曾在前香港政府驻英办事处、卫生署、前公务员事务科、前工业署、投资推广署、食物环境卫生署、一般职系处、前卫生福利及食物局及劳工处工作。
2007年起，他先后出任特区政府食物环境卫生署署长、劳工处处长、律政司政务专员、创新及科技局常任秘书长。
2019年4月退休后，他于同年9月再获得特首林郑月娥邀请，出任政策创新与统筹办事处对话办公室主任。
2014年出任律政司政务专员，2015年出任创新及科技局常任秘书长。
2019年退休后先后出任政务主任遴选委员会主席、对话办公室主任、2019冠状病毒病疫苗接种计划主任，以及财政司司长私人办公室顾问。 [3-4]
2022年7月1日，任香港特别行政区第六届政府政务司副司长。
2022年8月12日，任太平绅士 [5]。
2022年6月19日，根据香港特别行政区第六任行政长官李家超的提名，国务院任命了香港特别行政区第六届政府主要官员：任命卓永兴为政务司副司长（将于2022年7月1日就职）。 [1]
2022年8月12日，香港特区政府委任卓永兴太平绅士 [5]。
