En noviembre de 1857 Benito Juárez fue nombrado presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación. Días después, los conservadores iniciaron un movimiento para desconocer la Constitución. El presidente Ignacio Comonfort apoyó la revuelta e invitó a Juárez a participar, quien consciente de su deber y convencido de sus ideales se negó. En consecuencia, Comonfort lo encarceló en Palacio Nacional, en el salón donde actualmente se conmemora el Grito de Independencia.
Tiempo después, los conservadores nombraron presidente a Félix Zuloaga y desconocieron la autoridad de Ignacio Comonfort. Al ver la gravedad del hecho, este puso en libertad a Benito Juárez y exclamó que “había cambiado sus títulos legales como presidente por los de un miserable revolucionario”. Esto desencadenó la Guerra de Reforma.
Después de ser liberado, Benito Juárez asumió la presidencia del país como correspondía, según las leyes constitucionales de 1857. No obstante, el asedio del ejército conservador hizo que Benito Juárez se desplazara con su gobierno hacia la Ciudad de Guanajuato.
De acuerdo con lo descrito en el diario de Matías Romero, futuro representante diplomático del gobierno juarista en Estados Unidos, la comitiva del presidente abandonó la ciudad de Guanajuato el 15 de febrero de 1858, debido a la cercanía de los frentes de batalla entre los ejércitos liberales y conservadores. Por la tarde del 16 se encontraban ya en la ciudad de Guadalajara.
Ese día representantes de todos los poderes estatales recibieron a Benito Juárez y a su gabinete, los condujeron al Palacio de gobierno de Jalisco, donde el gobernador Jesús Camarena dispuso la adaptación del edificio para que, con plena libertad, se realizaran las actividades propias del poder ejecutivo. Durante más de treinta días el Palacio de Gobierno de Guadalajara fue el espacio de trabajo del presidente Juárez y sus ministros: Melchor Ocampo, Guillermo Prieto, Manuel Ruiz y León Guzmán.