipe Mauricio de Sajonia-Altemburgo y de su esposa, la princesa Augusta de Sajonia-Meiningen. Tuvieron seis hijos antes de divorciarse en 1918.

• Federica (1896-1896).
• Leopoldo (1897-1898).
• María Augusta (1898-1983), se casó con el príncipe Joaquín de Prusia.
• Joaquín Ernesto (1901-1947).
• Eugenio (1903-1980), se casó con Anastasia Jungmeier (1901-1970).
  • Anastasia (nacida en 1940), se casó con el margrave María Manuel de Meissen.
• Wolfgang (1912-1936).

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