El microscopio es una herramienta de gran importancia en la ciencia, y también es utilizado en los diferentes campos de estudio de la ciencia forense, como en lofoscopia, documentoscopia, entomología, en balística, antropología, toxicología, serología, genética, análisis de pelos y fibras, entre otras.
El uso del microscopio en la investigación forense permite observar con precisión algunos indicios recabados en el lugar de intervención que son demasiado pequeños para ser vistos a simple vista. También, con la observación a través de esta herramienta y utilizando diferentes técnicas de microscopía, se puede identificar el origen de la muestra a partir de su estructura, pero debe existir una preparación de muestras adecuada para causar el menor daño posible a la misma.
Los microscopios pueden ser ópticos, electrónicos o digitales y varían en diseño y función, pero todos funcionan con el mismo principio básico, ampliar la imagen de objetos pequeños para hacerlos visibles al ojo humano.
Para casos forenses, los microscopios y el equipo que se adquiere, deben aportar exactitud, calidad, precisión y reproducibilidad de los resultados para examinar las pruebas con plenas garantías, es por ello que existen en el mercado equipos de diferentes marcas y costos.

El microscopio óptico

Un microscopio óptico emplea la propia luz visible para captar el objeto que se busca ver, permitiendo el aumento de su imagen mediante una serie de lentes que deben ser correctamente enfocados. Al emplear la luz visible como medio, cuando aumenta el tamaño de los objetos los muestra con sus colores originales. Este tipo de microscopios tienen una resolución de 0.2 micrómetros. 

Partes del microscopio óptico

• Objetivos: Sistemas de lentes que establecen los distintos aumentos del dispositivo, mejorando la calidad de la imagen en cuanto a su nitidez y la capacidad para captar los detalles de la misma (poder de resolución).
• Platina: Superficie plana de posición horizontal que posee una perforación circular central. En ella se apoya la preparación; la lámina portaobjetos que contiene la muestra que se va a examinar.
• Pinza: Ubicada en la platina, ayuda a sujetar el portaobjetos.
• Apertura: Es la parte central de la platina que permite que la luz del iluminador llegue a la muestra.
• Ajustador de la platina: Mueven la pinza sobre la platina en el eje "X" y "Y" para ayudar a encontrar el área de interés en la placa.
• Tornillos macrométrico y micrométrico: Ambos tornillos permiten el desplazamiento de la platina hacia arriba y hacia abajo, con la finalidad de acercar o alejar la preparación hacia los objetivos y así, conseguir un enfoque óptimo de la imagen.
• Ajustador de luz: Perilla o botón que permite regular la intensidad de luz de la lámpara que se encuentra situada en el brazo.
• Ajustador de dioptrías: Anillo que se encuentra en el ocular izquierdo y que ayuda a enfocar y a corregir las dioptrías.
• Iluminación: Luz que incide sobre la muestra iluminando su superficie expuesta al objetivo.
• Lentes: Encontramos dos juegos de lentes: un par de oculares por donde se mira.
• Interruptor encendido/apagado: Botón situado en la base que permite el encendido o apagado del equipo.
• Cabezal: Elemento móvil superior del microscopio donde se insertan los oculares.
• Brazo: Es el conjunto de piezas que sostienen y estabilizan el resto de elementos anteriormente citados.
• Base: Sirve de soporte a una columna o brazo sobre el cual reposa el resto del aparato.
• Revólver: Es una pieza circular donde se colocan los diferentes objetivos; está fijada al estativo justo debajo del cabezal.
• Condensador: Está formado por una lente, o un conjunto de éstas, que tienen la función de condensar el haz luminoso con el fin de conseguir un contraste físico de la muestra. 
• Diafragma/iris: Regula la entrada de luz a la muestra al cerrarse o abrirse unas piezas móviles (iris), de tal manera que el haz luminoso tiene mayor o menor diámetro.

El microscopio digital

Un microscopio digital utiliza dispositivos ópticos y una cámara digital de su propia estructura para mostrar las imágenes capturadas en un monitor de PC. Estos microscopios están disponibles en distintas versiones, que van de simples y portátiles a sistemas avanzados que ofrecen diversos modos de observación y varias funciones de medición.

Muchos microscopios digitales utilizan softwares que pueden ejecutar tareas avanzadas, como ejemplo se incluye la grabación de video, ajuste de imágenes, edición de secuencias de video, análisis de muestras en 3D, mediciones y creación/generación de informes, entre otras.

Partes del microscopio digital

• Sistema operativo: Es el software con el que se puede ejecutar la función del microscopio para visualizar lo que se requiere. Este depende de la marca del microscopio, debido que, puede ser compatible con Windows xp/vista/7/8/10, Mac, Linux, así como puede ser compatible sólo con teléfonos inteligentes Android o iOS, asimismo, puede ser necesario algún programa o aplicación especial de la propia marca.
• Oculares: Los oculares funcionan en combinación con los objetivos del microscopio para magnificar aún más la imagen intermedia y poder observar los detalles de una muestra.
• Revólver: Es una pieza circular donde se colocan los diferentes objetivos; está fijada al estativo justo debajo del cabezal.
• Objetivos: Sistemas de lentes que establecen los distintos aumentos del dispositivo, mejorando la calidad de la imagen en cuanto a su nitidez y la capacidad para captar los detalles de la misma (poder de resolución).
• Platina: Superficie plana de posición horizontal que posee una perforación circular central. En ella se apoya la preparación; la lámina portaobjetos que contiene la muestra que se va a examinar.
• Condensador: El condensador es una pieza básica del sistema óptico y del sistema de iluminación de un microscopio. Su función es concentrar la luz que proviene del foco para iluminar la muestra de forma uniforme y con las condiciones adecuadas.
• Diafragma: Regula la entrada de luz a la muestra al cerrarse o abrirse unas piezas móviles (iris), de tal manera que el haz luminoso tiene mayor o menor diámetro.
• Iluminación: Luz que incide sobre la muestra iluminando su superficie expuesta al objetivo.

En la investigación forense se analizan los componentes de las evidencias recogidas como , la sangre, el ADN y otros materiales relacionados. Además, es importante el uso de microscopios para capturar, observar y analizar la apariencia de una manera sofisticada y no destructiva. Ejemplos:

• Identificación de huellas dactilares
• Identificación de escritura a mano
• Identificación de fibras
• Identificación de sustancias adheridas
• Captura de imágenes de la piel, el cabello y las características dentales
• Identificación de plancton en los fluidos que quedan en las vías respiratorias
• Captura de imágenes de marcas de estriado de rifle
• Captura de imágenes de signos de corte y fusión
• Identificación de materiales fraudulentos impresos